| 查看: 10889 | 回复: 30 | ||||||||||||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||||||||||||||
[交流]
【文献学习】JACS上一篇纯DFT计算的文献： CI-NEB计算，Leuwdin布局分析，态密度分析
|
||||||||||||||||
根据第一性原理板块版务讨论精神，尝试开展文献讨论活动。水平有限，欢迎大家批评指导。尽管如此，我还是希望以讨论而不是求助的语气来展开。希望更多虫友参与此项活动：贴出自己阅读的有意思的文献，拿出来讨论一下，供大家学习参考！【标题】：Reaction Mechanisms for the CO Oxidation on Au/CeO2 Catalysts: Activity of Substitutional Au3+/Au+ cations and Deactivation of Supported Au+ Adatoms 下载信息：
 这个是用CNEB方法算的CO在Au@CeO2(111) 上吸附并被CeO2表面O氧化的反应路径。前面计算方法中交代了用20images. 图上列出的IS和FS，以及中间的Splillover, MS,Oxidation几个阶段都太有故事了吧。仅仅通过线性插值能得出这样的过程吗？ 这篇文章中用PBE，别的文献也有用PW91的。对于含f电子的稀土金属氧化物和贵金属体系，选择赝势有什么考虑呢？
同时问问，为什么这篇文章可以发JACS呢？好像不是很牛逼呢。或者是JACS也不是很牛？（文章写得确实好，计算是不难，难在作者的谋篇布局，论述说理） google了一下 Stefano Fabris. 2009年他拿这篇文章到天津大学讲座。这人至今还不是Democritos的终生雇员，一个tenure track。
 上表是Support Information中的Leuwdin（eu表示o上两点）五种结构的布局分析最相关的三个原子的结果，包括一个Au原子，和两个Ce原子。其它原子布局可以忽略。 Support Information中把Au布局结果分成两组，9.5以下的两个数取平均，认为是Au3+离子；9.5以上三个取平均，认为是Au+离子。Ce也分为两组，小于1的认为是Ce4+，大于1的，认为是Ce3+. 为什么可以这样求平均呢？ 实际上元素周期表中Au外层为5d10-6s1。而文献中用5d9.5-6s1-6p0.5。为什么可以这样选取呢？
 请仔细阅读图下面的说明文字。先列出两个相关联的问题： （1）上图中左边a和d represent the bonding charge integrated in planes perpendicular to the surface and plotted as a function of the height from the surface. （2）中间图b和e display the bonding charge plotted at the value of 0.06 electrons/A^3. Electron accumulation and depletion are represented by red and blueareas, respectively. 上面两处蓝色字体是什么意思呢？bonding charge是怎么得到的？差分电荷？
上面图片中的文字是在文献中扣出来的。这里交代了如何计算bonding charge. 即在同一个box里分别计算AB,A，B三个部分的电荷密度。这个可不是差分电荷密度呢。火力集中在A,B的界面上。 总结起来，分析电荷密度，研究成键情况，至少有有三种方法处理电荷密度了：差分电荷密度，局域函数，和这里的bonding charge. 注意到其中能来那个计算Eads=Etot-(Esub-Ex)。为什么这样呢？不是应该是Etot-(Esub+Ex)吗？这是不是ESPRESSO软件的特点之一？ 文中说Ex是单个原子Au在气相中的能量。但是没有交代怎么算的。那么Etot,Esub和Ex是不是要用同一个box,同一k设置，同一截断能呢？我自己试过，单个Au原子在不同情况下的基态（截断能和k设置合理的情况下）能量差别不大。 [ Last edited by cenwanglai on 2011-6-27 at 17:35 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 仿真建模与计算 | VASP | 第一原理资料汇编 | vasp |
| 第一性原理和电化学 | first principle | 第一性 | 软件 程序拟合等 |
| vasp | 应该这么读文献 | 计算化学 | MS软件 |
| 收藏 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
awmc2008» 猜你喜欢
321求调剂
已经有3人回复
-
求调剂
已经有4人回复
-
08开头275求调剂
已经有3人回复
-
329求调剂
已经有10人回复
-
294分080500材料科学与工程求调剂
已经有3人回复
-
复试调剂，一志愿南农083200食品科学与工程
已经有3人回复
-
085701环境工程，267求调剂
已经有4人回复
-
0703化学求调剂
已经有5人回复
-
07化学280分求调剂
已经有8人回复
-
081200-11408-276学硕求调剂
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 想合成一物质，文献的方法为什么这么复杂？有什么玄机？
已经有6人回复
- 关于CO2的插入反应
已经有7人回复
- DFT计算过程中断，如何接着算
已经有3人回复
- neb优化结束 计算频率 INCAR应该怎么改？
已经有10人回复
- NEB计算过渡态和反应路径
已经有9人回复
- 博士第一篇SCI，给延期的我打了强心针
已经有677人回复
- 等效位置的态密度分析
已经有9人回复
- 哪本书对您学习掌握DFT帮助最大？
已经有38人回复
- 文献回顾分析与META有什么异同？
已经有0人回复
- DFT计算 电容
已经有7人回复
- vasp可以固定单个原子的磁矩吗？
已经有5人回复
- 【求助】总态密度与分波态密度
已经有9人回复
- 【求助】两种计算电荷密度的方法得到的结果相差很大
已经有9人回复
- 【求助】物理吸附的态密度图
已经有5人回复
- 【求助】MS中局域态密度的计算
已经有3人回复
- 【求助】反应路径能量图怎么画？
已经有7人回复
- 【求助】表面优化分析
已经有9人回复
- 【求助】用DFT如何计算磁性物质的顺磁态
已经有3人回复
- 【求助】金属掺杂态密度分析
已经有12人回复
- 【求助成功】CNEB后,还需要做结构优化?
已经有5人回复
- 【求助】如何算adsorption energy ?
已经有5人回复
- 【求助】DFT 计算气体
已经有4人回复
- 【求助】如何用origin做pdos图!
已经有9人回复
- 【求助】计算出来的带隙值比文献上计算出来的小
已经有9人回复
- 【求助】VASP算布局数分析
已经有16人回复
- 【讨论】DFT方法属不属于从头算？
已经有13人回复
- 【资源】一篇介绍gaussian计算ECD谱原理的的文献
已经有7人回复
- 【求助】vasp的NEB计算,输出需要哪些参数?
已经有7人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
中国农业科学院农业环境与可持续发展研究所博士后招聘
+1/284
-
西南交通大学医学院招收生物医学工程和材料与化工专业硕士研究生
+1/183
-
香港中文大学（深圳）靳羽华教授交叉实验室高薪诚聘博士后（光致变色方向）
+2/120
-
西南交通大学医学院招收生物医学工程和材料与化工专业硕士研究生
+1/76
-
国自然面上祈福
+1/72
-
艾里卡特 (Alicat) - 燃料电池测试系统与质量流量和压力仪表
+3/61
-
08开头有调剂需求的同学
+3/49
-
2026 年山东建筑大学金属增材制造方向硕士研究生调剂公告
+1/48
-
沈阳农业大学生物与医药专硕招收调剂生！！！！！！！！！！
+1/37
-
澳大利亚昆士兰大学化工学院招收全奖博士生2名
+1/26
-
博士招生 | 青岛科技大学（高分子、化学、材料、力学、机电工程、计算机仿真）
+1/13
-
哈工大赫晓东院士团队隋超教授招收材料学博士1名
+1/8
-
福建师范大学国家级人才团队招收2026年博士研究生
+1/6
-
【博士招生】上海交通大学陈倩栎课题组招收2026年申请-考核博士生1名（能源材料方向）
+1/5
-
中国地质大学（武汉）清洁能源与资源循环团队诚招科研助理/2026级硕士、博士生/博士后
+1/5
-
中国科学技术大学纳米科学技术学院张振教授/江雷院士诚招2026级博士
+1/4
-
085602调剂
+1/3
-
陶瓷膜孔径测试方法解析———优选方案与技术发展
+1/2
-
上海交通大学化学化工学院张智涛课题组诚聘博士后
+1/1
-
香港大学 化学系 博后招聘
+1/1
5楼2010-12-06 13:15:56
★ ★
zzy870720z(金币+2):谢谢讨论 2010-12-06 12:04:44
cenwanglai(金币+3):呵呵，谢谢回复。这边讨论着。我写邮件问问文章作者。 2010-12-06 12:45:25
cenwanglai(金币+1):问了文章通讯作者Fabris，中间过程确实是算出来的。后面我附上他的回信。 2010-12-16 11:20:47
zzy870720z(金币+2):谢谢讨论 2010-12-06 12:04:44
cenwanglai(金币+3):呵呵，谢谢回复。这边讨论着。我写邮件问问文章作者。 2010-12-06 12:45:25
cenwanglai(金币+1):问了文章通讯作者Fabris，中间过程确实是算出来的。后面我附上他的回信。 2010-12-16 11:20:47
|
我想这些中间过程不是“设计”出来的，而是确实算出来的。image选的多一些，也许确实可以得出这些结构。 对于重金属体系，关键的我觉得这些PBE和PW91其实都是一回事，除非采用杂化泛函。主要是还要考虑强关联效应。 |
2楼2010-12-06 11:46:37
3楼2010-12-06 12:44:23
4楼2010-12-06 12:56:19
