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gjh123

金虫 (正式写手)

[求助] vasp 并行运算出错

经过一个星期的摸索，终于在电脑上并行安装成功了vasp .但是令入恼火的是每一次运行都出现错误：mpirun noticed that process rank 0 with PID 3882 on node localhost.localdomain exited on signal 11 (Segmentation fault).  不知道是什么原因。急盼高手能够解答一下。谢谢
        我的电脑配置是单机双核cpu,内存2G。我算的任务原子数大约有80个左右。
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1楼 2011-09-02 10:17:03
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gjh123

金虫 (正式写手)
又碰到一个问题：vasp 并行运算效率很低，CPU使用率只有百分之十几，内存也只占几兆。
每次运行都出现下面的提示：
[[57390,1],0]: A high-performance Open MPI point-to-point messaging module
was unable to find any relevant network interfaces:

Module: OpenFabrics (openib)
  Host: cluster.hpc.org

Another transport will be used instead, although this may result in
lower performance.
--------------------------------------------------------------------------
[cluster.hpc.org:18613] 3 more processes have sent help message help-mpi-btl-base.txt / btl:no-nics
[cluster.hpc.org:18613] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages



不知道哪个高手懂得，帮忙指点一下。
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2楼2011-09-02 15:52:25
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liliangfang

荣誉版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
gjh123(金币+5): 2011-09-02 21:26:06
zzy870720z(金币+1): 谢谢建议 2011-09-03 17:14:13
以你目前的机器，80个粒子是算不动的，你换个小点的试试，先算几个粒子的
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3楼2011-09-02 15:55:10
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liliangfang

荣誉版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
gjh123(金币+5): 2011-09-02 21:26:12
zzy870720z(金币+1): 谢谢补充 2011-09-03 17:14:23
gjh123(金币+5): 2011-09-06 08:37:13
还有你确定vasp安装成功不，有没有测试过
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4楼2011-09-02 15:57:22
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gjh123

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by liliangfang at 2011-09-02 15:57:22:
还有你确定vasp安装成功不，有没有测试过

测试过，vasp 能够运行。我用串行编译的vasp 的CPU使用率也不高，和并行的差不多。
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5楼2011-09-02 21:25:56
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liliangfang

荣誉版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
zzy870720z(金币+1): 谢谢指教 2011-09-03 17:14:34
引用回帖:
5楼: Originally posted by gjh123 at 2011-09-02 21:25:56:
测试过，vasp 能够运行。我用串行编译的vasp 的CPU使用率也不高，和并行的差不多。

你窜行版本，是不是用了并行的命令啦，mpirun并行的啊
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6楼2011-09-03 09:37:05
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gjh123

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by liliangfang at 2011-09-03 09:37:05:
你窜行版本，是不是用了并行的命令啦，mpirun并行的啊

串行版本没有用mpirun命令
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7楼2011-09-03 19:56:32
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后天一

木虫 (小有名气)

我们的自由！

【答案】应助回帖

★
gjh123(金币+5): 2011-09-04 08:28:24
zzy870720z(金币+1): 谢谢建议 2011-09-04 09:53:40
这个和编译器还是有关系的，试试PGI编译
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8楼2011-09-03 22:33:03
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liliangfang

荣誉版主 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by gjh123 at 2011-09-03 19:56:32:
串行版本没有用mpirun命令

不等于没说嘛
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9楼2011-09-04 08:24:31
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