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vasp 在parallel 3dFFT wavefunction 后死掉
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各位大虾，小弟vasp刚入门， 最近尝试编译了VASP，编译没出错， 但是运行时有问题。 提交直接： /usr/local/openmpi/bin/mpirun -np 40 -machinefile ~/machines.LINUX /home/chenshi/softwares/vasp/vasp.4.6/vasp machines.LINUX 内容如下: node01 slots=8 node02 slots=8 node03 slots=8 node04 slots=8 node05 slots=8 node06 slots=8 node07 slots=8 一，算小体系Si（两个原子） 核数 2 4 8 16 计算用时/秒 2.537 4.798 8.934 275.012 32核的没算完，估计要一两千秒，似乎是核越多越慢... 二，算大体系（一百个原子左右） 提交32个核，可以运行； 提交40个核，OUTCAR里进行到： parallel 3dFFT wavefunction: minimum data exchange during FFTs selected (reduces bandwidth) 不再继续，但vasp也不报错，死在那里... 有时连 OUTCAR 都没有产生，直接就死在那里， 不知什么原因？ 还有一个异常的地方，我在 machines.LINUX 里没有把主节点 libin 写进去， 按理在主节点不应该有进程运行 vasp ， 但是在主节点上 top 310 chenshi 20 0 252m 15m 9280 R 100.0 0.0 10055:21 vasp 312 chenshi 20 0 252m 15m 9256 R 100.0 0.0 10055:35 vasp 315 chenshi 20 0 252m 16m 9244 R 100.0 0.0 10055:41 vasp 27401 chenshi 20 0 252m 16m 9276 R 100.0 0.0 10767:00 vasp 27416 chenshi 20 0 252m 16m 9308 R 100.0 0.0 10767:26 vasp 32759 chenshi 20 0 252m 15m 9304 R 100.0 0.0 10056:04 vasp 323 chenshi 20 0 252m 16m 9272 R 99.7 0.0 10055:48 vasp 27400 chenshi 20 0 252m 16m 9284 R 99.7 0.0 10767:47 vasp 27408 chenshi 20 0 252m 15m 9256 R 99.7 0.0 10767:27 vasp 22973 chenshi 20 0 13312 1408 860 R 0.7 0.0 0:01.06 top 1 root 20 0 23480 1100 896 S 0.0 0.0 0:14.41 init 2 root 20 0 0 0 0 S 0.0 0.0 0:00.01 kthreadd 却发现9个进程在运行 vasp ， 而且奇怪的是 MEM 利用率为零... 现在真是迷惑。安装并行版本一定要有 scalapack库 吗？ 我的编译用的库: BLASLAPACK=-L$(MKLROOT)/lib/intel64 -lmkl_blas95_lp64 -lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_cdft_core -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 -lpthread -limf -lm -lsvml LIB = -I/usr/local/openmpi/include/mpif.h \ -L../vasp.4.lib -ldmy \ $(BLASLAPACK) \ ../vasp.4.lib/linpack_double.o FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dlib.o /export/opt/intel/composerxe/mkl/lib/intel64/libfftw3xf_intel.a MKL库和Intel编译器都只在主节点安装，放在 /export 文件夹， 共享给其他节点； 在各节点都装了 opnempi 和 hpmpi（装MS要用）。 MKL库和fft库是不是在各节点都装，并行会快些？ VASP 装在我家里，整个 /home 目录都共享出去了。 现在不知是 vasp 没编译好， 还是 并行系统的问题，或者是 其他问题？ |
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2楼2011-09-02 15:46:53
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【答案】应助回帖
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youzhizhe(金币-1): 看不懂？！从哪里复制过来的吗？ 2011-09-04 00:14:00
youzhizhe(金币+5, 1ST强帖+1): 谢谢交流。授予epi一个。 2011-09-05 07:56:45
youzhizhe(金币-1): 看不懂？！从哪里复制过来的吗？ 2011-09-04 00:14:00
youzhizhe(金币+5, 1ST强帖+1): 谢谢交流。授予epi一个。 2011-09-05 07:56:45
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32核的没算完，估计要一两千秒，似乎是核越多越慢... -------------------------------- 对于两个原子的小体系来说，用32核跑。。。。哎，资源不能这么浪费，我这里一核难求啊，越来越慢的原因是由于，各个核之间存在通讯时间啊，两原子计算量本来就小，被你这样分配到那么多核中，每个电子步都要交换信息，所以在通讯上非常耗时啊，你可以查看你OUTCAR最后那几行。伤不起啊~~32核，两原子~~~ --------------------------------- 算大体系（一百个原子左右） --------------------------------- 这个估计和计算量比较大有关，所给的信息太少，不好判断啦 --------------------------------- 还有一个异常的地方，我在 machines.LINUX 里没有把主节点 libin 写进去， 按理在主节点不应该有进程运行 vasp ， 但是在主节点上 top -------------------------------- 我记得好像是由于openmpi的调度就是这样的，启动mpirun的节点自动包涵在node-list里面，这个可以通过使用PBS排队系统来解决，或者换mpich -------------------------------- 安装并行版本一定要有 scalapack库 吗？ ------------------------------- 这个一般用不上，除非你各个节点之间网络交换非常慢。 VASP 装在我家里，整个 /home 目录都共享出去了。 ------------------------------ 神马意思？装你家？ |
4楼2011-09-03 22:46:34
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