| 查看: 3806 | 回复: 15 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
thelrgbird金虫 (小有名气)
|
[求助]
算DOS时出错
|
||
|
请求各位高手帮助： 本人在计算DOS的时候出错，而且出错出的很让人恼火…… 其中的log文件时这样的： Job started at: Tue Oct 4 19:50:21 CST 2011 yhrun: error: cn180: task 12: Killed yhrun: error: cn179: task 0: Killed yhrun: error: cn179: task 11: Killed yhrun: error: cn181: task 24: Killed yhrun: error: cn180: task 23: Killed yhrun: error: cn181: task 35: Killed yhrun: error: cn180: task 22: Killed yhrun: error: cn179: task 10: Killed yhrun: error: cn179: task 1: Killed yhrun: error: cn181: task 25: Killed yhrun: error: cn180: task 13: Killed yhrun: error: cn179: task 8: Killed yhrun: error: cn181: task 34: Killed yhrun: error: cn180: task 21: Killed yhrun: error: cn179: task 2: Killed yhrun: error: cn181: task 28: Killed yhrun: error: cn180: task 15: Killed yhrun: error: cn181: task 27: Killed yhrun: error: cn179: task 3: Killed yhrun: error: cn180: task 17: Killed yhrun: error: cn181: task 29: Killed yhrun: error: cn179: task 4: Killed yhrun: error: cn180: task 18: Killed yhrun: error: cn179: task 5: Killed yhrun: error: cn181: task 30: Killed yhrun: First task exited 60s ago yhrun: tasks 6-7,9,14,16,19-20,26,31-33: running yhrun: tasks 0-5,8,10-13,15,17-18,21-25,27-30,34-35: exited abnormally yhrun: Terminating job step 22332.0 yhrun: Job step aborted: Waiting up to 2 seconds for job step to finish. slurmd[cn179]: *** STEP 22332.0 KILLED AT 2011-10-04T19:51:53 WITH SIGNAL 9 *** slurmd[cn179]: *** STEP 22332.0 KILLED AT 2011-10-04T19:51:53 WITH SIGNAL 9 *** slurmd[cn181]: *** STEP 22332.0 KILLED AT 2011-10-04T19:51:53 WITH SIGNAL 9 *** slurmd[cn181]: *** STEP 22332.0 KILLED AT 2011-10-04T19:51:53 WITH SIGNAL 9 *** slurmd[cn180]: *** STEP 22332.0 KILLED AT 2011-10-04T19:51:53 WITH SIGNAL 9 *** slurmd[cn180]: *** STEP 22332.0 KILLED AT 2011-10-04T19:51:53 WITH SIGNAL 9 *** Job finished at: Tue Oct 4 19:51:54 CST 2011 我用的是天河1A大系统机型运算的，不知道有没有人在这上面进行计算也出现了类似的错误，很郁闷阿…… 我的KPOINTS 设为15 * 15 * 15的 INCAR为： SYSTEM=Ni2P Startparameter for this run: NWRITE = 2 write-flag & timer PREC = high ISTART = 1 job : 0-new 1-cont 2-samecut ICHARG = 11 charge: 1-file 2-atom 10-const ISPIN = 2 spin polarized calculation? INIWAV = 1 electr: 0-lowe 1-rand 2-diag VOSKOWN = 0 pp: 0-PBE 1-PW91 Electronic Relaxation 1 ENCUT = 400 run the run_encut.sh, found a good velue NELM = 200; NELMIN= 8; NELMDL= 8 # of ELM steps EDIFF = 1E-05 stopping-criterion for ELM LREAL = A real-space projection Ionic relaxation NFREE = 10 IWAVPR = 11 prediction: 0-non 1-charg 2-wave 3-comb LCORR = T Harris-Foulkes like correction to forces POTIM = 0.50 time-step for ionic-motion NBLOCK = 1 DOS related values: ISMEAR = 1; SIGMA = 0.20 broadening in eV -4-tet -1-fermi 0-gau s EMIN = -10.00; EMAX = 10.00 NEDOS = 3000 Electronic relaxation 2 (details) IALGO = 48 algorithm ALGO = Fast LDIAG = T sub-space diagonalisation Parallelisation Sets: LPLANE = .F NPAR = 36 NSIM = 4 Write flags LWAVE = .F LCHARG = .F LAECHG = .F LELF = .F LORBIT = 11 麻烦大家看一下，错误在哪里呢？ 另：我用同样的INCAR以及KPOINTS算的其他的此体系的近似体系都是没有错误的，然而就是这个出现了错误，在此任务计算之前，已经做过了结构优化以及静态计算，全部都算完了，没有什么问题…… 再另：天河一号的工作人员告诉我是这些所涉及的节点可能出现了问题，但是，我算的时候提交过好多别的节点了，也都出错了，难道我提交的几乎所有的节点都坏了吗……郁闷阿…… 我的脚本是： #! /bin/bash export LD_LIBRARY_PATH=/vol-th/lib:/vol-th/lib/mklem64t/:$LD_LIBRARY_PATH echo "Job started at: " `date` yhrun -p TH_NET -n 36 ./vasp > ./out echo "Job finished at: " `date` 所产生的out文件是： running on 36 nodes distr: one band on 1 nodes, 36 groups vasp.4.6.36 17Feb09 complex POSCAR found : 2 types and 71 ions LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew WARNING: stress and forces are not correct POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 vasp编译问题集锦 |
» 猜你喜欢
能否申诉？
已经有8人回复
-
梦想
已经有5人回复
-
中青基了要发朋友圈吗？
已经有7人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有19人回复
-
29号明天会评吗
已经有4人回复
-
国社科又开始会评了，不知道这次命运如何
已经有10人回复
-
基金不中，共勉
已经有12人回复
-
面上意见出来了
已经有19人回复
-
为什么到现在没收到通知？
已经有5人回复
-
有没有仍没收到信息的
已经有8人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 【求助】WIEN2K计算考虑spin的Fcc的Ni的DOS图问题。
已经有9人回复
- 计算性能时出错咯，急急急急。。。。。。
已经有4人回复
- 【求助】理论计算新手，求帮忙解决带隙及DOS的问题
已经有21人回复
- 【求助成功】VASP算出来的能带和DOS图对应不上，哪里出了问题？
已经有20人回复
- 【求助】siesta 计算DOS应该注意什么问题
已经有3人回复
- 【求助】DOS和band带隙不一致，是什么问题
已经有20人回复
- 【求助】DOS计算问题
已经有12人回复
- 【求助成功】Band－procar 和Dos－procar 程序执行出错
已经有8人回复
- 【求助】关于eg和t2g DOS画图的 标度 问题
已经有17人回复
thelrgbird
金虫 (小有名气)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 1250.1
- 散金: 25
- 帖子: 150
- 在线: 89.8小时
- 虫号: 597343
- 注册: 2008-09-09
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
3楼2011-10-06 15:28:03
uuv2010
荣誉版主 (职业作家)
- 1ST强帖: 6
- 应助: 160 (高中生)
- 贵宾: 3.14
- 金币: 3677.7
- 散金: 5807
- 红花: 79
- 沙发: 35
- 帖子: 4564
- 在线: 916.6小时
- 虫号: 966216
- 注册: 2010-03-09
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
- 管辖: 第一性原理
2楼2011-10-06 11:38:59
liuhuimeiwoo
金虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1469.1
- 散金: 10
- 红花: 3
- 帖子: 235
- 在线: 40.2小时
- 虫号: 911880
- 注册: 2009-11-24
- 性别: MM
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
4楼2011-10-06 20:24:40
thelrgbird
金虫 (小有名气)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 1250.1
- 散金: 25
- 帖子: 150
- 在线: 89.8小时
- 虫号: 597343
- 注册: 2008-09-09
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
5楼2011-10-06 21:11:57
投票:
10