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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助完结】Linux系统下MS5.5的并行计算调度问题
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slz0811

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助完结】Linux系统下MS5.5的并行计算调度问题

先介绍下我们课题组，太原理工大学 煤科学重点实验室 王宝俊教授
详细见：http://qcc.tyut.edu.cn/

我们以前是在window下使用MS，新买了VASP，同时购买了3台32核的服务器（Linux），并行计算。

现在我使用的是Linux系统下的MS5.5。遇到一些问题，如下：

当我在提交一个任务96个核，3台能很好的分配运行。

当我提交6个任务，每个任务8核，48个核都在第一台上算，有6个核没自动分配到第二台运行。这样效率很低，第二三台就空着呢。

怎么才能使48核的任务，32核在第一台，剩下16核在第二台算，如何设置？

我们有曙光调度系统，如图，这个能解决问题不？
问题没解决啊，看来等下次培训时再看吧。






[ Last edited by slz0811 on 2011-4-25 at 19:26 ]
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1楼 2011-04-08 12:26:49
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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
slz0811(金币+20): 谢谢指点！ 2011-04-08 13:41:59
zzy870720z(金币+2): 谢谢指教 2011-04-08 14:31:48
没怎么用过MS，就说怎么通过MS建模导出vasp的POSCAR吧
在MS下建好模型，点击Modules->CASTEP->Files->save Files
然后在我的文档->Materials Studio Projects中进入所对应的project，比如名字是aaa，则进入aaa Files->Documents->xxx CASTEP Energy，然后打开这个名为xxx的cell文件，这里xxx是你结构的名字。注意这个文件是隐藏文件
然后根据vasp的格式修改该这个文件就可以用作POSCAR
vasp其他输入文件与ms没有关系，自己写就可以

[ Last edited by sunyang1988 on 2011-4-8 at 13:43 ]
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2楼2011-04-08 13:31:59
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)
★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-04-08 14:47:54
slz0811(金币+60): 谢谢指点。 2011-04-08 15:10:57
你的前两个问题应该是差不多的，ms如果你要跨节点计算，最好使用作业调度系统，MS好像对gridview调度系统不是很支持，当然你用脚本的话应该可以，像你说的6个8核的作业提交上后都在第一个节点算就是这个原因，并且你的第一个节点的6个作业可能占用PCU都不到100%。

关于脚本，最好咨询一下曙光的工程师或是参考一些曙光的作业调度系统的一些模板，然后根据你自己的需要，网上也有一些ms作业的模板的，可以参考一下，比如下面的
http://www.linuxidc.com/Linux/2011-01/31234p2.htm
不过需要自己修改一下

最后一个，没有说ms的设置直接转化为VASP的输入这么一说，要是可以这样，大家都多省事，软件不同，设置的参数也会不同的，不是简单的转化就可以的，一般提供的转化也就停留在数据格式的转化上，也就是坐标文件的转化上，VASP的输入还是建议自己摸索一下，对你以后的计算很有帮助的，楼上的就是告诉你如何做POSCAR的过程，站内关于VASP的输入有很多讨论，可以看看，或许对你有帮助

最后祝你早日解决:
)
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3楼2011-04-08 14:43:31
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phys

木虫 (正式写手)
★
slz0811(金币+5): 多谢交流。 2011-04-08 15:11:34
zzy870720z(金币+1): 谢谢建议 2011-04-09 00:12:44
引用回帖:
Originally posted by sunyang1988 at 2011-04-08 13:31:59:
没怎么用过MS，就说怎么通过MS建模导出vasp的POSCAR吧
在MS下建好模型，点击Modules->CASTEP->Files->save Files
然后在我的文档->Materials Studio Projects中进入所对应的project，比如名字是aaa ...

为什么不保存为pdb格式呢？那样不是更容易修改成poscar吗？
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4楼2011-04-08 14:59:31
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slz0811

木虫 (小有名气)
准备作业提交脚本：

cat msi.pbs

#PBS -N model

#PBS -l nodes=2:ppn=8

#PBS -q high

project_name=model

cd $PBS_O_WORKDIR

rm .machine

rm APPFILE

rm $project_name.castep

NSLOTS=`cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l`

$MS_INSTALL_ROOT/share/bin/create_appfile.sh -np $NSLOTS -list $PBS_NODEFILE -command "$MS_INSTALL_ROOT/bin/castepexe_mpi.exe $project_name"

/opt/hpmpi/bin/mpirun -ibv -e MPI_REMSH=/usr/bin/ssh -cpu_bind=v –prot -f ./APPFILE


这个脚本怎么修改呢？需要修改哪些行？
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5楼2011-04-08 16:23:48
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phys

木虫 (正式写手)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-04-09 00:12:53
slz0811(金币+5): 谢谢交流，我们这都是正版的。 2011-04-09 11:01:54
你的软件什么地方买的，不如直接去问客服吧，应该有更详细的说明，instruction一直是最好用的工具书
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6楼2011-04-08 22:16:42
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风间的记忆

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
zzy870720z(金币+2): 谢谢指点，还没听过GRIDVIEW，那就不用改了，呵呵 2011-04-09 09:53:00
slz0811(金币+30): 谢谢交流，前几天，徐光宪的一个学生还来给我们调试了下。还是有点问题。 2011-04-09 11:10:12
曙光的GRIDVIEW其实就是OPENPBS的汉化版
无他

zzy870720z 给了不错的建议
就是那个连接（但没仔细看，不清楚是否能解决问题）

至于找曙光的工程师
估计可能性不大
否则这个脚本早就给你了

MS这个问题的确需要调度系统的支持
而MS4.4 5.5的提交方式是不同的
据我所知4.4的方式不适用在5.5

这个问题比较普遍
如果你们资金满足可以寻求专门做调度系统的公司提供帮助
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7楼2011-04-09 08:25:27
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风间的记忆

铁杆木虫 (著名写手)
★
sunyang1988(金币+1): 谢谢交流 2011-04-09 20:05:21
徐光宪的学生可就多了。。
据我所知北大徐光宪在的那个组不用MS啊
VASP倒是用的

如果能解决任务分配的问题就OK了
其他应该不是什么大问题
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8楼2011-04-09 11:28:00
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phys

木虫 (正式写手)
slz0811(金币+2): 谢谢交流，是的。 2011-04-10 10:46:09
正版的应该有客服的，你们公司买的？最近我们也要升级了
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9楼2011-04-09 23:27:05
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babaleo

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
mazuju028(金币+2): 谢谢交流 2011-04-10 09:00:34
zzy870720z(金币+1): 鼓励交流 2011-04-10 09:03:49
slz0811(金币+10): 谢谢交流。 2011-04-10 14:39:15
我以前遇到过类似情况， 琢磨过一个办法把任务分到几台机上，就是改CASTEP/share/data 下的machines.LINUX 文件， 不知适用否。
比如我原来是
n001:4
n002:4
n003:4
n004:4
可是送一个4核的任务就这有一台机跑，后来我改成
n001:2
n002:2
n003:2
n004:2
n001:2
n002:2
n003:2
n004:2
这样一来，送4核人任务就用001和002两台机器了。

[ Last edited by babaleo on 2011-4-10 at 07:56 ]
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10楼2011-04-10 07:55:10
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slz0811

木虫 (小有名气)
现在就剩并行计算时调度问题了。谁会的指导下。
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11楼2011-04-15 15:45:33
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slz0811

木虫 (小有名气)
取消求助啦，版主弄一下。
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12楼2011-05-28 18:36:09
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kylafree

至尊木虫 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
能问下你们的机器多少钱一台吗
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13楼2012-08-03 11:27:10
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