| 查看: 3463 | 回复: 10 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
fangyongxinxi新虫 (正式写手)
|
[求助]
vasp NEB 如何选取原胞大小 ？
|
|||
|
如题，想做一个体系两种结构 A B 之间的过渡态情况。A B 两个体系最小原胞是6个原子，自己做了测试： 将最小原胞设置成过渡态搜索的初始和终态，得到一种过渡态。 然后，将A B 都扩展成18个原子的体系，得到另一个过渡态。 问题：这两种过渡态得到的趋势和过渡态结构都不一样，为什么？自己的想法，想是不是体系初始结构的大小，会严重影响过渡态的计算 ？对于过渡态计算，体系应该选多大合适些 ？ |
回复此楼» 猜你喜欢
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有18人回复
-
怎么查啊
已经有6人回复
-
基金系统什么内容也没有
已经有8人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有10人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有12人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识
已经有6人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
面上合作单位盖章
已经有5人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有7人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 如何从已知细胞中P出某个基因，并加上酶切位点？
已经有8人回复
- vasp并行问题及NEB计算出错
已经有5人回复
- 在vasp计算里，有没有好的只优化原子位置和晶胞体积的方法？
已经有8人回复
- 同一个原胞用vasp和castep结构优化后为什么能量差距很大
已经有6人回复
- vasp用neb计算迁移势垒
已经有11人回复
- 【求助】vasp为什么采用周期性边界条件（或超原胞模型）来处理原子分子表面体系等，有
已经有8人回复
- 【求助】关于vasp NEB
已经有8人回复
- 【求助】vasp用neb计算过渡态报错，错误提示是什么意思？
已经有9人回复
- 【其他】vasp neb 计算讨论
已经有20人回复
- 【求助】vasp的NEB计算,输出需要哪些参数?
已经有7人回复
fangyongxinxi
新虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 41
- 散金: 69
- 红花: 3
- 帖子: 876
- 在线: 138.5小时
- 虫号: 437418
- 注册: 2007-08-26
- 性别: MM
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
|
可能你说的是对的，我仔细看了类似体系大原胞初始和终态的POSCAR文件，发现里面有这样的情况： 初始： Direct 0.0000000000000000 0.7500000000000000 0.2500000000000000 0.5000000000000000 0.7500000000000000 0.2500000000000000 0.0000000000000000 0.2500000000000000 0.7500000000000000 0.5000000000000000 0.2500000000000000 0.7500000000000000 0.2500000000000000 0.2500000000000000 0.2500000000000000 0.7500000000000000 0.2500000000000000 0.2500000000000000 0.2500000000000000 0.7500000000000000 0.7500000000000000 0.7500000000000000 0.7500000000000000 0.7500000000000000 终态： Direct 0.0427919664457328 0.6726506146310324 0.2500000000000000 0.5427919664457328 0.6726506146310324 0.2500000000000000 0.4572080335542673 0.3273493853689677 0.7500000000000000 0.9572080335542672 0.3273493853689677 0.7500000000000000 0.1790221628519589 0.2141590376332636 0.2500000000000000 0.6790221628519589 0.2141590376332636 0.2500000000000000 0.3209778371480411 0.7858409623667364 0.7500000000000000 0.8209778371480411 0.7858409623667364 0.7500000000000000 是不是这样的对应方式不行 ？ |
7楼2011-06-15 13:44:52
gavinliu7390
木虫 (著名写手)
叶落鹰飞
- 1ST强帖: 3
- 应助: 51 (初中生)
- 贵宾: 0.481
- 金币: 1564.7
- 散金: 2975
- 红花: 34
- 帖子: 1278
- 在线: 241.4小时
- 虫号: 675997
- 注册: 2008-12-17
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
3楼2011-06-15 13:22:12
fangyongxinxi
新虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 41
- 散金: 69
- 红花: 3
- 帖子: 876
- 在线: 138.5小时
- 虫号: 437418
- 注册: 2007-08-26
- 性别: MM
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
4楼2011-06-15 13:34:11
dxcharlary
专家顾问 (职业作家)
-
专家经验: +83 - 1ST强帖: 2
- 应助: 251 (大学生)
- 金币: 10511.4
- 散金: 155
- 红花: 65
- 帖子: 3142
- 在线: 759.5小时
- 虫号: 936718
- 注册: 2010-01-04
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
- 管辖: 第一性原理
【答案】应助回帖
★ ★
fangyongxinxi(金币+5): 2011-06-15 13:51:32
gzqdyouxia(金币+2): 谢谢指教 2011-06-17 09:29:52
fangyongxinxi(金币+5): 2011-06-15 13:51:32
gzqdyouxia(金币+2): 谢谢指教 2011-06-17 09:29:52
|
你确定你两个系统的初始路径相同吗？如果相同的话，说明18个原子的体系相变过程中有对称性破坏，中间态不能用6个原子来表达，那么应该是18个原子的原子势垒要小于6个原子的。应该以18个原子的为准。不过这种情况在NEB体系里面很少见。我很怀疑你是否效验了初始路径，用的image过少或者最后没收敛。 另外提醒你一点，你用的是vtst的code吗？那个code是算分子体系，溶液或者是表面吸附体系的。不能算晶体相变的。除非你的初态和末态的元胞一模一样。他要求元胞必须是个不变的框框。见下面的链接。not yet availble for public use。不过这个yet已经好久了。 http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/neb/ |
5楼2011-06-15 13:38:50
10