| 查看: 2693 | 回复: 12 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【求助完结】Linux系统下MS5.5的并行计算调度问题
|
|||
|
先介绍下我们课题组，太原理工大学 煤科学重点实验室 王宝俊教授 详细见：http://qcc.tyut.edu.cn/ 我们以前是在window下使用MS，新买了VASP，同时购买了3台32核的服务器（Linux），并行计算。 现在我使用的是Linux系统下的MS5.5。遇到一些问题，如下： 当我在提交一个任务96个核，3台能很好的分配运行。 当我提交6个任务，每个任务8核，48个核都在第一台上算，有6个核没自动分配到第二台运行。这样效率很低，第二三台就空着呢。 怎么才能使48核的任务，32核在第一台，剩下16核在第二台算，如何设置？ 我们有曙光调度系统，如图，这个能解决问题不？ 问题没解决啊，看来等下次培训时再看吧。    [ Last edited by slz0811 on 2011-4-25 at 19:26 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
272分材料子求调剂
已经有36人回复
-
275求调剂
已经有8人回复
-
调剂求收留
已经有5人回复
-
一志愿211，化学学硕，310分，本科重点双非，求调剂
已经有20人回复
-
070300化学学硕311分求调剂
已经有19人回复
-
材料与化工调剂
已经有13人回复
-
材料与化工调剂
已经有33人回复
-
复试调剂
已经有7人回复
-
一志愿哈工大 085600 277 12材科基求调剂
已经有17人回复
-
还有化工二轮调剂的学校吗
已经有47人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- linux DMol3并行计算为什么不输出热力学性质
已经有6人回复
- linux系统安装过程中出问题，急求高手指教！
已经有4人回复
- 大家好，MS5.0在linux安装完后怎样start运行啊？？
已经有3人回复
- 【求助完成】Linux下安装MS5.5遇到问题
已经有4人回复
- 【求助】Linux下安装MS5.5 cluster
已经有10人回复
- 急求：windos和linux系统间的文件转换问题？
已经有3人回复
- 【求助】MS在Linux下的并行计算问题
已经有5人回复
- 【求助】能同时在linux系统下安装g09和g03吗？
已经有14人回复
- 【原创】64位linux5.4下安装MS5.0全过程及MS linux原文件lic文件（已搜索，无重复）
已经有43人回复
- 【求助】MS在LINUX下的安装问题
已经有22人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
江西科师大招收与湖南大学联合培养学硕1名
+1/488
-
武汉纺织大学材料学院士兵计划调剂信息
+1/88
-
烟台大学环境与材料工程学院先进储能材料与器件课题组招收材料、化学、环境方向硕士
+1/86
-
江西师大化学工程学院调剂今晚0点开放！ 缺额100个，速冲！
+1/84
-
北京理工大学（珠海）招收人工智能方向26级博士
+1/49
-
河南师范大学材料学院招生调剂生
+2/46
-
齐齐哈尔大学材料科学与工程学科招硕士研究生调剂
+1/40
-
福建理工大学招收环境、化工、能源动力、新能源科学与工程、材料、机械等学科背景
+1/37
-
沈阳工业大学石油化工学院传质强化研究团队招收硕士研究生调剂
+1/19
-
材料科学与工程、化学类学术硕士研究生最后调剂机会，有意请联系，非诚勿扰！
+1/12
-
教育部长江学者和创新团队发展计划”入选团队招收 材料与化工硕士研究生（工科）
+1/9
-
26年申博自荐-计算机视觉
+1/7
-
【2026考研调剂学子看过来，关注南昌航空大学高性价比一本高校】
+1/7
-
江西水利电力大学土木水利第二轮调剂系统已开
+1/6
-
07专业方向还有调剂名额
+1/5
-
长江师范学院化学化工学院化学工程方向接收大量调剂考生
+1/4
-
河南理工大学化学化工学院招收材料、化工类专业调剂研究生
+1/3
-
西安工程大学环境与化学工程学院2026年硕士研究生调剂招生
+1/3
-
大连工业大学食品交叉科学研究院招收调剂研究生
+1/2
-
中科院理化所热声热机团队招聘电气工程专业(电机方向)博士后/特别研究助理
+1/1
★ ★
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-04-08 14:47:54
slz0811(金币+60): 谢谢指点。 2011-04-08 15:10:57
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-04-08 14:47:54
slz0811(金币+60): 谢谢指点。 2011-04-08 15:10:57
|
你的前两个问题应该是差不多的，ms如果你要跨节点计算，最好使用作业调度系统，MS好像对gridview调度系统不是很支持，当然你用脚本的话应该可以，像你说的6个8核的作业提交上后都在第一个节点算就是这个原因，并且你的第一个节点的6个作业可能占用PCU都不到100%。 关于脚本，最好咨询一下曙光的工程师或是参考一些曙光的作业调度系统的一些模板，然后根据你自己的需要，网上也有一些ms作业的模板的，可以参考一下，比如下面的 http://www.linuxidc.com/Linux/2011-01/31234p2.htm 不过需要自己修改一下 最后一个，没有说ms的设置直接转化为VASP的输入这么一说，要是可以这样，大家都多省事，软件不同，设置的参数也会不同的，不是简单的转化就可以的，一般提供的转化也就停留在数据格式的转化上，也就是坐标文件的转化上，VASP的输入还是建议自己摸索一下，对你以后的计算很有帮助的，楼上的就是告诉你如何做POSCAR的过程，站内关于VASP的输入有很多讨论，可以看看，或许对你有帮助 最后祝你早日解决: ) |
3楼2011-04-08 14:43:31
★ ★
slz0811(金币+20): 谢谢指点！ 2011-04-08 13:41:59
zzy870720z(金币+2): 谢谢指教 2011-04-08 14:31:48
slz0811(金币+20): 谢谢指点！ 2011-04-08 13:41:59
zzy870720z(金币+2): 谢谢指教 2011-04-08 14:31:48
|
没怎么用过MS，就说怎么通过MS建模导出vasp的POSCAR吧 在MS下建好模型，点击Modules->CASTEP->Files->save Files 然后在我的文档->Materials Studio Projects中进入所对应的project，比如名字是aaa，则进入aaa Files->Documents->xxx CASTEP Energy，然后打开这个名为xxx的cell文件，这里xxx是你结构的名字。注意这个文件是隐藏文件 然后根据vasp的格式修改该这个文件就可以用作POSCAR vasp其他输入文件与ms没有关系，自己写就可以 [ Last edited by sunyang1988 on 2011-4-8 at 13:43 ] |
2楼2011-04-08 13:31:59
4楼2011-04-08 14:59:31
|
准备作业提交脚本： cat msi.pbs #PBS -N model #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -q high project_name=model cd $PBS_O_WORKDIR rm .machine rm APPFILE rm $project_name.castep NSLOTS=`cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l` $MS_INSTALL_ROOT/share/bin/create_appfile.sh -np $NSLOTS -list $PBS_NODEFILE -command "$MS_INSTALL_ROOT/bin/castepexe_mpi.exe $project_name" /opt/hpmpi/bin/mpirun -ibv -e MPI_REMSH=/usr/bin/ssh -cpu_bind=v –prot -f ./APPFILE 这个脚本怎么修改呢？需要修改哪些行？ |
5楼2011-04-08 16:23:48
