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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 新手vasp编译不过，请指教～
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stefsui

木虫 (小有名气)

[求助] 新手vasp编译不过，请指教～

环境redhat 64位
cpu ：Q6600
想要安装并行vasp
先装的ifort 没问题，之后安装MKL和openmpi，按照http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4601283
中编译了fftw
0.编译MKL中的fftw 3.x Fortran wrapper library
“ cd /opt/intel/mkl/10.1.0.015/interfaces/fftw3xf
make libem64t compiler=intel
如果没有安装icc的话,需要使用gcc,则
make libem64t compiler=gnu”
我把其中的libem64t改为intel64 安装的gcc，所以使用了
make libintel64 compiler=gnu

之后编译 vasp.5.lib，make没有问题
vasp.5.2下makefile文件也参考了上面的教程

.SUFFIXES: .inc .f .f90 .F

SUFFIX=.f90

FC=mpif90
FCL=$(FC)

CPP_ =  ./preprocess <$*.F | /usr/bin/cpp -P -C -traditional >$*$(SUFFIX)

CPP    = $(CPP_) -DMPI  -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \
     -Dkind8 -DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc -DNGZhalf \
     -DMPI_BLOCK=8000 \
     -DRPROMU_DGEMV  -DRACCMU_DGEMV -DscaLAPACK

FFLAGS =  -I/opt/intel/mkl/include/fftw -FR -lower_case

OFLAG=-O3

OFLAG_HIGH = $(OFLAG)
OBJ_HIGH =
OBJ_NOOPT =
DEBUG  = -FR -O0
INLINE = $(OFLAG)

BLAS= -L/opt/intel/mkl/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread

LAPACK= -L/opt/intel/mkl/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64  -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread

SCA= /opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_scalapack_lp64.a /opt/intel/mkl/lib/intel/libmkl_blacs_openmpi_lp64.a


LIB     = -L../vasp.5.lib -ldmy  \
      ../vasp.5.lib/linpack_double.o $(LAPACK) \
      $(SCA) $(BLAS)

FFT3D   = fftmpi.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o  /opt/intel/mkl/lib/intel64/libfftw3xf_intel.a

#-----------------------------------------------------------------------
# general rules and compile lines
#-----------------------------------------------------------------------
BASIC=   symmetry.o symlib.o   lattlib.o  random.o

SOURCE=  base.o     mpi.o      smart_allocate.o      xml.o  \
         constant.o jacobi.o   main_mpi.o  scala.o   \
         asa.o      lattice.o  poscar.o   ini.o       xclib.o     xclib_grad.o \
         radial.o   pseudo.o   mgrid.o    gridq.o     ebs.o  \
         mkpoints.o wave.o     wave_mpi.o  wave_high.o  \
         $(BASIC)   nonl.o     nonlr.o    nonl_high.o dfast.o    choleski2.o \
         mix.o      hamil.o    xcgrad.o   xcspin.o    potex1.o   potex2.o  \
         metagga.o constrmag.o cl_shift.o relativistic.o LDApU.o \
         paw_base.o egrad.o    pawsym.o   pawfock.o  pawlhf.o    paw.o   \
         mkpoints_full.o       charge.o   dipol.o    pot.o  \
         dos.o      elf.o      tet.o      tetweight.o hamil_rot.o \
         steep.o    chain.o    dyna.o     sphpro.o    us.o  core_rel.o \
         aedens.o   wavpre.o   wavpre_noio.o broyden.o \
         dynbr.o    rmm-diis.o reader.o   writer.o   tutor.o xml_writer.o \
         brent.o    stufak.o   fileio.o   opergrid.o stepver.o  \
         chgloc.o   fast_aug.o fock.o     mkpoints_change.o sym_grad.o \
         mymath.o   internals.o dimer_heyden.o dvvtrajectory.o vdwforcefield.o \
         hamil_high.o nmr.o    force.o \
         pead.o     subrot.o   subrot_scf.o pwlhf.o  gw_model.o optreal.o   davidson.o \
         electron.o rot.o  electron_all.o shm.o    pardens.o  paircorrection.o \
         optics.o   constr_cell_relax.o   stm.o    finite_diff.o elpol.o    \
         hamil_lr.o rmm-diis_lr.o  subrot_cluster.o subrot_lr.o \
         lr_helper.o hamil_lrf.o   elinear_response.o ilinear_response.o \
         linear_optics.o linear_response.o   \
         setlocalpp.o  wannier.o electron_OEP.o electron_lhf.o twoelectron4o.o \
         ratpol.o screened_2e.o wave_cacher.o chi_base.o wpot.o local_field.o \
         ump2.o bse.o acfdt.o chi.o sydmat.o

INC=

vasp: $(SOURCE) $(FFT3D) $(INC) main.o
        rm -f vasp
        $(FCL) -o vasp main.o  $(SOURCE)   $(FFT3D) $(LIB) $(LINK)
makeparam: $(SOURCE) $(FFT3D) makeparam.o main.F $(INC)
        $(FCL) -o makeparam  $(LINK) makeparam.o $(SOURCE) $(FFT3D) $(LIB)
zgemmtest: zgemmtest.o base.o random.o $(INC)
        $(FCL) -o zgemmtest $(LINK) zgemmtest.o random.o base.o $(LIB)
dgemmtest: dgemmtest.o base.o random.o $(INC)
        $(FCL) -o dgemmtest $(LINK) dgemmtest.o random.o base.o $(LIB)
ffttest: base.o smart_allocate.o mpi.o mgrid.o random.o ffttest.o $(FFT3D) $(INC)
        $(FCL) -o ffttest $(LINK) ffttest.o mpi.o mgrid.o random.o smart_allocate.o base.o $(FFT3D) $(LIB)
kpoints: $(SOURCE) $(FFT3D) makekpoints.o main.F $(INC)
        $(FCL) -o kpoints $(LINK) makekpoints.o $(SOURCE) $(FFT3D) $(LIB)

clean:  
        -rm -f *.g *.f *.o *.L *.mod ; touch *.F

main.o: main$(SUFFIX)
        $(FC) $(FFLAGS)$(DEBUG)  $(INCS) -c main$(SUFFIX)
xcgrad.o: xcgrad$(SUFFIX)
        $(FC) $(FFLAGS) $(INLINE)  $(INCS) -c xcgrad$(SUFFIX)
xcspin.o: xcspin$(SUFFIX)
        $(FC) $(FFLAGS) $(INLINE)  $(INCS) -c xcspin$(SUFFIX)

makeparam.o: makeparam$(SUFFIX)
        $(FC) $(FFLAGS)$(DEBUG)  $(INCS) -c makeparam$(SUFFIX)

makeparam$(SUFFIX): makeparam.F main.F
#
# MIND: I do not have a full dependency list for the include
# and MODULES: here are only the minimal basic dependencies
# if one strucuture is changed then touch_dep must be called
# with the corresponding name of the structure
#
base.o: base.inc base.F
mgrid.o: mgrid.inc mgrid.F
constant.o: constant.inc constant.F
lattice.o: lattice.inc lattice.F
setex.o: setexm.inc setex.F
pseudo.o: pseudo.inc pseudo.F
poscar.o: poscar.inc poscar.F
mkpoints.o: mkpoints.inc mkpoints.F
wave.o: wave.inc wave.F
nonl.o: nonl.inc nonl.F
nonlr.o: nonlr.inc nonlr.F

$(OBJ_HIGH):
        $(CPP)
        $(FC) $(FFLAGS) $(OFLAG_HIGH) $(INCS) -c $*$(SUFFIX)
$(OBJ_NOOPT):
        $(CPP)
        $(FC) $(FFLAGS) $(INCS) -c $*$(SUFFIX)

fft3dlib_f77.o: fft3dlib_f77.F
        $(CPP)
        $(F77) $(FFLAGS_F77) -c $*$(SUFFIX)

.F.o:
        $(CPP)
        $(FC) $(FFLAGS) $(OFLAG) $(INCS) -c $*$(SUFFIX)
.F$(SUFFIX):
        $(CPP)
$(SUFFIX).o:
        $(FC) $(FFLAGS) $(OFLAG) $(INCS) -c $*$(SUFFIX)

# special rules
#-----------------------------------------------------------------------
# these special rules are cummulative (that is once failed
#   in one compiler version, stays in the list forever)
# -tpp5|6|7 P, PII-PIII, PIV
# -xW use SIMD (does not pay of on PII, since fft3d uses double prec)
# all other options do no affect the code performance since -O1 is used

fft3dlib.o : fft3dlib.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O2 -c $*$(SUFFIX)
fft3dfurth.o : fft3dfurth.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

radial.o : radial.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

symlib.o : symlib.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

symmetry.o : symmetry.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

wave_mpi.o : wave_mpi.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

wave.o : wave.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

dynbr.o : dynbr.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

asa.o : asa.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

broyden.o : broyden.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O2 -c $*$(SUFFIX)

us.o : us.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

LDApU.o : LDApU.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O2 -c $*$(SUFFIX)

只更改了mkl的路径，现在的错误是
make: *** No rule to make target `/opt/intel/mkl/lib/intel64/libfftw3xf_intel.a', needed by `vasp'.  Stop.
我没找到libfftw3xf_intel.a ，是编译fftw的问题吗？ 求指教

[ Last edited by stefsui on 2012-7-2 at 23:48 ]
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1楼 2012-07-02 23:44:11
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huangguiyang

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-07-03 08:53:51
问题完全在于不能使用gnu,必须用icc编译的fftw. 我试过同样的问题。

解决办法是装个icc。临时的解决办法是不用mkl的fftw。

但是mkl的fft速度会快不少，最终的解决方案还是装icc，重新编译fftw。

我想在类似的机器上，拷贝一个icc编译好的mkl的fftw也行。
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stefsui
2楼2012-07-03 02:47:55
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huangguiyang

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-07-03 08:54:08
xueht987: 应助指数+1 2012-07-03 11:52:29
补充一下，你编译的时候，如果没有指定安装路径的话，它就在当前目录产生的。你ls一下，就可以看得到了。你可以把它拷贝到/opt/intel/mkl/lib/intel64/去，也可以把路径修改成到实际所在目录。

但即使这个路径正确了，gcc编译的，根据我以前的经验，还是不行的。需要icc编译才好。
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3楼2012-07-03 02:52:03
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huangguiyang

新虫 (小有名气)
★ ★ ★
fzx2008: 金币+3, 谢谢指教 2012-07-03 14:52:56
另外，不要用ifort10, 它会有问题。不知道是不是所有ifort 10都有问题，但是开始的ifort10是有问题的。

ifort 9.0也是有问题。问题还比较难发现。原因也是未明。

ifort 9.1和ifort 11都没问题。
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4楼2012-07-03 02:58:27
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stefsui

木虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by huangguiyang at 2012-07-03 02:47:55
问题完全在于不能使用gnu,必须用icc编译的fftw. 我试过同样的问题。

解决办法是装个icc。临时的解决办法是不用mkl的fftw。

但是mkl的fft速度会快不少，最终的解决方案还是装icc，重新编译fftw。

我想在类似 ...

谢，今天装个icc试试看
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5楼2012-07-03 09:27:17
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stefsui

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by huangguiyang at 2012-07-03 02:58:27
另外，不要用ifort10, 它会有问题。不知道是不是所有ifort 10都有问题，但是开始的ifort10是有问题的。

ifort 9.0也是有问题。问题还比较难发现。原因也是未明。

ifort 9.1和ifort 11都没问题。

我下了最新版的ifort
ifort version 12.1.5
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6楼2012-07-03 09:28:04
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qzhost

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+2, 谢谢回帖！ 2012-07-04 12:45:08
你用的10.1 没有问题，虽然现在推荐是11，5.2早几个版的MAKEFILE 推荐可就是10.1
10.0可能有问题
最好不要用最新版本，很多参数不认，虽然编出来也可以用，但感觉对结果有影响
MKL的FFTW快不少这个说法。。。之前我也试过，并没有感觉快多少
你先用自带的库试试呗
另外GotoBlas2+Openmpi据说是最快的，虽然有的机器因为GotoBlas2对CPU支持的原因好像装不上
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7楼2012-07-04 08:42:39
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stefsui

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by qzhost at 2012-07-04 08:42:39
你用的10.1 没有问题，虽然现在推荐是11，5.2早几个版的MAKEFILE 推荐可就是10.1
10.0可能有问题
最好不要用最新版本，很多参数不认，虽然编出来也可以用，但感觉对结果有影响
MKL的FFTW快不少这个说法。。。之前 ...

我用icc重新编译了fftw，这下可以编译了，但是又有新的问题，
我觉得不会是ifort的问题，准备用Intel mpi重新试一下
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8楼2012-07-04 12:19:57
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huangguiyang

新虫 (小有名气)
★
xueht987: 金币+1, 鼓励交流！ 2012-07-13 09:21:27
引用回帖:
7楼: Originally posted by qzhost at 2012-07-04 08:42:39
你用的10.1 没有问题，虽然现在推荐是11，5.2早几个版的MAKEFILE 推荐可就是10.1
10.0可能有问题
最好不要用最新版本，很多参数不认，虽然编出来也可以用，但感觉对结果有影响
MKL的FFTW快不少这个说法。。。之前 ...

mkl的fftw确实快很多，你可以自己测试一下。mkl的fftw速度最快，vasp自带的次之，普通的fftw的速度最慢。

对于现在一般的cpu, x86_64的，mkl的fftw速度是快很多的。

至于gotoblas，和mkl的速度差不多，但是由于不能同时使用mkl的fftw，总体的速度会慢不少的。
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9楼2012-07-04 22:03:43
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huangguiyang

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by qzhost at 2012-07-04 08:42:39
你用的10.1 没有问题，虽然现在推荐是11，5.2早几个版的MAKEFILE 推荐可就是10.1
10.0可能有问题
最好不要用最新版本，很多参数不认，虽然编出来也可以用，但感觉对结果有影响
MKL的FFTW快不少这个说法。。。之前 ...

确实ifort 12的计算结果有些改变，而且速度比ifort11慢些。

最好还是使用ifort 11.

mkl的fft，快不少的。你可以弄一个大约200s左右的计算来测试一下。
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10楼2012-07-04 22:08:38
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