应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » VASP寻找过渡态
281/3返回列表123下一页
查看: 3446  |  回复: 27
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

liuqun

木虫 (小有名气)

[求助] VASP寻找过渡态

要用VASP寻找过渡态，但苦于不知道怎么做准备工作，是吧每个有00 01......07个POSCAR文件夹，是在每个文件夹里都有INCAR POTCAR KPOINT,还是只要在7个POSCAR文件夹外有就可以了呢？请仔细的教一下我
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

VASP

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-04-21 21:52:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

fegg7502

荣誉版主 (知名作家)

无

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
WDD880227: 金币+3, 感谢版主的细心回答 2012-04-25 08:39:39
1，用texa的nebmake。pl插点，一般插，2，4，8或16个
2，POSCAR的个数要与INCAR中images的个数相等
3，POTIM绝对不能选0的，你可以选0.1试试，然后微调
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

liuqun
心诚意正，方可始终；身无苦灭，永登光明。
14楼2012-04-25 08:32:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bjmaowei25

铜虫 (小有名气)
★
sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2012-04-27 18:53:26
引用回帖:
21楼: Originally posted by fegg7502 at 2012-04-27 14:00:48:
这个我还不清楚呢，，不过我没有用过插入奇数个的，你试试呢，，

如果是CNEB，奇数或偶数个image, 对鞍点的寻找问题不大，因为它们之间不是等距的。对于NEB， 因为他们是等距的，所以在找鞍点，奇数个像点，应该会好一些。
赞一下(1人) 回复此楼
追求真理
22楼2012-04-27 14:33:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

likai0106

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-04-22 09:11:53
计算的文件夹下包括00 01 .....07 INCAR,POTCAR,KPOINT，00......07文件夹下只有POSCAR就可以。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

liuqun
2楼2012-04-22 08:07:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuqun

木虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by likai0106 at 2012-04-22 08:07:13:
计算的文件夹下包括00 01 .....07 INCAR,POTCAR,KPOINT，00......07文件夹下只有POSCAR就可以。

谢谢
回复此楼
3楼2012-04-22 09:36:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuqun

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by likai0106 at 2012-04-22 08:07:13:
计算的文件夹下包括00 01 .....07 INCAR,POTCAR,KPOINT，00......07文件夹下只有POSCAR就可以。

你好，不行呢，我的作业刚提交上去就掉下来了，根本就不给算啊
赞一下 回复此楼
4楼2012-04-22 16:18:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaojunfeng83

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖交流！ 2012-04-22 18:34:58
引用回帖:
4楼: Originally posted by liuqun at 2012-04-22 16:18:05:
你好，不行呢，我的作业刚提交上去就掉下来了，根本就不给算啊

2楼说的很对啊，不能算，检查下你的IMAGE 值是否正确，最好贴下出错信息和INCAR设置
赞一下 回复此楼
5楼2012-04-22 17:58:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuqun

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by gaojunfeng83 at 2012-04-22 17:58:21:
2楼说的很对啊，不能算，检查下你的IMAGE 值是否正确，最好贴下出错信息和INCAR设置

.log文件里是这样写的
running on    6 nodes
each image running on    1 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    1 groups
forrtl: No such file or directory
forrtl: No such file or directory
forrtl: No such file or directory
forrtl: No such file or directory
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
forrtl: No such file or directory
forrtl: No such file or directory
forrtl: severe (29): file not found, unit 6, file /scratch/lq/h/02/stdout
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp52-ff-im-go-v  000000000121CB5D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000121B665  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  00000000011D46B9  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000118424F  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000001183A82  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000119487D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000000461673  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BB74  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BAAC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003619A1D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040B9B9  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (29): file not found, unit 6, file /scratch/lq/h/04/stdout
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp52-ff-im-go-v  000000000121CB5D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000121B665  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  00000000011D46B9  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000118424F  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000001183A82  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000119487D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000000461673  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BB74  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BAAC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003619A1D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040B9B9  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (29): file not found, unit 6, file /scratch/lq/h/05/stdout
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp52-ff-im-go-v  000000000121CB5D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000121B665  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  00000000011D46B9  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000118424F  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000001183A82  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000119487D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000000461673  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BB74  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BAAC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003619A1D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040B9B9  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (29): file not found, unit 8, file /scratch/lq/h/01/OUTCAR
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp52-ff-im-go-v  000000000121CB5D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000121B665  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  00000000011D46B9  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000118424F  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000001183A82  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000119487D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BDA7  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BAAC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003619A1D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040B9B9  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (29): file not found, unit 6, file /scratch/lq/h/03/stdout
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp52-ff-im-go-v  000000000121CB5D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000121B665  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  00000000011D46B9  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000118424F  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000001183A82  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000119487D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000000461673  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BB74  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BAAC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003619A1D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040B9B9  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (29): file not found, unit 6, file /scratch/lq/h/06/stdout
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp52-ff-im-go-v  000000000121CB5D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000121B665  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  00000000011D46B9  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000118424F  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000001183A82  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000119487D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000000461673  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BB74  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BAAC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003619A1D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040B9B9  Unknown               Unknown  Unknown
rank 5 in job 1  c15_58292   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 5: return code 29
rank 4 in job 1  c15_58292   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 4: return code 29
rank 3 in job 1  c15_58292   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 3: return code 29
rank 2 in job 1  c15_58292   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 2: return code 29
rank 1 in job 1  c15_58292   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 1: return code 29
INCAR：
SYSTEM =opt
PREC   =Accurate
GGA = PE
ENCUT  =400
ISTART =0;ICHARG =2
ISPIN =1; ISMEAR = 1
SIGMA = 0.01
NSW    =200
IBRION =3
ISIF = 2
EDIFF = 1.0e-05
EDIFFG = -1
POTIM = 0.0
IOPT = 3
MAXMOVE = 0.2
TIMESTEP = 0.1
ICHGIN = 0
IMAGES = 6
SPING = -5
NPAR   =1
LELF  =.TRUE.
LCLIMB = .TRUE.
赞一下 回复此楼
6楼2012-04-22 20:18:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ahu1221

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖交流！ 2012-04-22 22:07:29
ni你的00 01 02.。。里面的POSCAR格式都查看了吗，是否正确，使用nebmake插值的时候，好像POSCAR的第六行有点问题
赞一下 回复此楼
交流学习,求进步
7楼2012-04-22 21:02:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

likai0106

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
WDD880227: 金币+1, 感谢回帖交流 2012-04-23 08:24:47
引用回帖:
6楼: Originally posted by liuqun at 2012-04-22 20:18:38:
.log文件里是这样写的
running on    6 nodes
each image running on    1 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    1 groups
forrtl: No such file or directory
forrtl: No such file or directory
...

这种计算方法没有问题，楼主遇到的问题请楼主检查并行软件mpi，确定你的mpi是好用的。还有确定你编译后的vasp没有错误。
赞一下 回复此楼
8楼2012-04-23 08:16:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengfc

金虫 (正式写手)
请问这个NEB去哪里下载呢？
赞一下 回复此楼
9楼2012-04-23 09:31:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qfwuli

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2012-04-23 15:30:21
INCAR 中的POTIM=0.0 吗？
我算了一次设定POTIM=0.01可以继续
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

liuqun
10楼2012-04-23 14:04:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 liuqun 的主题更新
281/3返回列表123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 293求调剂 +7 zjl的号 2026-03-16 12/600 2026-03-17 18:22 by 重科小霸王
[考研] 材料专硕306英一数二 +7 z1z2z3879 2026-03-16 9/450 2026-03-17 17:31 by ccjequ
[考研] 材料工程专硕调剂 +5 204818@lcx 2026-03-17 5/250 2026-03-17 17:27 by Little-xue
[考研] 344求调剂 +4 knight344 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:27 by ruiyingmiao
[考研] 326求调剂 +5 上岸的小葡 2026-03-15 6/300 2026-03-17 17:26 by ruiyingmiao
[考研] 085600材料与化工 +4 安全上岸！ 2026-03-16 4/200 2026-03-17 14:02 by 勇敢太监王公公
[考研] 275求调剂 +4 太阳花天天开心 2026-03-16 4/200 2026-03-17 10:53 by 功夫疯狂
[考研] 一志愿，福州大学材料专硕339分求调剂 +3 木子momo青争 2026-03-15 3/150 2026-03-17 07:52 by laoshidan
[基金申请] 今年的国基金是打分制吗？ 50+3 zhanghaozhu 2026-03-14 3/150 2026-03-16 17:07 by 北京莱茵润色
[考研] 一志愿211 0703方向310分求调剂 +3 努力奋斗112 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:44 by houyaoxu
[考研] 0703化学调剂 ，六级已过，有科研经历 +7 曦熙兮 2026-03-15 7/350 2026-03-16 16:34 by houyaoxu
[考研] 321求调剂 +5 大米饭！ 2026-03-15 5/250 2026-03-16 16:33 by houyaoxu
[考研] 277材料科学与工程080500求调剂 +3 自由煎饼果子 2026-03-16 3/150 2026-03-16 14:10 by 运气yunqi
[考研] 中科大材料与化工319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:10 by ms629
[考研] 331求调剂（0703有机化学 +5 ZY-05 2026-03-13 6/300 2026-03-14 10:51 by Jy?
[考研] 279求调剂 +3 抓着星星的女孩 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:47 by userper
[考研] 308求调剂 +5 是Lupa啊 2026-03-11 5/250 2026-03-13 22:13 by JourneyLucky
[考研] 336求调剂 +6 Iuruoh 2026-03-11 6/300 2026-03-13 22:06 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工085600调剂求老师收留 +9 jiaanl 2026-03-11 9/450 2026-03-13 20:22 by JourneyLucky
[考研] 工科调剂 +4 Jiang191123！ 2026-03-11 4/200 2026-03-13 15:15 by Miko19
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭