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【文献学习】JACS上一篇纯DFT计算的文献: CI-NEB计算,Leuwdin布局分析,态密度分析
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根据第一性原理板块版务讨论精神,尝试开展文献讨论活动。水平有限,欢迎大家批评指导。尽管如此,我还是希望以讨论而不是求助的语气来展开。希望更多虫友参与此项活动:贴出自己阅读的有意思的文献,拿出来讨论一下,供大家学习参考!【标题】:Reaction Mechanisms for the CO Oxidation on Au/CeO2 Catalysts: Activity of Substitutional Au3+/Au+ cations and Deactivation of Supported Au+ Adatoms 下载信息:
![]() 这个是用CNEB方法算的CO在Au@CeO2(111) 上吸附并被CeO2表面O氧化的反应路径。前面计算方法中交代了用20images. 图上列出的IS和FS,以及中间的Splillover, MS,Oxidation几个阶段都太有故事了吧。仅仅通过线性插值能得出这样的过程吗? 这篇文章中用PBE,别的文献也有用PW91的。对于含f电子的稀土金属氧化物和贵金属体系,选择赝势有什么考虑呢?
同时问问,为什么这篇文章可以发JACS呢?好像不是很牛逼呢。或者是JACS也不是很牛?(文章写得确实好,计算是不难,难在作者的谋篇布局,论述说理) google了一下 Stefano Fabris. 2009年他拿这篇文章到天津大学讲座。这人至今还不是Democritos的终生雇员,一个tenure track。
![]() 上表是Support Information中的Leuwdin(eu表示o上两点)五种结构的布局分析最相关的三个原子的结果,包括一个Au原子,和两个Ce原子。其它原子布局可以忽略。 Support Information中把Au布局结果分成两组,9.5以下的两个数取平均,认为是Au3+离子;9.5以上三个取平均,认为是Au+离子。Ce也分为两组,小于1的认为是Ce4+,大于1的,认为是Ce3+. 为什么可以这样求平均呢? 实际上元素周期表中Au外层为5d10-6s1。而文献中用5d9.5-6s1-6p0.5。为什么可以这样选取呢?
![]() 请仔细阅读图下面的说明文字。先列出两个相关联的问题: (1)上图中左边a和d represent the bonding charge integrated in planes perpendicular to the surface and plotted as a function of the height from the surface. (2)中间图b和e display the bonding charge plotted at the value of 0.06 electrons/A^3. Electron accumulation and depletion are represented by red and blueareas, respectively. 上面两处蓝色字体是什么意思呢?bonding charge是怎么得到的?差分电荷? 上面图片中的文字是在文献中扣出来的。这里交代了如何计算bonding charge. 即在同一个box里分别计算AB,A,B三个部分的电荷密度。这个可不是差分电荷密度呢。火力集中在A,B的界面上。 总结起来,分析电荷密度,研究成键情况,至少有有三种方法处理电荷密度了:差分电荷密度,局域函数,和这里的bonding charge. 注意到其中能来那个计算Eads=Etot-(Esub-Ex)。为什么这样呢?不是应该是Etot-(Esub+Ex)吗?这是不是ESPRESSO软件的特点之一? 文中说Ex是单个原子Au在气相中的能量。但是没有交代怎么算的。那么Etot,Esub和Ex是不是要用同一个box,同一k设置,同一截断能呢?我自己试过,单个Au原子在不同情况下的基态(截断能和k设置合理的情况下)能量差别不大。 [ Last edited by cenwanglai on 2011-6-27 at 17:35 ] |
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5楼2010-12-06 13:15:56
★ ★
zzy870720z(金币+2):谢谢讨论 2010-12-06 12:04:44
cenwanglai(金币+3):呵呵,谢谢回复。这边讨论着。我写邮件问问文章作者。 2010-12-06 12:45:25
cenwanglai(金币+1):问了文章通讯作者Fabris,中间过程确实是算出来的。后面我附上他的回信。 2010-12-16 11:20:47
zzy870720z(金币+2):谢谢讨论 2010-12-06 12:04:44
cenwanglai(金币+3):呵呵,谢谢回复。这边讨论着。我写邮件问问文章作者。 2010-12-06 12:45:25
cenwanglai(金币+1):问了文章通讯作者Fabris,中间过程确实是算出来的。后面我附上他的回信。 2010-12-16 11:20:47
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我想这些中间过程不是“设计”出来的,而是确实算出来的。image选的多一些,也许确实可以得出这些结构。 对于重金属体系,关键的我觉得这些PBE和PW91其实都是一回事,除非采用杂化泛函。主要是还要考虑强关联效应。 |
2楼2010-12-06 11:46:37
3楼2010-12-06 12:44:23
4楼2010-12-06 12:56:19


















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