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csi505

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
帖子: 2
在线: 14.1小时
虫号: 653852
注册: 2008-11-14
专业: 凝聚态物性 II ：电子结构

[求助] vasp 在parallel 3dFFT wavefunction 后死掉

各位大虾，小弟vasp刚入门，
最近尝试编译了VASP，编译没出错，
但是运行时有问题。

提交直接：
/usr/local/openmpi/bin/mpirun -np 40 -machinefile ~/machines.LINUX /home/chenshi/softwares/vasp/vasp.4.6/vasp

machines.LINUX 内容如下:
      node01  slots=8
      node02  slots=8
      node03  slots=8
      node04  slots=8
      node05  slots=8
      node06  slots=8
      node07  slots=8

一，算小体系Si（两个原子）

      核数       2       4       8       16
   计算用时/秒 2.537    4.798    8.934    275.012

   32核的没算完，估计要一两千秒，似乎是核越多越慢...

二，算大体系（一百个原子左右）

提交32个核，可以运行；
提交40个核，OUTCAR里进行到：

   parallel 3dFFT wavefunction:
      minimum data exchange during FFTs selected (reduces bandwidth)

不再继续，但vasp也不报错，死在那里...
有时连 OUTCAR 都没有产生，直接就死在那里，
不知什么原因？

还有一个异常的地方，我在 machines.LINUX 里没有把主节点 libin 写进去，
按理在主节点不应该有进程运行 vasp ，但是在主节点上 top

  310 chenshi 20 0  252m  15m 9280 R 100.0  0.0  10055:21 vasp
  312 chenshi 20 0  252m  15m 9256 R 100.0  0.0  10055:35 vasp
  315 chenshi 20 0  252m  16m 9244 R 100.0  0.0  10055:41 vasp
27401 chenshi 20 0  252m  16m 9276 R 100.0  0.0  10767:00 vasp
27416 chenshi 20 0  252m  16m 9308 R 100.0  0.0  10767:26 vasp
32759 chenshi 20 0  252m  15m 9304 R 100.0  0.0  10056:04 vasp
  323 chenshi 20 0  252m  16m 9272 R 99.7  0.0  10055:48 vasp
27400 chenshi 20 0  252m  16m 9284 R 99.7  0.0  10767:47 vasp
27408 chenshi 20 0  252m  15m 9256 R 99.7  0.0  10767:27 vasp
22973 chenshi 20 0 13312 1408  860 R  0.7  0.0 0:01.06 top
1 root    20 0 23480 1100  896 S  0.0  0.0 0:14.41 init
2 root    20 0    0 0 0 S  0.0  0.0 0:00.01 kthreadd

却发现9个进程在运行 vasp ，而且奇怪的是 MEM 利用率为零...

现在真是迷惑。安装并行版本一定要有 scalapack库吗？
我的编译用的库:
   BLASLAPACK=-L$(MKLROOT)/lib/intel64  -lmkl_blas95_lp64 -lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_cdft_core -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 -lpthread -limf -lm -lsvml

LIB =  -I/usr/local/openmpi/include/mpif.h \
      -L../vasp.4.lib -ldmy  \
      $(BLASLAPACK) \
      ../vasp.4.lib/linpack_double.o

FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dlib.o /export/opt/intel/composerxe/mkl/lib/intel64/libfftw3xf_intel.a

MKL库和Intel编译器都只在主节点安装，放在 /export 文件夹，共享给其他节点；
在各节点都装了 opnempi 和 hpmpi（装MS要用）。

MKL库和fft库是不是在各节点都装，并行会快些？
VASP 装在我家里，整个 /home 目录都共享出去了。

现在不知是 vasp 没编译好，还是并行系统的问题，或者是其他问题？

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