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[交流]
【文献学习】JACS上一篇纯DFT计算的文献： CI-NEB计算，Leuwdin布局分析，态密度分析
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根据第一性原理板块版务讨论精神，尝试开展文献讨论活动。水平有限，欢迎大家批评指导。尽管如此，我还是希望以讨论而不是求助的语气来展开。希望更多虫友参与此项活动：贴出自己阅读的有意思的文献，拿出来讨论一下，供大家学习参考！【标题】：Reaction Mechanisms for the CO Oxidation on Au/CeO2 Catalysts: Activity of Substitutional Au3+/Au+ cations and Deactivation of Supported Au+ Adatoms 下载信息：
 这个是用CNEB方法算的CO在Au@CeO2(111) 上吸附并被CeO2表面O氧化的反应路径。前面计算方法中交代了用20images. 图上列出的IS和FS，以及中间的Splillover, MS,Oxidation几个阶段都太有故事了吧。仅仅通过线性插值能得出这样的过程吗？ 这篇文章中用PBE，别的文献也有用PW91的。对于含f电子的稀土金属氧化物和贵金属体系，选择赝势有什么考虑呢？
同时问问，为什么这篇文章可以发JACS呢？好像不是很牛逼呢。或者是JACS也不是很牛？（文章写得确实好，计算是不难，难在作者的谋篇布局，论述说理） google了一下 Stefano Fabris. 2009年他拿这篇文章到天津大学讲座。这人至今还不是Democritos的终生雇员，一个tenure track。
 上表是Support Information中的Leuwdin（eu表示o上两点）五种结构的布局分析最相关的三个原子的结果，包括一个Au原子，和两个Ce原子。其它原子布局可以忽略。 Support Information中把Au布局结果分成两组，9.5以下的两个数取平均，认为是Au3+离子；9.5以上三个取平均，认为是Au+离子。Ce也分为两组，小于1的认为是Ce4+，大于1的，认为是Ce3+. 为什么可以这样求平均呢？ 实际上元素周期表中Au外层为5d10-6s1。而文献中用5d9.5-6s1-6p0.5。为什么可以这样选取呢？
 请仔细阅读图下面的说明文字。先列出两个相关联的问题： （1）上图中左边a和d represent the bonding charge integrated in planes perpendicular to the surface and plotted as a function of the height from the surface. （2）中间图b和e display the bonding charge plotted at the value of 0.06 electrons/A^3. Electron accumulation and depletion are represented by red and blueareas, respectively. 上面两处蓝色字体是什么意思呢？bonding charge是怎么得到的？差分电荷？
上面图片中的文字是在文献中扣出来的。这里交代了如何计算bonding charge. 即在同一个box里分别计算AB,A，B三个部分的电荷密度。这个可不是差分电荷密度呢。火力集中在A,B的界面上。 总结起来，分析电荷密度，研究成键情况，至少有有三种方法处理电荷密度了：差分电荷密度，局域函数，和这里的bonding charge. 注意到其中能来那个计算Eads=Etot-(Esub-Ex)。为什么这样呢？不是应该是Etot-(Esub+Ex)吗？这是不是ESPRESSO软件的特点之一？ 文中说Ex是单个原子Au在气相中的能量。但是没有交代怎么算的。那么Etot,Esub和Ex是不是要用同一个box,同一k设置，同一截断能呢？我自己试过，单个Au原子在不同情况下的基态（截断能和k设置合理的情况下）能量差别不大。 [ Last edited by cenwanglai on 2011-6-27 at 17:35 ] |
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7楼2010-12-06 18:19:40
9楼2010-12-07 09:19:12
★ ★
zzy870720z(金币+2):鼓励讨论交流 2010-12-16 11:48:44
zzy870720z(金币+2):鼓励讨论交流 2010-12-16 11:48:44
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写邮件问了文章通讯作者Fabris，他的回复如下： The MS image was initially found as a metastable adsorption configuration in a full NEB calculation from the IS to the FS. With this information, we then split the search for the minimum-energy path into two separate calculations, one for the IS-MS and one for the MS-FS, as you correctly guessed. 本文来自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2669304&page=1#pid607175 |
13楼2010-12-16 11:24:11
★ ★
zzy870720z(金币+2):谢谢讨论 2010-12-06 12:04:44
cenwanglai(金币+3):呵呵，谢谢回复。这边讨论着。我写邮件问问文章作者。 2010-12-06 12:45:25
cenwanglai(金币+1):问了文章通讯作者Fabris，中间过程确实是算出来的。后面我附上他的回信。 2010-12-16 11:20:47
zzy870720z(金币+2):谢谢讨论 2010-12-06 12:04:44
cenwanglai(金币+3):呵呵，谢谢回复。这边讨论着。我写邮件问问文章作者。 2010-12-06 12:45:25
cenwanglai(金币+1):问了文章通讯作者Fabris，中间过程确实是算出来的。后面我附上他的回信。 2010-12-16 11:20:47
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我想这些中间过程不是“设计”出来的，而是确实算出来的。image选的多一些，也许确实可以得出这些结构。 对于重金属体系，关键的我觉得这些PBE和PW91其实都是一回事，除非采用杂化泛函。主要是还要考虑强关联效应。 |
2楼2010-12-06 11:46:37
3楼2010-12-06 12:44:23
4楼2010-12-06 12:56:19
5楼2010-12-06 13:15:56
★
youzhizhe(金币+1):鼓励讨论。 2010-12-06 19:51:31
youzhizhe(金币+1):鼓励讨论。 2010-12-06 19:51:31
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谢谢回复。 针对lz给出的反应路径，IS,FS中间给出了spillover, MS和Oxidation 三个关键中间态。看起来MS是猜出来的，然后在IS-MS,MS-FS之间插入若干images。 是不是按照如下的程序？ （1）建立IS和FS结构，优化到基态 （2）建立MS结构，优化到基态 （3）在MS两边线性插值，一边插入4个，另外一边插入5个，加上MS，一共10个images. （4）对IS----4 images----MS-----5 images----FS chain作CNEB优化。 [ Last edited by cenwanglai on 2010-12-6 at 15:01 ] |
6楼2010-12-06 15:00:27
8楼2010-12-07 09:16:23
10楼2010-12-07 10:59:04
11楼2010-12-07 11:16:16
12楼2010-12-07 16:22:51
14楼2010-12-16 11:57:21
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