应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 算DOS时出错
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
161/2返回列表12下一页
查看: 3470  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

thelrgbird

金虫 (小有名气)

[求助] 算DOS时出错

请求各位高手帮助：
本人在计算DOS的时候出错，而且出错出的很让人恼火……
其中的log文件时这样的：

Job started at:  Tue Oct 4 19:50:21 CST 2011
yhrun: error: cn180: task 12: Killed
yhrun: error: cn179: task 0: Killed
yhrun: error: cn179: task 11: Killed
yhrun: error: cn181: task 24: Killed
yhrun: error: cn180: task 23: Killed
yhrun: error: cn181: task 35: Killed
yhrun: error: cn180: task 22: Killed
yhrun: error: cn179: task 10: Killed
yhrun: error: cn179: task 1: Killed
yhrun: error: cn181: task 25: Killed
yhrun: error: cn180: task 13: Killed
yhrun: error: cn179: task 8: Killed
yhrun: error: cn181: task 34: Killed
yhrun: error: cn180: task 21: Killed
yhrun: error: cn179: task 2: Killed
yhrun: error: cn181: task 28: Killed
yhrun: error: cn180: task 15: Killed
yhrun: error: cn181: task 27: Killed
yhrun: error: cn179: task 3: Killed
yhrun: error: cn180: task 17: Killed
yhrun: error: cn181: task 29: Killed
yhrun: error: cn179: task 4: Killed
yhrun: error: cn180: task 18: Killed
yhrun: error: cn179: task 5: Killed
yhrun: error: cn181: task 30: Killed
yhrun: First task exited 60s ago
yhrun: tasks 6-7,9,14,16,19-20,26,31-33: running
yhrun: tasks 0-5,8,10-13,15,17-18,21-25,27-30,34-35: exited abnormally
yhrun: Terminating job step 22332.0
yhrun: Job step aborted: Waiting up to 2 seconds for job step to finish.
slurmd[cn179]: *** STEP 22332.0 KILLED AT 2011-10-04T19:51:53 WITH SIGNAL 9 ***
slurmd[cn179]: *** STEP 22332.0 KILLED AT 2011-10-04T19:51:53 WITH SIGNAL 9 ***
slurmd[cn181]: *** STEP 22332.0 KILLED AT 2011-10-04T19:51:53 WITH SIGNAL 9 ***
slurmd[cn181]: *** STEP 22332.0 KILLED AT 2011-10-04T19:51:53 WITH SIGNAL 9 ***
slurmd[cn180]: *** STEP 22332.0 KILLED AT 2011-10-04T19:51:53 WITH SIGNAL 9 ***
slurmd[cn180]: *** STEP 22332.0 KILLED AT 2011-10-04T19:51:53 WITH SIGNAL 9 ***
Job finished at:  Tue Oct 4 19:51:54 CST 2011

我用的是天河1A大系统机型运算的，不知道有没有人在这上面进行计算也出现了类似的错误，很郁闷阿……

我的KPOINTS 设为15 * 15 * 15的
INCAR为：

SYSTEM=Ni2P
  Startparameter for this run:
    NWRITE =      2    write-flag & timer
    PREC   =   high
    ISTART =      1    job   : 0-new  1-cont  2-samecut
    ICHARG =      11   charge: 1-file 2-atom 10-const
    ISPIN  =      2    spin polarized calculation?
    INIWAV =      1    electr: 0-lowe 1-rand  2-diag
    VOSKOWN =     0    pp: 0-PBE 1-PW91

  Electronic Relaxation 1
    ENCUT  =     400   run the run_encut.sh, found a good velue
    NELM   =     200;   NELMIN= 8; NELMDL= 8     # of ELM steps
    EDIFF  =  1E-05   stopping-criterion for ELM
    LREAL  =      A    real-space projection

  Ionic relaxation
    NFREE  =      10
    IWAVPR =     11    prediction:  0-non 1-charg 2-wave 3-comb
    LCORR  =      T    Harris-Foulkes like correction to forces
    POTIM  =   0.50    time-step for ionic-motion
    NBLOCK =      1

  DOS related values:
    ISMEAR =     1;   SIGMA  =   0.20  broadening in eV -4-tet -1-fermi 0-gau    s
    EMIN   = -10.00;   EMAX   =  10.00     NEDOS = 3000

  Electronic relaxation 2 (details)
    IALGO  =     48    algorithm
    ALGO   =     Fast
    LDIAG  =      T    sub-space diagonalisation

  Parallelisation Sets:
     LPLANE =     .F
     NPAR   =     36
     NSIM   =     4

  Write flags
    LWAVE  =      .F
    LCHARG =      .F
    LAECHG =      .F
    LELF   =      .F
    LORBIT =      11

麻烦大家看一下，错误在哪里呢？
另：我用同样的INCAR以及KPOINTS算的其他的此体系的近似体系都是没有错误的，然而就是这个出现了错误，在此任务计算之前，已经做过了结构优化以及静态计算，全部都算完了，没有什么问题……
再另：天河一号的工作人员告诉我是这些所涉及的节点可能出现了问题，但是，我算的时候提交过好多别的节点了，也都出错了，难道我提交的几乎所有的节点都坏了吗……郁闷阿……

我的脚本是：
#! /bin/bash

export LD_LIBRARY_PATH=/vol-th/lib:/vol-th/lib/mklem64t/:$LD_LIBRARY_PATH

echo "Job started at: " `date`
yhrun -p TH_NET -n 36 ./vasp > ./out
echo "Job finished at: " `date`


所产生的out文件是：

running on   36 nodes
distr:  one band on    1 nodes,   36 groups
vasp.4.6.36 17Feb09 complex
POSCAR found :  2 types and   71 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
WARNING: stress and forces are not correct
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

vasp编译问题集锦

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-10-04 19:51:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主

【答案】应助回帖

★
zzy870720z(金币+1): 鼓励交流 2011-10-07 10:59:37
thelrgbird(金币+1): 谢谢交流~ 虽然还是没有解决问题…… 2011-10-09 10:39:04
设置没问题，可能是服务器出问题了，让管理员检查一下服务器吧
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-10-06 11:38:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

thelrgbird

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by uuv2010 at 2011-10-06 11:38:59:
设置没问题，可能是服务器出问题了，让管理员检查一下服务器吧

我觉得也是服务器的问题…… 但是天河一号那么大的组织不会那么多节点都出错了吧…… 哎…… 虽然我抱有的怀疑与你是相同的……
赞一下 回复此楼
3楼2011-10-06 15:28:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuhuimeiwoo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
zzy870720z(金币+1): 鼓励交流 2011-10-07 10:59:44
我不知道错在哪里 但是仅仅对你的ISMEAR感到疑惑 为什么还是1呢 不应该是-5？
赞一下(1人) 回复此楼
paper我要好多好的的paper
4楼2011-10-06 20:24:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

thelrgbird

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by liuhuimeiwoo at 2011-10-06 20:24:40:
我不知道错在哪里 但是仅仅对你的ISMEAR感到疑惑 为什么还是1呢 不应该是-5？

手册上说，算金属体系的推荐使用1或2，算绝缘体、半导体的推荐使用-5，所以这样
赞一下 回复此楼
5楼2011-10-06 21:11:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuhuimeiwoo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-10-23 16:38:26
你取那么大的拖尾宽度 会不准的
赞一下(1人) 回复此楼
paper我要好多好的的paper
6楼2011-10-07 08:55:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

thelrgbird

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by liuhuimeiwoo at 2011-10-07 08:55:39:
你取那么大的拖尾宽度 会不准的

拖尾宽度？这是什么啊？不好意思啊，我刚刚入门，对这些不大了解……求指教
赞一下 回复此楼
7楼2011-10-07 14:08:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuhuimeiwoo

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-10-08 13:06:14
thelrgbird(金币+4): 谢谢交流~ 虽然还是没有解决问题…… 2011-10-09 10:38:56
SIGMA  =   0.20  
这个SIGMA差不多可以理解为值取得越大 误差就越大
赞一下(1人) 回复此楼
paper我要好多好的的paper
8楼2011-10-07 19:53:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

thelrgbird

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by liuhuimeiwoo at 2011-10-07 19:53:47:
SIGMA  =   0.20  
这个SIGMA差不多可以理解为值取得越大 误差就越大

这个值也是手册里面推荐的值啊…… 那应该怎么筛选sigma值呢？我记得侯老师有sigma值的筛选过程，但是其中的熵值是越小越好吧，但是面对正值的最小值和负值的最大值中该作何取舍呢？是绝对值最小的吗？
赞一下 回复此楼
9楼2011-10-08 00:00:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hnuzhoulin

金虫 (小有名气)
★
uuv2010(金币+1): 欢迎参加交流 2011-10-22 20:43:57
诶，作为一个也用天河算vasp的人，我跟你说，这是天河服务器网络问题。
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2011-10-21 20:42:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 thelrgbird 的主题更新
161/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 找调剂 +10 楚乔乔 2026-04-01 10/500 2026-04-05 22:19 by syh9288
[考研] 283求调剂 +5 baiiyu 2026-04-05 6/300 2026-04-05 20:35 by 啵啵啵0119
[考研] 求调剂 一志愿西南交通大学085701环境工程 282分 +7 多多爱吃汉堡 2026-04-04 7/350 2026-04-05 19:47 by 福农资环_环境基
[考研] 调剂 +3 好好读书。 2026-04-02 3/150 2026-04-05 13:02 by arrow8852
[考研] 312求调剂 +3 Say Never 2026-04-04 3/150 2026-04-05 11:19 by guoweigw
[考研] 283求调剂 +10 A child 2026-04-04 10/500 2026-04-05 08:22 by qlm5820
[考研] 一志愿北京2，材料与化工308求调剂 +10 熊二想上岸 2026-04-04 10/500 2026-04-05 05:20 by houyaoxu
[考研] 材料求调剂 +10 呢呢妮妮 2026-04-01 10/500 2026-04-04 23:12 by 无际的草原
[考研] 316求调剂 +9 墨辰_Orion926 2026-04-04 9/450 2026-04-04 21:35 by lbsjt
[考研] 302求调剂一志愿华中师范大学 +8 小江小江江江 2026-04-02 8/400 2026-04-04 19:50 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358 +6 cs0106 2026-04-03 6/300 2026-04-04 11:20 by w_xuqing
[考研] 考研调剂 +5 小sun要好运 2026-04-03 5/250 2026-04-03 21:43 by 啵啵啵0119
[考研] 材料与化工调剂一志愿大连海事085600，349 +11 吃的不少 2026-03-30 11/550 2026-04-03 18:05 by Jimmyandyou
[考研] 抱歉 +5 田洪有 2026-03-30 5/250 2026-04-03 10:24 by linyelide
[考研] 化学070300-总分378-求调剂 +5 挪椅子的泡泡糖 2026-04-02 5/250 2026-04-02 22:20 by ZXlzxl0425
[考研] 085600，320分求调剂 +6 大馋小子 2026-04-02 6/300 2026-04-02 21:54 by dongzh2009
[考研] 材料340分调剂 +7 夏夜晚风_long 2026-04-02 9/450 2026-04-02 21:20 by dongzh2009
[考研] 260求调剂 +6 朱芷琳 2026-04-02 6/300 2026-04-02 20:27 by 6781022
[考研] 348求调剂 +11 zzzzyk123 2026-04-01 11/550 2026-04-02 16:52 by Wang200018
[考研] 080500-315分复试调剂 +9 上岸3821 2026-03-31 9/450 2026-03-31 17:29 by 唐沐儿
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭