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c03185

新虫 (小有名气)

[求助] VASP并行计算时，提示“超过CPU时限”而退出计算。请问如何解决？

running on    8 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    8 groups
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found :  2 types and    6 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected
FFT: planning ...(           1 )
reading WAVECAR
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
RMM:   1     0.112962560756E+03    0.11296E+03   -0.69848E+03  1512   0.693E+02
RMM:   2    -0.305217733500E+01   -0.11601E+03   -0.12362E+03  1512   0.173E+02
RMM:   3    -0.220863257631E+02   -0.19034E+02   -0.16605E+02  1512   0.684E+01
RMM:   4    -0.266524934524E+02   -0.45662E+01   -0.26797E+01  1512   0.403E+01
RMM:   5    -0.274449693522E+02   -0.79248E+00   -0.70905E+00  1512   0.164E+01
RMM:   6    -0.276538353951E+02   -0.20887E+00   -0.18463E+00  1512   0.103E+01
RMM:   7    -0.277119302964E+02   -0.58095E-01   -0.54192E-01  1512   0.446E+00
RMM:   8    -0.277288405566E+02   -0.16910E-01   -0.15880E-01  1512   0.291E+00
RMM:   9    -0.277355360489E+02   -0.66955E-02   -0.65108E-02  3234   0.128E+00
RMM:  10    -0.277360809052E+02   -0.54486E-03   -0.54143E-03  3277   0.298E-01
RMM:  11    -0.277361101359E+02   -0.29231E-04   -0.27153E-04  2774   0.783E-02
RMM:  12    -0.277361131135E+02   -0.29776E-05   -0.30028E-05  2469   0.192E-02    0.196E+01
RMM:  13    -0.341632543219E+02   -0.64271E+01   -0.12383E+02  3090   0.946E+01    0.154E+01
RMM:  14    -0.236566564684E+02    0.10507E+02   -0.25548E+01  3024   0.434E+01    0.372E+00
RMM:  15    -0.238848699589E+02   -0.22821E+00   -0.90307E+00  3024   0.222E+01    0.667E+00
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 4 with PID 29130 on node login1 exited on signal 24 (CPU time limit exceeded).
--------------------------------------------------------------------------
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1楼 2012-04-19 06:35:05
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guohuazhong

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
liliangfang: 金币+2, 谢谢交流 2012-04-19 08:58:37
个人觉得可能是编译时优化级别设高了，或者是mpi编译有问题。
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2楼2012-04-19 08:57:39
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c03185

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by guohuazhong at 2012-04-19 08:57:39:
个人觉得可能是编译时优化级别设高了，或者是mpi编译有问题。

不是阿。
集群管理员的回复是：
could it be that you launched your job on the login node? You're not supposed to launch jobs on the login node.
You should launch a job using the resource manager torque with the qsub command. You will also need to create a jobscript.
么意思阿？
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3楼2012-04-19 17:42:38
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guohuazhong

至尊木虫 (职业作家)
★
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖交流！ 2012-04-21 11:55:35
管理员的意思是在你登录的节点上计算，建议你qsub提交任务。
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4楼2012-04-19 22:28:57
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c03185

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by guohuazhong at 2012-04-19 22:28:57:
管理员的意思是在你登录的节点上计算，建议你qsub提交任务。

qsub怎么提交VASP运行阿？
请指导
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5楼2012-04-20 03:49:37
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ahu1221

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+2, 谢谢回帖交流！ 2012-04-20 09:26:19
c03185: 金币+15, ★★★很有帮助 2012-04-22 08:25:17
应该是类似于bsub的吧，你登入系统的时候会有提示的，你注意看下，我们这用的是bsub作业管理系统，提交作业的命令式bsub -q long（作业对列，有normal long等） -n 8（作业使用的核数，是你节点上单棵cpu上核的个数的倍数最好） ./<你的vasp的路径>vasp，我习惯将在我的用户目录下建一个bin文件夹，然后将vasp拷到这个文件夹里，然后设置环境变量vi ./bashrc，加入export PATH=$PATH：~/bin/。然后./vasp就可以直接用~/bin/vasp代替。这样比较简单，还不会对你编译的vasp文件夹造成啥影响
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交流学习,求进步
6楼2012-04-20 09:21:13
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c03185

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ahu1221 at 2012-04-20 09:21:13:
应该是类似于bsub的吧，你登入系统的时候会有提示的，你注意看下，我们这用的是bsub作业管理系统，提交作业的命令式bsub -q long（作业对列，有normal long等） -n 8（作业使用的核数，是你节点上单棵cpu上核的个 ...

还需要写个PBS的脚本吗？
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7楼2012-04-21 04:12:11
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c03185

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ahu1221 at 2012-04-20 09:21:13:
应该是类似于bsub的吧，你登入系统的时候会有提示的，你注意看下，我们这用的是bsub作业管理系统，提交作业的命令式bsub -q long（作业对列，有normal long等） -n 8（作业使用的核数，是你节点上单棵cpu上核的个 ...

能不能传我一个PBS脚本阿？
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8楼2012-04-21 05:18:38
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ahu1221

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by c03185 at 2012-04-21 05:18:38:
能不能传我一个PBS脚本阿？

不需要脚本，可以直接运行的
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交流学习,求进步
9楼2012-04-21 09:25:29
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c03185

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by ahu1221 at 2012-04-21 09:25:29:
不需要脚本，可以直接运行的

管理员说用脚本，而且采用squb提交任务
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10楼2012-04-21 16:27:07
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