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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 算DOS时出错
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thelrgbird

金虫 (小有名气)

[求助] 算DOS时出错

请求各位高手帮助：
本人在计算DOS的时候出错，而且出错出的很让人恼火……
其中的log文件时这样的：

Job started at:  Tue Oct 4 19:50:21 CST 2011
yhrun: error: cn180: task 12: Killed
yhrun: error: cn179: task 0: Killed
yhrun: error: cn179: task 11: Killed
yhrun: error: cn181: task 24: Killed
yhrun: error: cn180: task 23: Killed
yhrun: error: cn181: task 35: Killed
yhrun: error: cn180: task 22: Killed
yhrun: error: cn179: task 10: Killed
yhrun: error: cn179: task 1: Killed
yhrun: error: cn181: task 25: Killed
yhrun: error: cn180: task 13: Killed
yhrun: error: cn179: task 8: Killed
yhrun: error: cn181: task 34: Killed
yhrun: error: cn180: task 21: Killed
yhrun: error: cn179: task 2: Killed
yhrun: error: cn181: task 28: Killed
yhrun: error: cn180: task 15: Killed
yhrun: error: cn181: task 27: Killed
yhrun: error: cn179: task 3: Killed
yhrun: error: cn180: task 17: Killed
yhrun: error: cn181: task 29: Killed
yhrun: error: cn179: task 4: Killed
yhrun: error: cn180: task 18: Killed
yhrun: error: cn179: task 5: Killed
yhrun: error: cn181: task 30: Killed
yhrun: First task exited 60s ago
yhrun: tasks 6-7,9,14,16,19-20,26,31-33: running
yhrun: tasks 0-5,8,10-13,15,17-18,21-25,27-30,34-35: exited abnormally
yhrun: Terminating job step 22332.0
yhrun: Job step aborted: Waiting up to 2 seconds for job step to finish.
slurmd[cn179]: *** STEP 22332.0 KILLED AT 2011-10-04T19:51:53 WITH SIGNAL 9 ***
slurmd[cn179]: *** STEP 22332.0 KILLED AT 2011-10-04T19:51:53 WITH SIGNAL 9 ***
slurmd[cn181]: *** STEP 22332.0 KILLED AT 2011-10-04T19:51:53 WITH SIGNAL 9 ***
slurmd[cn181]: *** STEP 22332.0 KILLED AT 2011-10-04T19:51:53 WITH SIGNAL 9 ***
slurmd[cn180]: *** STEP 22332.0 KILLED AT 2011-10-04T19:51:53 WITH SIGNAL 9 ***
slurmd[cn180]: *** STEP 22332.0 KILLED AT 2011-10-04T19:51:53 WITH SIGNAL 9 ***
Job finished at:  Tue Oct 4 19:51:54 CST 2011

我用的是天河1A大系统机型运算的，不知道有没有人在这上面进行计算也出现了类似的错误，很郁闷阿……

我的KPOINTS 设为15 * 15 * 15的
INCAR为：

SYSTEM=Ni2P
  Startparameter for this run:
    NWRITE =      2    write-flag & timer
    PREC   =   high
    ISTART =      1    job   : 0-new  1-cont  2-samecut
    ICHARG =      11   charge: 1-file 2-atom 10-const
    ISPIN  =      2    spin polarized calculation?
    INIWAV =      1    electr: 0-lowe 1-rand  2-diag
    VOSKOWN =     0    pp: 0-PBE 1-PW91

  Electronic Relaxation 1
    ENCUT  =     400   run the run_encut.sh, found a good velue
    NELM   =     200;   NELMIN= 8; NELMDL= 8     # of ELM steps
    EDIFF  =  1E-05   stopping-criterion for ELM
    LREAL  =      A    real-space projection

  Ionic relaxation
    NFREE  =      10
    IWAVPR =     11    prediction:  0-non 1-charg 2-wave 3-comb
    LCORR  =      T    Harris-Foulkes like correction to forces
    POTIM  =   0.50    time-step for ionic-motion
    NBLOCK =      1

  DOS related values:
    ISMEAR =     1;   SIGMA  =   0.20  broadening in eV -4-tet -1-fermi 0-gau    s
    EMIN   = -10.00;   EMAX   =  10.00     NEDOS = 3000

  Electronic relaxation 2 (details)
    IALGO  =     48    algorithm
    ALGO   =     Fast
    LDIAG  =      T    sub-space diagonalisation

  Parallelisation Sets:
     LPLANE =     .F
     NPAR   =     36
     NSIM   =     4

  Write flags
    LWAVE  =      .F
    LCHARG =      .F
    LAECHG =      .F
    LELF   =      .F
    LORBIT =      11

麻烦大家看一下，错误在哪里呢？
另：我用同样的INCAR以及KPOINTS算的其他的此体系的近似体系都是没有错误的，然而就是这个出现了错误，在此任务计算之前，已经做过了结构优化以及静态计算，全部都算完了，没有什么问题……
再另：天河一号的工作人员告诉我是这些所涉及的节点可能出现了问题，但是，我算的时候提交过好多别的节点了，也都出错了，难道我提交的几乎所有的节点都坏了吗……郁闷阿……

我的脚本是：
#! /bin/bash

export LD_LIBRARY_PATH=/vol-th/lib:/vol-th/lib/mklem64t/:$LD_LIBRARY_PATH

echo "Job started at: " `date`
yhrun -p TH_NET -n 36 ./vasp > ./out
echo "Job finished at: " `date`


所产生的out文件是：

running on   36 nodes
distr:  one band on    1 nodes,   36 groups
vasp.4.6.36 17Feb09 complex
POSCAR found :  2 types and   71 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
WARNING: stress and forces are not correct
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
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1楼 2011-10-04 19:51:00
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主

【答案】应助回帖

★
zzy870720z(金币+1): 鼓励交流 2011-10-07 10:59:37
thelrgbird(金币+1): 谢谢交流~ 虽然还是没有解决问题…… 2011-10-09 10:39:04
设置没问题，可能是服务器出问题了，让管理员检查一下服务器吧
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-10-06 11:38:59
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thelrgbird

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by uuv2010 at 2011-10-06 11:38:59:
设置没问题，可能是服务器出问题了，让管理员检查一下服务器吧

我觉得也是服务器的问题…… 但是天河一号那么大的组织不会那么多节点都出错了吧…… 哎…… 虽然我抱有的怀疑与你是相同的……
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3楼2011-10-06 15:28:03
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liuhuimeiwoo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
zzy870720z(金币+1): 鼓励交流 2011-10-07 10:59:44
我不知道错在哪里 但是仅仅对你的ISMEAR感到疑惑 为什么还是1呢 不应该是-5？
赞一下(1人) 回复此楼
paper我要好多好的的paper
4楼2011-10-06 20:24:40
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thelrgbird

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by liuhuimeiwoo at 2011-10-06 20:24:40:
我不知道错在哪里 但是仅仅对你的ISMEAR感到疑惑 为什么还是1呢 不应该是-5？

手册上说，算金属体系的推荐使用1或2，算绝缘体、半导体的推荐使用-5，所以这样
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5楼2011-10-06 21:11:57
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liuhuimeiwoo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-10-23 16:38:26
你取那么大的拖尾宽度 会不准的
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paper我要好多好的的paper
6楼2011-10-07 08:55:39
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thelrgbird

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by liuhuimeiwoo at 2011-10-07 08:55:39:
你取那么大的拖尾宽度 会不准的

拖尾宽度？这是什么啊？不好意思啊，我刚刚入门，对这些不大了解……求指教
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7楼2011-10-07 14:08:59
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liuhuimeiwoo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-10-08 13:06:14
thelrgbird(金币+4): 谢谢交流~ 虽然还是没有解决问题…… 2011-10-09 10:38:56
SIGMA  =   0.20  
这个SIGMA差不多可以理解为值取得越大 误差就越大
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paper我要好多好的的paper
8楼2011-10-07 19:53:47
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thelrgbird

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by liuhuimeiwoo at 2011-10-07 19:53:47:
SIGMA  =   0.20  
这个SIGMA差不多可以理解为值取得越大 误差就越大

这个值也是手册里面推荐的值啊…… 那应该怎么筛选sigma值呢？我记得侯老师有sigma值的筛选过程，但是其中的熵值是越小越好吧，但是面对正值的最小值和负值的最大值中该作何取舍呢？是绝对值最小的吗？
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9楼2011-10-08 00:00:24
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hnuzhoulin

金虫 (小有名气)
★
uuv2010(金币+1): 欢迎参加交流 2011-10-22 20:43:57
诶，作为一个也用天河算vasp的人，我跟你说，这是天河服务器网络问题。
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2011-10-21 20:42:05
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