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wang-lf09

木虫 (小有名气)

[求助] 在vasp计算里，有没有好的只优化原子位置和晶胞体积的方法？

只想优化原子位置和晶胞体积，但ISIF没有对应的设置。在用ISIF=7只优化体积的时候，优化了一段时间不能优化了自己停掉了（估计是原子位置不合理，但我也不知道合理位置是什么样的，没法调整啊，要是vasp有同时优化原子位置和晶胞体积的功能就好了），不知道虫友有没有遇到类似情况？我现在是手动调整晶胞三个方向的长度，然后再优化，如此循环使三个基矢方向的应力小到一定程度为止，但这种方法太费劲了，一两天也做不好一个小例子。虫友们有什么好办法啊？速来救火啊。先谢啦！
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1楼 2011-11-23 12:25:26
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likai0106

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
fzx2008(金币+2): 谢谢回帖交流！ 2011-11-23 14:53:57
wang-lf09(金币+5): 2011-11-25 09:57:34
引用回帖:
1楼: Originally posted by wang-lf09 at 2011-11-23 12:25:26:
只想优化原子位置和晶胞体积，但ISIF没有对应的设置。在用ISIF=7只优化体积的时候，优化了一段时间不能优化了自己停掉了（估计是原子位置不合理，但我也不知道合理位置是什么样的，没法调整啊，要是vasp有同时优化 ...

是这样你可以试试利用脚本来解决你想做的情况，写出一个循环脚本给出一系列的值，之后进行计算。脚本形式类似与loop.sh优化晶格常数的脚本，如果你的a，b，c三个方向有比例关系容易些，如果不成比例的话，可以尝试对其分别进行修改。但是如果你想做固定方向的优化的话，比如a，b不动只优化c方向怕是要改vasp原代码重新编译vasp了。
希望对你有帮助。
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2楼2011-11-23 14:17:10
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-11-24 23:16:55
引用回帖:
1楼: Originally posted by wang-lf09 at 2011-11-23 12:25:26:
只想优化原子位置和晶胞体积，但ISIF没有对应的设置。在用ISIF=7只优化体积的时候，优化了一段时间不能优化了自己停掉了（估计是原子位置不合理，但我也不知道合理位置是什么样的，没法调整啊，要是vasp有同时优化 ...

你把你的计算的错误贴出来吧 不至于什么都没有停掉的，
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
3楼2011-11-23 14:31:26
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wang-lf09

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-11-23 14:31:26:
你把你的计算的错误贴出来吧 不至于什么都没有停掉的，

forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source
vasp               000000000079FFE6  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000007A1B45  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000007A061E  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000009CA153  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000004570E0  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000004382FC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00002AF5EC478184  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000000438229  Unknown               Unknown  Unknown
--------------------------------------------------------------------------
mpirun has exited due to process rank 1 with PID 5940 on
node node8 exiting without calling "finalize". This may
have caused other processes in the application to be
terminated by signals sent by mpirun (as reported here).
--------------------------------------------------------------------------

报错如上所述，烦请帮忙看看，谢谢！
赞一下 回复此楼
4楼2011-11-24 11:00:41
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likai0106

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-11-24 23:17:00
引用回帖:
4楼: Originally posted by wang-lf09 at 2011-11-24 11:00:41:
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source
vasp               000000000079FFE6  Unknown               U ...

第一你看看你的内存是否够用。
第二看看你的权限有没有问题。
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5楼2011-11-24 15:14:10
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-11-24 23:17:04
wang-lf09(金币+2): 2011-11-25 09:58:12
引用回帖:
4楼: Originally posted by wang-lf09 at 2011-11-24 11:00:41:
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source
vasp               000000000079FFE6  Unknown               U ...

上面的问题很多错误都是这样提示的。打开OUTCAR把最后面的东西复制出来，或者你找到提示错误的地方
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
6楼2011-11-24 15:21:01
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fzuvivi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

youzhizhe: 非应助回帖 2011-11-24 23:17:29
引用回帖:
2楼: Originally posted by likai0106 at 2011-11-23 14:17:10:
是这样你可以试试利用脚本来解决你想做的情况，写出一个循环脚本给出一系列的值，之后进行计算。脚本形式类似与loop.sh优化晶格常数的脚本，如果你的a，b，c三个方向有比例关系容易些，如果不成比例的话，可以尝 ...

"比如a，b不动只优化c方向怕是要改vasp原代码重新编译vasp了。"
这个是怎么实现的，我知道版上有人说过这个，到时具体是怎么修改constr_cell_relax.F文件？？
谢谢了～
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7楼2011-11-24 18:29:36
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likai0106

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by fzuvivi at 2011-11-24 18:29:36:
"比如a，b不动只优化c方向怕是要改vasp原代码重新编译vasp了。"
这个是怎么实现的，我知道版上有人说过这个，到时具体是怎么修改constr_cell_relax.F文件？？
谢谢了～

是的，他后面有提示，你看看提示，这是一个矩阵的形式，可以编译成任何你想优化的方向。
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8楼2011-11-25 08:06:16
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峰云陈

银虫 (小有名气)
坚持就是胜利 楼主加油
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慢慢来..
9楼2013-07-15 08:23:17
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