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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » VASP寻找过渡态
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liuqun

木虫 (小有名气)
送鲜花一朵
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10楼: Originally posted by qfwuli at 2012-04-23 14:04:29:
INCAR 中的POTIM=0.0 吗？
我算了一次设定POTIM=0.01可以继续

我改成0.01.可是，还是不行，可能是VASP安装的问题吧
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11楼2012-04-23 15:47:54
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gaojunfeng83

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

liliangfang: 违规存档, 文明用语啊，不让简单回复是防止有人灌水，也是为了回复能具体一些，如果你不选择应助回帖就没有这个限制，谢谢合作 2012-04-24 11:33:50
引用回帖:
6楼: Originally posted by liuqun at 2012-04-22 20:18:38:
.log文件里是这样写的
running on    6 nodes
each image running on    1 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    1 groups
forrtl: No such file or directory
forrtl: No such file or directory
...

NPAR = 1 去掉试试看，
靠的，什么贴规， 简单的一句话，不让回复。非得跟一堆废话
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12楼2012-04-24 10:52:26
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liuqun

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by ahu1221 at 2012-04-22 21:02:59:
ni你的00 01 02.。。里面的POSCAR格式都查看了吗，是否正确，使用nebmake插值的时候，好像POSCAR的第六行有点问题

(Pt8 I)2  (P1) ~ E:/l q/medea/HCP-p.cif
   1.00000000000000     
              4.8057738239874404  -2.7746148109436000   0.0000000000000000
              0.0000000000000000   5.5492296218872097   0.0000000000000000
              0.0000000000000000   0.0000000000000000  21.7963886260986008
   16  2  
Selective dynamics
Direct
        0.0000000000000000  0.0000000000000000 0.0000000000000000 F F F
        0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.3220391473121450 F F T
        0.3333300054073334  0.1666699945926666  0.2143026809328245 F F T
        0.1666699945926666  0.3333300054073334  0.1077891461593933 F F T
        0.5000000000000000  0.0000000000000000  0.0000000000000000 F F F
        0.5000000000000000  0.0000000000000000  0.3220342888301489 F F T
        0.8333299756050110  0.1666699945926666  0.2143091676604259 F F T
        0.6666699647903442  0.3333300054073334  0.1077867217906369 F F T
        0.0000000000000000  0.5000000000000000  0.0000000000000000 F F F
        0.0000000000000000  0.5000000000000000  0.3220434155108293 F F T
        0.3333300054073334  0.6666699647903442  0.2143074719330247 F F T
        0.1666699945926666  0.8333299756050110  0.1077851494073853 F F T
        0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.0000000000000000 F F F
        0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.3220424661152452 F F T
        0.8333299756050110  0.6666699647903442  0.2143053313940485 F F T
        0.6666699647903442  0.8333299756050110  0.1077900810551995 F F T
        0.3150681375226332  0.2572389244353602  0.6083769002032471 T T T
        0.3178385152704689  0.2759217548389634  0.7312881350667978 T T T
我自己看不出错来，您帮我看看吧
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13楼2012-04-24 14:13:46
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fegg7502

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无

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
WDD880227: 金币+3, 感谢版主的细心回答 2012-04-25 08:39:39
1，用texa的nebmake。pl插点，一般插，2，4，8或16个
2，POSCAR的个数要与INCAR中images的个数相等
3，POTIM绝对不能选0的，你可以选0.1试试，然后微调
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liuqun
心诚意正，方可始终；身无苦灭，永登光明。
14楼2012-04-25 08:32:35
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liuqun

木虫 (小有名气)
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引用回帖:
14楼: Originally posted by fegg7502 at 2012-04-25 08:32:35:
1，用texa的nebmake。pl插点，一般插，2，4，8或16个
2，POSCAR的个数要与INCAR中images的个数相等
3，POTIM绝对不能选0的，你可以选0.1试试，然后微调

我用的服务器的节点是6个，，我只能插入6的整数倍吧？假如我插入2个，加上初态和终态的POSCAR，一共应该是4个吧，第一个是00，然后是01 02 03一共是四个文件夹,INCAR里的IMAGES = 我应该写2，还是4呢？我一直弄不清楚，望您赐教
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15楼2012-04-25 09:39:12
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fegg7502

荣誉版主 (知名作家)

无

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【答案】应助回帖

★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-04-26 08:28:23
引用回帖:
15楼: Originally posted by liuqun at 2012-04-25 09:39:12:
我用的服务器的节点是6个，，我只能插入6的整数倍吧？假如我插入2个，加上初态和终态的POSCAR，一共应该是4个吧，第一个是00，然后是01 02 03一共是四个文件夹,INCAR里的IMAGES = 我应该写2，还是4呢？我一直弄不 ...

看你的每个节点几个CPU？最好一个cpu算一个点吧，，我以前都这么做的。
一般来说3个点比较小，你看你从初始物到反应物原子移动的距离是多少？一般来说，你让主要移动的原子在相邻点的位移差应该是小于0.2埃，太大了不好找过渡态；
你说的这个，应该选images=2，，，你用nebmake的时候写的几个，image就用几
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心诚意正，方可始终；身无苦灭，永登光明。
16楼2012-04-25 22:13:31
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fegg7502

荣誉版主 (知名作家)

无

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引用回帖:
16楼: Originally posted by fegg7502 at 2012-04-25 22:13:31:
看你的每个节点几个CPU？最好一个cpu算一个点吧，，我以前都这么做的。
一般来说3个点比较小，你看你从初始物到反应物原子移动的距离是多少？一般来说，你让主要移动的原子在相邻点的位移差应该是小于0.2埃，太 ...

一般来说2个点比较少
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liuqun
心诚意正，方可始终；身无苦灭，永登光明。
17楼2012-04-25 22:15:16
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liuqun

木虫 (小有名气)
送鲜花一朵
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17楼: Originally posted by fegg7502 at 2012-04-25 22:15:16:
一般来说2个点比较少

你好，我的输入文件改了又改，一直不行，刚交上去组也就掉下来了，能给我一个正确的过渡态的算例吗？必有重谢
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18楼2012-04-26 13:50:47
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bjmaowei25

铜虫 (小有名气)
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14楼: Originally posted by fegg7502 at 2012-04-25 08:32:35:
1，用texa的nebmake。pl插点，一般插，2，4，8或16个
2，POSCAR的个数要与INCAR中images的个数相等
3，POTIM绝对不能选0的，你可以选0.1试试，然后微调

版主，问一下，为什么不插入奇数个image呢？
NEB 方法好像没有规定插入是偶数哦！

而且插入奇数个像，更好的能找到过渡太的位置！
望请点评！
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追求真理
19楼2012-04-27 11:32:53
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bjmaowei25

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
xueht987: 金币+1, 多谢回帖，鼓励交流！ 2012-07-06 10:15:29
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15楼: Originally posted by liuqun at 2012-04-25 09:39:12:
我用的服务器的节点是6个，，我只能插入6的整数倍吧？假如我插入2个，加上初态和终态的POSCAR，一共应该是4个吧，第一个是00，然后是01 02 03一共是四个文件夹,INCAR里的IMAGES = 我应该写2，还是4呢？我一直弄不 ...

楼主，你这是CNEB吧，可能是你设置的像image 太多。
不妨你这样改一下， image=1, 先找到鞍点位置.
因为你有6cpu, 运行 mpirun -np 6 vasp   并行计算，
Kpoint 先设置成Gamma 单点，收敛后，再加密.

得到鞍点后，再在左右检测是否有鞍点的存在，这是可以
多设几个像。

你运行看看，希望对你有用！
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追求真理
20楼2012-04-27 11:41:14
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