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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】vasp用neb计算过渡态报错，错误提示是什么意思？
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fuel

铁虫 (小有名气)

[交流] 【求助】vasp用neb计算过渡态报错，错误提示是什么意思？

在vasp中neb方法计算过渡态，用Vasp TST Tools。使用了8个image。计算了一天半之后报错如下，请帮忙看是什么原因，怎么改进。

forrtl: Socket operation on non-socket
forrtl: severe (38): error during write, unit 8, file /home/00to09/05/OUTCAR
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp-neb           000000000073F8FD  Unknown               Unknown  Unknown
vasp-neb           000000000073E405  Unknown               Unknown  Unknown
vasp-neb           000000000068334F  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          000000343441D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp-neb           0000000000438299  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (28): CLOSE error, unit 20, file "Unknown"
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp-neb           0000000000682B82  Unknown               Unknown  Unknown
vasp-neb           00000000006C896B  Unknown               Unknown  Unknown
vasp-neb           0000000000CE9C07  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          000000343441D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp-neb           0000000000438299  Unknown               Unknown  Unknown
--------------------------------------------------------------------------
mpirun has exited due to process rank 4 with PID 14985 on
node node25 exiting without calling "finalize". This may
have caused other processes in the application to be
terminated by signals sent by mpirun (as reported here).
--------------------------------------------------------------------------
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1楼 2010-08-10 09:02:45
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fuel

铁虫 (小有名气)
看来这是个生僻的问题。希望这个坑将来有人来填一下。
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2楼2010-08-12 10:34:07
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lsh1986914

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
我现在也在搞这个，也出现一大堆问题。我出现的问题也是莫名奇妙
[node14:19293] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node14:19295] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node14:19295] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node14:19295] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node14:19295] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)
[node14:19293] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node14:19293] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node14:19293] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)
[node14:19294] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node14:19294] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node14:19294] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node14:19294] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)
[node14:19297] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node14:19297] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node14:19297] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node14:19297] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)
[node14:19298] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node14:19298] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node14:19298] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node14:19298] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)
[node14:19299] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node14:19299] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node14:19299] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node14:19299] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)
[node14:19300] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node14:19300] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node14:19300] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node14:19300] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)
[node14:19296] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node14:19296] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node14:19296] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[node14:19296] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (goodbye)
也纠结
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3楼2011-10-25 10:51:09
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hnuzhoulin

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-10-25 20:51:14
forrtl: severe (38): error during write, unit 8, file /home/00to09/05/OUTCAR
如果这个提示是原因，是不是磁盘满了？或者quota到了限定值？

因为毕竟已经开始计算了那么久，或者如果是集群，也有能是网络问题
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4楼2011-10-25 19:12:58
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hnuzhoulin

金虫 (小有名气)
★
uuv2010(金币+1): 欢迎参加交流 2011-10-25 20:51:22
引用回帖:
3楼: Originally posted by lsh1986914 at 2011-10-25 10:51:09:
我现在也在搞这个，也出现一大堆问题。我出现的问题也是莫名奇妙
[node14:19293] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node14:19295] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node14:19295] *** on ...

你是运行过程中吗？？
那应该就是编译所用MPI和运行时的不一致。
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5楼2011-10-25 19:13:47
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04nylxb

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
mazuju028(金币+1): 谢谢交流 2011-10-26 07:57:47
node node25 exiting without calling "finalize".
出现这个提示是MPI出问题，MPI无法调用finalize函数，估计是你mpi安装有问题
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集中精力发文章
6楼2011-10-25 22:36:17
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lsh1986914

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
mpi怎么不会有问题，我不算NEB就好好的可以算，不出问题。
而且，我在集群上用公共的mpi和来算也是这问题。
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7楼2011-10-26 09:47:56
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
你对这个文件夹有读写权限吗？/home/00to09/05/OUTCAR
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
8楼2011-10-26 13:35:45
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likai0106

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by lsh1986914 at 2011-10-25 10:51:09:
我现在也在搞这个，也出现一大堆问题。我出现的问题也是莫名奇妙
[node14:19293] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node14:19295] *** An error occurred in MPI_Cart_create
[node14:19295] *** on ...

哥们出现的是mpi的错误！检查你的mpi是否能正常运行。
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9楼2011-10-26 14:12:15
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lsh1986914

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
恩，本人现在正在考虑换一个mpich重装试试
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10楼2011-10-27 15:06:42
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