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gjh123

金虫 (正式写手)

[求助] vasp 并行运算出错

使用openmpi 并行编译的vasp 每次运行时都会出现下面的错误而不能运行，哪位vasp 的高手知道，能帮忙解答一下啊。
       错误：mpirun noticed that process rank 1 with PID 3716 on node localhost.localdomain exited on signal 11 (Segmentation fault).
       本来以为是因为内存不够的原因，又买了个2G 的内存条加上后(总共4G内存)，运行vasp显示只用了60% 左右的内存，但还是出现上面的错误而不能继续运行下去。郁闷啊！有什么方法可以解决一下吗？
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1楼 2011-09-07 16:21:09
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顺水

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
gjh123(金币+10): 2011-09-07 16:39:30
zzy870720z(金币+1): 鼓励交流 2011-09-08 09:13:47
(总共4G内存)，
多少原子啊？
可能是内存不足
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2楼2011-09-07 16:28:10
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gjh123

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 顺水 at 2011-09-07 16:28:10:
(总共4G内存)，
多少原子啊？
可能是内存不足

有80个原子，但是运行时，内存显示只用了2.1G左右。内存够的啊。
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3楼2011-09-07 16:39:02
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后天一

木虫 (小有名气)

我们的自由！

【答案】应助回帖

★
gjh123(金币+20): 2011-09-07 17:36:49
zzy870720z(金币+1): 谢谢指点 2011-09-08 09:13:58
我以前经常碰到这个错误提示，这个问题的原因比较复杂，和编译器有关系，试试在FFLAGS 选项的赋值中增加  
-heap-arrays  64
重新编译vasp，不过通常不管啥用，换个编译器比如PGI，可以解决问题。
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4楼2011-09-07 16:39:57
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gjh123

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 后天一 at 2011-09-07 16:39:57:
我以前经常碰到这个错误提示，这个问题的原因比较复杂，和编译器有关系，试试在FFLAGS 选项的赋值中增加  
-heap-arrays  64
重新编译vasp，不过通常不管啥用，换个编译器比如PGI，可以解决问题。

非常谢谢，加上FFLAGS= -heap-arrays 64这个赋值编译出的vasp, 已经运行成功了。刚刚也从这个贴子中发现了这个解决的方法。 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2493388&fpage=1.  再次感谢各位的帮助。
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5楼2011-09-07 17:36:40
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ruby1122

新虫 (初入文坛)
本人在编译单点clm4.5之后，用yhbatch指令提交，cesm.log文件总是出现以下报错，请问有谁遇到过类似问题，改怎样解决呢？不甚感激！
(seq_comm_setcomm)  initialize ID (  1 GLOBAL          ) pelist   =     0     0     1 ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_setcomm)  initialize ID (  2 CPL             ) pelist   =     0     0     1 ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_setcomm)  initialize ID ( 17 ATM             ) pelist   =     0     0     1 ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_joincomm) initialize ID ( 18 CPLATM          ) join IDs =     2    17       ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_jcommarr) initialize ID (  3 ALLATMID        ) join multiple comp IDs       ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_joincomm) initialize ID ( 10 CPLALLATMID     ) join IDs =     2     3       ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_setcomm)  initialize ID ( 19 LND             ) pelist   =     0     0     1 ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_joincomm) initialize ID ( 20 CPLLND          ) join IDs =     2    19       ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_jcommarr) initialize ID (  4 ALLLNDID        ) join multiple comp IDs       ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_joincomm) initialize ID ( 11 CPLALLLNDID     ) join IDs =     2     4       ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_setcomm)  initialize ID ( 21 OCN             ) pelist   =     0     0     1 ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_joincomm) initialize ID ( 22 CPLOCN          ) join IDs =     2    21       ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_jcommarr) initialize ID (  5 ALLOCNID        ) join multiple comp IDs       ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_joincomm) initialize ID ( 12 CPLALLOCNID     ) join IDs =     2     5       ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_setcomm)  initialize ID ( 23 ICE             ) pelist   =     0     0     1 ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_joincomm) initialize ID ( 24 CPLICE          ) join IDs =     2    23       ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_jcommarr) initialize ID (  6 ALLICEID        ) join multiple comp IDs       ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_joincomm) initialize ID ( 13 CPLALLICEID     ) join IDs =     2     6       ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_setcomm)  initialize ID ( 25 GLC             ) pelist   =     0     0     1 ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_joincomm) initialize ID ( 26 CPLGLC          ) join IDs =     2    25       ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_jcommarr) initialize ID (  7 ALLGLCID        ) join multiple comp IDs       ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_joincomm) initialize ID ( 14 CPLALLGLCID     ) join IDs =     2     7       ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_setcomm)  initialize ID ( 27 ROF             ) pelist   =     0     0     1 ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_joincomm) initialize ID ( 28 CPLROF          ) join IDs =     2    27       ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_jcommarr) initialize ID (  8 ALLROFID        ) join multiple comp IDs       ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_joincomm) initialize ID ( 15 CPLALLROFID     ) join IDs =     2     8       ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_setcomm)  initialize ID ( 29 WAV             ) pelist   =     0     0     1 ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_joincomm) initialize ID ( 30 CPLWAV          ) join IDs =     2    29       ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_jcommarr) initialize ID (  9 ALLWAVID        ) join multiple comp IDs       ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_joincomm) initialize ID ( 16 CPLALLWAVID     ) join IDs =     2     9       ( npes =     1) ( nthreads =  1)
(seq_comm_printcomms)     1     0     1     1  GLOBAL:
(seq_comm_printcomms)     2     0     1     1  CPL:
(seq_comm_printcomms)     3     0     1     1  ALLATMID:
(seq_comm_printcomms)     4     0     1     1  ALLLNDID:
(seq_comm_printcomms)     5     0     1     1  ALLOCNID:
(seq_comm_printcomms)     6     0     1     1  ALLICEID:
(seq_comm_printcomms)     7     0     1     1  ALLGLCID:
(seq_comm_printcomms)     8     0     1     1  ALLROFID:
(seq_comm_printcomms)     9     0     1     1  ALLWAVID:
(seq_comm_printcomms)    10     0     1     1  CPLALLATMID:
(seq_comm_printcomms)    11     0     1     1  CPLALLLNDID:
(seq_comm_printcomms)    12     0     1     1  CPLALLOCNID:
(seq_comm_printcomms)    13     0     1     1  CPLALLICEID:
(seq_comm_printcomms)    14     0     1     1  CPLALLGLCID:
(seq_comm_printcomms)    15     0     1     1  CPLALLROFID:
(seq_comm_printcomms)    16     0     1     1  CPLALLWAVID:
(seq_comm_printcomms)    17     0     1     1  ATM:
(seq_comm_printcomms)    18     0     1     1  CPLATM:
(seq_comm_printcomms)    19     0     1     1  LND:
(seq_comm_printcomms)    20     0     1     1  CPLLND:
(seq_comm_printcomms)    21     0     1     1  OCN:
(seq_comm_printcomms)    22     0     1     1  CPLOCN:
(seq_comm_printcomms)    23     0     1     1  ICE:
(seq_comm_printcomms)    24     0     1     1  CPLICE:
(seq_comm_printcomms)    25     0     1     1  GLC:
(seq_comm_printcomms)    26     0     1     1  CPLGLC:
(seq_comm_printcomms)    27     0     1     1  ROF:
(seq_comm_printcomms)    28     0     1     1  CPLROF:
(seq_comm_printcomms)    29     0     1     1  WAV:
(seq_comm_printcomms)    30     0     1     1  CPLWAV:
(t_initf) Read in prof_inparm namelist from: drv_in
seq_flds_mod: read seq_cplflds_inparm namelist from: drv_in
seq_flds_mod: read seq_cplflds_userspec namelist from: drv_in
seq_flds_mod: seq_flds_a2x_states=
Sa_z:Sa_u:Sa_v:Sa_tbot:Sa_ptem:Sa_shum:Sa_pbot:Sa_dens:Sa_pslv
seq_flds_mod: seq_flds_a2x_fluxes=
Faxa_rainc:Faxa_rainl:Faxa_snowc:Faxa_snowl:Faxa_lwdn:Faxa_swndr:Faxa_swvdr:Faxa_swndf:Faxa_swvdf:Faxa_swnet:Faxa_bcphidry:Faxa_bcphodry:Faxa_bcphiwet:Faxa_ocphidry:Faxa_ocphodry:Faxa_ocphiwet:Faxa_dstwet1:Faxa_dstwet2:Faxa_dstwet3:Faxa_dstwet4:Faxa_dstdry1:Faxa_dstdry2:Faxa_dstdry3:Faxa_dstdry4
seq_flds_mod: seq_flds_x2a_states=
Sf_lfrac:Sf_ifrac:Sf_ofrac:Sx_avsdr:Sx_anidr:Sx_avsdf:Sx_anidf:Sx_tref:Sx_qref:So_t:Sx_t:Sl_fv:Sl_ram1:Sl_snowh:Si_snowh:So_ssq:So_re:Sx_u10:So_ustar
seq_flds_mod: seq_flds_x2a_fluxes=
Faxx_taux:Faxx_tauy:Faxx_lat:Faxx_sen:Faxx_lwup:Faxx_evap:Fall_flxdst1:Fall_flxdst2:Fall_flxdst3:Fall_flxdst4:Fall_voc001:Fall_voc002:Fall_voc003:Fall_voc004:Fall_voc005:Fall_voc006:Fall_voc007:Fall_voc008
seq_flds_mod: seq_flds_l2x_states=
Sl_avsdr:Sl_anidr:Sl_avsdf:Sl_anidf:Sl_tref:Sl_qref:Sl_t:Sl_fv:Sl_ram1:Sl_snowh:Sl_u10
seq_flds_mod: seq_flds_l2x_fluxes=
Fall_swnet:Fall_taux:Fall_tauy:Fall_lat:Fall_sen:Fall_lwup:Fall_evap:Fall_flxdst1:Fall_flxdst2:Fall_flxdst3:Fall_flxdst4:Flrl_rofliq:Flrl_rofice:Fall_voc001:Fall_voc002:Fall_voc003:Fall_voc004:Fall_voc005:Fall_voc006:Fall_voc007:Fall_voc008
seq_flds_mod: seq_flds_x2l_states=
Sa_z:Sa_u:Sa_v:Sa_tbot:Sa_ptem:Sa_shum:Sa_pbot:Slrr_volr
seq_flds_mod: seq_flds_x2l_fluxes=
Faxa_rainc:Faxa_rainl:Faxa_snowc:Faxa_snowl:Faxa_lwdn:Faxa_swndr:Faxa_swvdr:Faxa_swndf:Faxa_swvdf:Faxa_bcphidry:Faxa_bcphodry:Faxa_bcphiwet:Faxa_ocphidry:Faxa_ocphodry:Faxa_ocphiwet:Faxa_dstwet1:Faxa_dstwet2:Faxa_dstwet3:Faxa_dstwet4:Faxa_dstdry1:Faxa_dstdry2:Faxa_dstdry3:Faxa_dstdry4:Flrr_flood
seq_flds_mod: seq_flds_i2x_states=
Si_avsdr:Si_anidr:Si_avsdf:Si_anidf:Si_tref:Si_qref:Si_t:Si_snowh:Si_u10:Si_ifrac
seq_flds_mod: seq_flds_i2x_fluxes=
Faii_swnet:Fioi_swpen:Faii_taux:Fioi_taux:Faii_tauy:Fioi_tauy:Faii_lat:Faii_sen:Faii_lwup:Faii_evap:Fioi_melth:Fioi_meltw:Fioi_salt
seq_flds_mod: seq_flds_x2i_states=
Sa_z:Sa_u:Sa_v:Sa_tbot:Sa_ptem:Sa_shum:Sa_pbot:Sa_dens:So_t:So_s:So_u:So_v:So_dhdx:So_dhdy
seq_flds_mod: seq_flds_x2i_fluxes=
Faxa_rain:Faxa_snow:Faxa_lwdn:Faxa_swndr:Faxa_swvdr:Faxa_swndf:Faxa_swvdf:Faxa_bcphidry:Faxa_bcphodry:Faxa_bcphiwet:Faxa_ocphidry:Faxa_ocphodry:Faxa_ocphiwet:Faxa_dstwet1:Faxa_dstwet2:Faxa_dstwet3:Faxa_dstwet4:Faxa_dstdry1:Faxa_dstdry2:Faxa_dstdry3:Faxa_dstdry4:Fioo_q
seq_flds_mod: seq_flds_o2x_states=
So_t:So_s:So_u:So_v:So_dhdx:So_dhdy:So_bldepth
seq_flds_mod: seq_flds_o2x_fluxes=
Fioo_q
seq_flds_mod: seq_flds_x2o_states=
Sa_pslv:So_duu10n:Si_ifrac:Sw_lamult:Sw_ustokes:Sw_vstokes:Sw_hstokes
seq_flds_mod: seq_flds_x2o_fluxes=
Faxa_rain:Faxa_snow:Faxa_prec:Faxa_lwdn:Foxx_swnet:Faxa_bcphidry:Faxa_bcphodry:Faxa_bcphiwet:Faxa_ocphidry:Faxa_ocphodry:Faxa_ocphiwet:Faxa_dstwet1:Faxa_dstwet2:Faxa_dstwet3:Faxa_dstwet4:Faxa_dstdry1:Faxa_dstdry2:Faxa_dstdry3:Faxa_dstdry4:Foxx_taux:Foxx_tauy:Foxx_lat:Foxx_sen:Foxx_lwup:Foxx_evap:Fioi_melth:Fioi_meltw:Fioi_salt:Forr_roff:Forr_ioff
seq_flds_mod: seq_flds_s2x_states=

seq_flds_mod: seq_flds_s2x_fluxes=

seq_flds_mod: seq_flds_x2s_states=

seq_flds_mod: seq_flds_x2s_fluxes=

seq_flds_mod: seq_flds_g2x_states=

seq_flds_mod: seq_flds_g2x_fluxes=

seq_flds_mod: seq_flds_x2g_states=

seq_flds_mod: seq_flds_x2g_fluxes=

seq_flds_mod: seq_flds_xao_states=
So_tref:So_qref:So_ssq:So_re:So_u10:So_duu10n:So_ustar
seq_flds_mod: seq_flds_xao_albedo=
So_avsdr:So_anidr:So_avsdf:So_anidf
seq_flds_mod: seq_flds_r2x_states=
Slrr_volr
seq_flds_mod: seq_flds_r2x_fluxes=
Forr_roff:Forr_ioff:Flrr_flood
seq_flds_mod: seq_flds_x2r_states=

seq_flds_mod: seq_flds_x2r_fluxes=
Flrl_rofliq:Flrl_rofice
seq_flds_mod: seq_flds_w2x_states=
Sw_lamult:Sw_ustokes:Sw_vstokes:Sw_hstokes
seq_flds_mod: seq_flds_w2x_fluxes=

seq_flds_mod: seq_flds_x2w_states=
Sa_u:Sa_v:Sa_tbot:Si_ifrac:So_t:So_u:So_v:So_bldepth
seq_flds_mod: seq_flds_x2w_fluxes=



  1 pes participating in computation for CLM

-----------------------------------

NODE#  NAME
(    0)  cn4031
application called MPI_Abort(comm=0x84000006, 1) - process 0
yhrun: error: cn4031: task 0: Exited with exit code 1
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6楼2014-12-02 17:01:05
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liangweir

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ruby1122 at 2014-12-02 17:01:05
本人在编译单点clm4.5之后，用yhbatch指令提交，cesm.log文件总是出现以下报错，请问有谁遇到过类似问题，改怎样解决呢？不甚感激！
(seq_comm_setcomm)  initialize ID (  1 GLOBAL          ) pelist   =     0  ...

我也遇到了同样的问题，请问这个问题怎么解决啊？感激不尽！
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7楼2018-06-21 17:55:38
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dmxue

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by gjh123 at 2011-09-07 17:36:40
非常谢谢，加上FFLAGS= -heap-arrays 64这个赋值编译出的vasp, 已经运行成功了。刚刚也从这个贴子中发现了这个解决的方法。 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2493388&fpage=1.  再次感谢各位的帮助。 ...

请问是在哪编译呀？INCAR吗 还是提交任务的软件呀
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8楼2021-07-24 23:04:52
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