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liuqun

木虫 (小有名气)

[求助] VASP寻找过渡态

要用VASP寻找过渡态,但苦于不知道怎么做准备工作,是吧每个有00 01......07个POSCAR文件夹,是在每个文件夹里都有INCAR POTCAR KPOINT,还是只要在7个POSCAR文件夹外有就可以了呢?请仔细的教一下我
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fegg7502

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
WDD880227: 金币+3, 感谢版主的细心回答 2012-04-25 08:39:39
1,用texa的nebmake。pl插点,一般插,2,4,8或16个
2,POSCAR的个数要与INCAR中images的个数相等
3,POTIM绝对不能选0的,你可以选0.1试试,然后微调

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

心诚意正,方可始终;身无苦灭,永登光明。
14楼2012-04-25 08:32:35
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bjmaowei25

铜虫 (小有名气)


sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2012-04-27 18:53:26
引用回帖:
21楼: Originally posted by fegg7502 at 2012-04-27 14:00:48:
这个我还不清楚呢,,不过我没有用过插入奇数个的,你试试呢,,

如果是CNEB,奇数或偶数个image, 对鞍点的寻找问题不大,因为它们之间不是等距的。对于NEB, 因为他们是等距的,所以在找鞍点,奇数个像点,应该会好一些。
追求真理
22楼2012-04-27 14:33:15
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普通回帖

likai0106

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-04-22 09:11:53
计算的文件夹下包括00 01 .....07 INCAR,POTCAR,KPOINT,00......07文件夹下只有POSCAR就可以。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2012-04-22 08:07:13
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liuqun

木虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by likai0106 at 2012-04-22 08:07:13:
计算的文件夹下包括00 01 .....07 INCAR,POTCAR,KPOINT,00......07文件夹下只有POSCAR就可以。

谢谢
3楼2012-04-22 09:36:58
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liuqun

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by likai0106 at 2012-04-22 08:07:13:
计算的文件夹下包括00 01 .....07 INCAR,POTCAR,KPOINT,00......07文件夹下只有POSCAR就可以。

你好,不行呢,我的作业刚提交上去就掉下来了,根本就不给算啊
4楼2012-04-22 16:18:05
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gaojunfeng83

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖交流! 2012-04-22 18:34:58
引用回帖:
4楼: Originally posted by liuqun at 2012-04-22 16:18:05:
你好,不行呢,我的作业刚提交上去就掉下来了,根本就不给算啊

2楼说的很对啊,不能算,检查下你的IMAGE 值是否正确,最好贴下出错信息和INCAR设置
5楼2012-04-22 17:58:21
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liuqun

木虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by gaojunfeng83 at 2012-04-22 17:58:21:
2楼说的很对啊,不能算,检查下你的IMAGE 值是否正确,最好贴下出错信息和INCAR设置

.log文件里是这样写的
running on    6 nodes
each image running on    1 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    1 groups
forrtl: No such file or directory
forrtl: No such file or directory
forrtl: No such file or directory
forrtl: No such file or directory
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
forrtl: No such file or directory
forrtl: No such file or directory
forrtl: severe (29): file not found, unit 6, file /scratch/lq/h/02/stdout
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp52-ff-im-go-v  000000000121CB5D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000121B665  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  00000000011D46B9  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000118424F  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000001183A82  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000119487D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000000461673  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BB74  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BAAC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003619A1D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040B9B9  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (29): file not found, unit 6, file /scratch/lq/h/04/stdout
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp52-ff-im-go-v  000000000121CB5D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000121B665  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  00000000011D46B9  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000118424F  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000001183A82  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000119487D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000000461673  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BB74  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BAAC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003619A1D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040B9B9  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (29): file not found, unit 6, file /scratch/lq/h/05/stdout
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp52-ff-im-go-v  000000000121CB5D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000121B665  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  00000000011D46B9  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000118424F  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000001183A82  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000119487D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000000461673  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BB74  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BAAC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003619A1D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040B9B9  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (29): file not found, unit 8, file /scratch/lq/h/01/OUTCAR
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp52-ff-im-go-v  000000000121CB5D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000121B665  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  00000000011D46B9  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000118424F  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000001183A82  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000119487D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BDA7  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BAAC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003619A1D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040B9B9  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (29): file not found, unit 6, file /scratch/lq/h/03/stdout
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp52-ff-im-go-v  000000000121CB5D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000121B665  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  00000000011D46B9  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000118424F  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000001183A82  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000119487D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000000461673  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BB74  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BAAC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003619A1D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040B9B9  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (29): file not found, unit 6, file /scratch/lq/h/06/stdout
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp52-ff-im-go-v  000000000121CB5D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000121B665  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  00000000011D46B9  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000118424F  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000001183A82  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000119487D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000000461673  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BB74  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BAAC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003619A1D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040B9B9  Unknown               Unknown  Unknown
rank 5 in job 1  c15_58292   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 5: return code 29
rank 4 in job 1  c15_58292   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 4: return code 29
rank 3 in job 1  c15_58292   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 3: return code 29
rank 2 in job 1  c15_58292   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 2: return code 29
rank 1 in job 1  c15_58292   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 1: return code 29
INCAR:
SYSTEM =opt
PREC   =Accurate
GGA = PE
ENCUT  =400
ISTART =0;ICHARG =2
ISPIN =1; ISMEAR = 1
SIGMA = 0.01
NSW    =200
IBRION =3
ISIF = 2
EDIFF = 1.0e-05
EDIFFG = -1
POTIM = 0.0
IOPT = 3
MAXMOVE = 0.2
TIMESTEP = 0.1
ICHGIN = 0
IMAGES = 6
SPING = -5
NPAR   =1
LELF  =.TRUE.
LCLIMB = .TRUE.
6楼2012-04-22 20:18:38
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ahu1221

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖交流! 2012-04-22 22:07:29
ni你的00 01 02.。。里面的POSCAR格式都查看了吗,是否正确,使用nebmake插值的时候,好像POSCAR的第六行有点问题
交流学习,求进步
7楼2012-04-22 21:02:59
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likai0106

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


WDD880227: 金币+1, 感谢回帖交流 2012-04-23 08:24:47
引用回帖:
6楼: Originally posted by liuqun at 2012-04-22 20:18:38:
.log文件里是这样写的
running on    6 nodes
each image running on    1 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    1 groups
forrtl: No such file or directory
forrtl: No such file or directory
...

这种计算方法没有问题,楼主遇到的问题请楼主检查并行软件mpi,确定你的mpi是好用的。还有确定你编译后的vasp没有错误。
8楼2012-04-23 08:16:38
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mengfc

金虫 (正式写手)

请问这个NEB去哪里下载呢?
9楼2012-04-23 09:31:32
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qfwuli

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2012-04-23 15:30:21
INCAR 中的POTIM=0.0 吗?
我算了一次设定POTIM=0.01可以继续

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

10楼2012-04-23 14:04:29
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