24小时热门版块排行榜    

查看: 3700  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

fangyongxinxi

新虫 (正式写手)

[求助] vasp 过渡态计算 线性插值方法。

如题,自己在用vasp做一个金属相变的过渡态,在vasp计算过程中,用nebmake.pl(网上下载的,用来生成neb中间点的小程序),但自己做的结果一直不能重复别人的工作。
so, 在做neb,生成中间点的过程中,还有其他方法吗 ?
或者在用这个小程序的时候,需要特别注意的地方时什么。
2.
有什么方法可以看到线性差值后,结构变化的过程(图形渐变显示) ?

谢谢。

[ Last edited by fangyongxinxi on 2011-5-28 at 19:18 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cavediger

金虫 (正式写手)

★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-08-25 23:34:19
引用回帖:
7楼: Originally posted by xiao72379 at 2011-08-24 16:12:49:
我和cavediger兄得认识有点出入 查了下VTST的脚本貌似NEB计算线性内插image用nebmake.pl是没什么问题的  网站上对这一脚本的解释如下:
usage: nebmake.pl (POSCAR1) (POSCAR2) (number of images, NI)
output ...

哈哈,正常正常,我用的版本比较老,后来的更新没有再看,很可能greame小伙子又改造了一下就NEBMAKE了.....
下面是原来的intepolate.pl,每次只能插入一个IMAGE,使用格式差不多,只是将你上面的IMAGE数,改成到IS的距离分数(假定IS到TS距离为单位长度):
CODE:
eval '(exit $?0)' && eval 'exec perl -S $0 ${1+"$@"}' && eval 'exec perl -S $0 $argv:q' if 0; #;-*- Perl -*-  # This program interpolates between two POSCAR files by the given fraction.  use FindBin qw($Bin); use lib "$Bin"; use Vasp;  @args=@ARGV; @args==3 || die "usage: interpolate.pl \n";  $poscarfile1=$args[0]; $poscarfile2=$args[1]; $fraction=$args[2];  ($coordinates1,$basis,$lattice,$num_atoms,$total_atoms,$selectiveflag,$selective)   =read_poscar($poscarfile1);  print "Read $poscarfile1...\n";  ($coordinates2,$basis,$lattice,$num_atoms,$total_atoms,$selectiveflag,$selective)   =read_poscar($poscarfile2);  $description=`head -n 1 $poscarfile1`; chop($description);  print "Read $poscarfile2...\n"; print "Total atoms: $total_atoms...\n"; print "Lattice: $lattice...\n";  for ($i=0;$i<$total_atoms;$i++) {   for ($j=0;$j<3;$j++) {     $interpolated->[$i][$j]=pbc($coordinates1->[$i][$j]+$fraction*                                 pbc($coordinates2->[$i][$j]-$coordinates1->[$i][$j]));   } }  write_poscar($interpolated,$basis,$lattice,$num_atoms,$total_atoms,$selectiveflag,$selective,$description,"POSCAR.out");

我们都老得太快,却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅,蓦然发现,本来就有一条笔直的路,直达山顶....
8楼2011-08-24 18:05:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

cavediger

金虫 (正式写手)


贺仪(金币+1): 多谢指导 2011-06-01 20:14:10
引用回帖:
Originally posted by fangyongxinxi at 2011-05-28 14:24:36:
如题,自己在用vasp做一个金属相变的过渡态,在vasp计算过程中,用nebmake.pl(网上下载的,用来生成neb中间点的小程序),但自己做的结果一直不能重复别人的工作。
so, 在做neb,生成中间点的过程中,还有其他方 ...

插值用INTERPOLATE吧,好像不是用nebmake
我们都老得太快,却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅,蓦然发现,本来就有一条笔直的路,直达山顶....
2楼2011-06-01 18:49:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangyongxinxi

新虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by cavediger at 2011-06-01 18:49:57:
插值用INTERPOLATE吧,好像不是用nebmake

请问interpolate在哪里有下载?
望指教,谢谢。
3楼2011-06-01 20:44:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cavediger

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by fangyongxinxi at 2011-06-01 20:44:59:
请问interpolate在哪里有下载?
望指教,谢谢。

和你的nebmake一样,都是Henkelmann的..
我们都老得太快,却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅,蓦然发现,本来就有一条笔直的路,直达山顶....
4楼2011-06-01 22:38:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 什么时候开奖? +4 CrisMessi 2026-08-18 4/200 2026-08-19 00:53 by gatelove
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 9/450 2026-08-18 20:09 by 奶牛小黑
[基金申请] 朋友圈看到的 +4 wangzilk 2026-08-18 5/250 2026-08-18 19:25 by wangzilk
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +51 医学老男孩 2026-08-13 110/5500 2026-08-18 19:07 by icerianxia
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +8 基诺咪客 2026-08-17 11/550 2026-08-18 17:13 by 悠然熊猫
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +13 Ldrop2023 2026-08-13 16/800 2026-08-18 12:25 by 淀粉搬运工
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +4 Tide man 2026-08-14 5/250 2026-08-18 11:35 by Tide man
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] Filecode 又变了,巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
信息提示
请填处理意见