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fangyongxinxi

新虫 (正式写手)

[求助] vasp 过渡态计算 线性插值方法。

如题,自己在用vasp做一个金属相变的过渡态,在vasp计算过程中,用nebmake.pl(网上下载的,用来生成neb中间点的小程序),但自己做的结果一直不能重复别人的工作。
so, 在做neb,生成中间点的过程中,还有其他方法吗 ?
或者在用这个小程序的时候,需要特别注意的地方时什么。
2.
有什么方法可以看到线性差值后,结构变化的过程(图形渐变显示) ?

谢谢。

[ Last edited by fangyongxinxi on 2011-5-28 at 19:18 ]
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cavediger

金虫 (正式写手)

★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-08-25 23:34:19
引用回帖:
7楼: Originally posted by xiao72379 at 2011-08-24 16:12:49:
我和cavediger兄得认识有点出入 查了下VTST的脚本貌似NEB计算线性内插image用nebmake.pl是没什么问题的  网站上对这一脚本的解释如下:
usage: nebmake.pl (POSCAR1) (POSCAR2) (number of images, NI)
output ...

哈哈,正常正常,我用的版本比较老,后来的更新没有再看,很可能greame小伙子又改造了一下就NEBMAKE了.....
下面是原来的intepolate.pl,每次只能插入一个IMAGE,使用格式差不多,只是将你上面的IMAGE数,改成到IS的距离分数(假定IS到TS距离为单位长度):
CODE:
eval '(exit $?0)' && eval 'exec perl -S $0 ${1+"$@"}' && eval 'exec perl -S $0 $argv:q' if 0; #;-*- Perl -*-  # This program interpolates between two POSCAR files by the given fraction.  use FindBin qw($Bin); use lib "$Bin"; use Vasp;  @args=@ARGV; @args==3 || die "usage: interpolate.pl \n";  $poscarfile1=$args[0]; $poscarfile2=$args[1]; $fraction=$args[2];  ($coordinates1,$basis,$lattice,$num_atoms,$total_atoms,$selectiveflag,$selective)   =read_poscar($poscarfile1);  print "Read $poscarfile1...\n";  ($coordinates2,$basis,$lattice,$num_atoms,$total_atoms,$selectiveflag,$selective)   =read_poscar($poscarfile2);  $description=`head -n 1 $poscarfile1`; chop($description);  print "Read $poscarfile2...\n"; print "Total atoms: $total_atoms...\n"; print "Lattice: $lattice...\n";  for ($i=0;$i<$total_atoms;$i++) {   for ($j=0;$j<3;$j++) {     $interpolated->[$i][$j]=pbc($coordinates1->[$i][$j]+$fraction*                                 pbc($coordinates2->[$i][$j]-$coordinates1->[$i][$j]));   } }  write_poscar($interpolated,$basis,$lattice,$num_atoms,$total_atoms,$selectiveflag,$selective,$description,"POSCAR.out");

我们都老得太快,却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅,蓦然发现,本来就有一条笔直的路,直达山顶....
8楼2011-08-24 18:05:30
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cavediger

金虫 (正式写手)

★
贺仪(金币+1): 多谢指导 2011-06-01 20:14:10
引用回帖:
Originally posted by fangyongxinxi at 2011-05-28 14:24:36:
如题,自己在用vasp做一个金属相变的过渡态,在vasp计算过程中,用nebmake.pl(网上下载的,用来生成neb中间点的小程序),但自己做的结果一直不能重复别人的工作。
so, 在做neb,生成中间点的过程中,还有其他方 ...

插值用INTERPOLATE吧,好像不是用nebmake
我们都老得太快,却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅,蓦然发现,本来就有一条笔直的路,直达山顶....
2楼2011-06-01 18:49:57
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fangyongxinxi

新虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by cavediger at 2011-06-01 18:49:57:
插值用INTERPOLATE吧,好像不是用nebmake

请问interpolate在哪里有下载?
望指教,谢谢。
3楼2011-06-01 20:44:59
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cavediger

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by fangyongxinxi at 2011-06-01 20:44:59:
请问interpolate在哪里有下载?
望指教,谢谢。

和你的nebmake一样,都是Henkelmann的..
我们都老得太快,却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅,蓦然发现,本来就有一条笔直的路,直达山顶....
4楼2011-06-01 22:38:10
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