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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » VASP寻找过渡态
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liuqun

木虫 (小有名气)

[求助] VASP寻找过渡态

要用VASP寻找过渡态，但苦于不知道怎么做准备工作，是吧每个有00 01......07个POSCAR文件夹，是在每个文件夹里都有INCAR POTCAR KPOINT,还是只要在7个POSCAR文件夹外有就可以了呢？请仔细的教一下我
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1楼 2012-04-21 21:52:56
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

fegg7502

荣誉版主 (知名作家)

无

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
WDD880227: 金币+3, 感谢版主的细心回答 2012-04-25 08:39:39
1，用texa的nebmake。pl插点，一般插，2，4，8或16个
2，POSCAR的个数要与INCAR中images的个数相等
3，POTIM绝对不能选0的，你可以选0.1试试，然后微调
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liuqun
心诚意正，方可始终；身无苦灭，永登光明。
14楼2012-04-25 08:32:35
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bjmaowei25

铜虫 (小有名气)
★
sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2012-04-27 18:53:26
引用回帖:
21楼: Originally posted by fegg7502 at 2012-04-27 14:00:48:
这个我还不清楚呢，，不过我没有用过插入奇数个的，你试试呢，，

如果是CNEB，奇数或偶数个image, 对鞍点的寻找问题不大，因为它们之间不是等距的。对于NEB， 因为他们是等距的，所以在找鞍点，奇数个像点，应该会好一些。
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追求真理
22楼2012-04-27 14:33:15
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普通回帖

likai0106

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-04-22 09:11:53
计算的文件夹下包括00 01 .....07 INCAR,POTCAR,KPOINT，00......07文件夹下只有POSCAR就可以。
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liuqun
2楼2012-04-22 08:07:13
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liuqun

木虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by likai0106 at 2012-04-22 08:07:13:
计算的文件夹下包括00 01 .....07 INCAR,POTCAR,KPOINT，00......07文件夹下只有POSCAR就可以。

谢谢
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3楼2012-04-22 09:36:58
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liuqun

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by likai0106 at 2012-04-22 08:07:13:
计算的文件夹下包括00 01 .....07 INCAR,POTCAR,KPOINT，00......07文件夹下只有POSCAR就可以。

你好，不行呢，我的作业刚提交上去就掉下来了，根本就不给算啊
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4楼2012-04-22 16:18:05
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gaojunfeng83

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖交流！ 2012-04-22 18:34:58
引用回帖:
4楼: Originally posted by liuqun at 2012-04-22 16:18:05:
你好，不行呢，我的作业刚提交上去就掉下来了，根本就不给算啊

2楼说的很对啊，不能算，检查下你的IMAGE 值是否正确，最好贴下出错信息和INCAR设置
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5楼2012-04-22 17:58:21
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liuqun

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by gaojunfeng83 at 2012-04-22 17:58:21:
2楼说的很对啊，不能算，检查下你的IMAGE 值是否正确，最好贴下出错信息和INCAR设置

.log文件里是这样写的
running on    6 nodes
each image running on    1 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    1 groups
forrtl: No such file or directory
forrtl: No such file or directory
forrtl: No such file or directory
forrtl: No such file or directory
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
forrtl: No such file or directory
forrtl: No such file or directory
forrtl: severe (29): file not found, unit 6, file /scratch/lq/h/02/stdout
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp52-ff-im-go-v  000000000121CB5D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000121B665  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  00000000011D46B9  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000118424F  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000001183A82  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000119487D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000000461673  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BB74  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BAAC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003619A1D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040B9B9  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (29): file not found, unit 6, file /scratch/lq/h/04/stdout
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp52-ff-im-go-v  000000000121CB5D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000121B665  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  00000000011D46B9  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000118424F  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000001183A82  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000119487D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000000461673  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BB74  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BAAC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003619A1D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040B9B9  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (29): file not found, unit 6, file /scratch/lq/h/05/stdout
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp52-ff-im-go-v  000000000121CB5D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000121B665  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  00000000011D46B9  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000118424F  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000001183A82  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000119487D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000000461673  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BB74  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BAAC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003619A1D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040B9B9  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (29): file not found, unit 8, file /scratch/lq/h/01/OUTCAR
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp52-ff-im-go-v  000000000121CB5D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000121B665  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  00000000011D46B9  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000118424F  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000001183A82  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000119487D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BDA7  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BAAC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003619A1D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040B9B9  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (29): file not found, unit 6, file /scratch/lq/h/03/stdout
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp52-ff-im-go-v  000000000121CB5D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000121B665  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  00000000011D46B9  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000118424F  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000001183A82  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000119487D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000000461673  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BB74  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BAAC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003619A1D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040B9B9  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (29): file not found, unit 6, file /scratch/lq/h/06/stdout
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp52-ff-im-go-v  000000000121CB5D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000121B665  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  00000000011D46B9  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000118424F  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000001183A82  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000119487D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000000461673  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BB74  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BAAC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003619A1D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040B9B9  Unknown               Unknown  Unknown
rank 5 in job 1  c15_58292   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 5: return code 29
rank 4 in job 1  c15_58292   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 4: return code 29
rank 3 in job 1  c15_58292   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 3: return code 29
rank 2 in job 1  c15_58292   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 2: return code 29
rank 1 in job 1  c15_58292   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 1: return code 29
INCAR：
SYSTEM =opt
PREC   =Accurate
GGA = PE
ENCUT  =400
ISTART =0;ICHARG =2
ISPIN =1; ISMEAR = 1
SIGMA = 0.01
NSW    =200
IBRION =3
ISIF = 2
EDIFF = 1.0e-05
EDIFFG = -1
POTIM = 0.0
IOPT = 3
MAXMOVE = 0.2
TIMESTEP = 0.1
ICHGIN = 0
IMAGES = 6
SPING = -5
NPAR   =1
LELF  =.TRUE.
LCLIMB = .TRUE.
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6楼2012-04-22 20:18:38
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ahu1221

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖交流！ 2012-04-22 22:07:29
ni你的00 01 02.。。里面的POSCAR格式都查看了吗，是否正确，使用nebmake插值的时候，好像POSCAR的第六行有点问题
赞一下 回复此楼
交流学习,求进步
7楼2012-04-22 21:02:59
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likai0106

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
WDD880227: 金币+1, 感谢回帖交流 2012-04-23 08:24:47
引用回帖:
6楼: Originally posted by liuqun at 2012-04-22 20:18:38:
.log文件里是这样写的
running on    6 nodes
each image running on    1 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    1 groups
forrtl: No such file or directory
forrtl: No such file or directory
...

这种计算方法没有问题，楼主遇到的问题请楼主检查并行软件mpi，确定你的mpi是好用的。还有确定你编译后的vasp没有错误。
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8楼2012-04-23 08:16:38
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mengfc

金虫 (正式写手)
请问这个NEB去哪里下载呢？
赞一下 回复此楼
9楼2012-04-23 09:31:32
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qfwuli

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2012-04-23 15:30:21
INCAR 中的POTIM=0.0 吗？
我算了一次设定POTIM=0.01可以继续
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

liuqun
10楼2012-04-23 14:04:29
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