版块导航
正在加载中...
客户端APP下载
论文辅导
申博辅导
登录
注册
帖子
帖子
用户
本版
应《网络安全法》要求,自2017年10月1日起,未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用,请尽快对帐号进行手机号验证,感谢您的理解与支持!
24小时热门版块排行榜
>
论坛更新日志
(601)
>
导师招生
(47)
>
虫友互识
(37)
>
招聘信息布告栏
(12)
>
博后之家
(11)
>
硕博家园
(11)
>
考博
(10)
>
公派出国
(8)
>
考研
(8)
>
论文道贺祈福
(6)
>
教师之家
(4)
>
找工作
(4)
>
论文投稿
(4)
>
基金申请
(3)
>
数理科学综合
(2)
>
第一性原理
(2)
小木虫论坛-学术科研互动平台
»
计算模拟区
»
第一性原理
»
Vasp&MedeA
»
【求助完毕】vasp-slab-边界附近原子顶位吸附小分子的结构优化很难收敛吗?
6
1/1
返回列表
查看: 1810 | 回复: 5
只看楼主
@他人
存档
新回复提醒
(忽略)
收藏
在APP中查看
cenwanglai
荣誉版主
(知名作家)
1ST强帖: 5
应助: 46
(小学生)
贵宾: 8.842
金币: 7440.4
帖子: 5306
在线: 1961.4小时
虫号: 537452
[交流]
【求助完毕】vasp-slab-边界附近原子顶位吸附小分子的结构优化很难收敛吗?
我的表面是p(3*3)大小的,在表面中间吸附、掺杂都能100步内收敛。但是在靠近边界的最表层原子顶位上的吸附(如吸附SO2)结构,力就很难收敛,都300多步了,而且能量在小数点后第三位上上下波动。
同样在边界附近去掉一个最表层原子(O),做一个空位结构,也能较快收敛。但同一系列的自洽计算(ISMEAR=0,SIGMA=0.05),scf的EENTRO~=.03。一般中间缺陷或者吸附结构在scf计算中第六电子步就是0.0000了。
问题:
(1)边界上的缺陷和吸附结构优化有什么要注意的呢?
(2)要增大表面大小,把边界外推,让吸附结构靠近表面中心?
(3)超胞结构优化(cell fixed)边界与表面中心的处理不一样吗?
[
Last edited by cenwanglai on 2011-4-25 at 20:13
]
回复此楼
» 收录本帖的淘帖专辑推荐
VASP
杂七杂八
» 猜你喜欢
2025冷门绝学什么时候出结果
已经有3人回复
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入
已经有4人回复
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生
已经有6人回复
AI论文写作工具:是科研加速器还是学术作弊器?
已经有3人回复
孩子确诊有中度注意力缺陷
已经有6人回复
2026博士申请-功能高分子,水凝胶方向
已经有6人回复
论文投稿,期刊推荐
已经有4人回复
硕士和导师闹得不愉快
已经有13人回复
请问2026国家基金面上项目会启动申2停1吗
已经有5人回复
同一篇文章,用不同账号投稿对编辑决定是否送审有没有影响?
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐:
(我也要在这里推广)
高级回复
» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:
双向电泳,溴酚蓝需要过滤吗?
已经有11人回复
挑取单菌落的问题
已经有8人回复
请帮我看看提取质粒的图是出了什么问题
已经有19人回复
上流式细胞仪的血液样品及血液中白细胞能保存多久?
已经有7人回复
关于液氮
已经有23人回复
人体肾脏293细胞
已经有3人回复
q-PCR总是污染
已经有14人回复
谁做过乙醇沉淀法浓缩DNA呀?离心之后能用肉眼看到DNA吗?
已经有24人回复
急求RT-PCR电泳图分析
已经有22人回复
eppendorf mutiprator的电击杯在其他品牌的电转化仪上适用吗?
已经有4人回复
用Dmol优化收敛的结构,用vasp不收敛?
已经有9人回复
求问怎么鉴别化学吸附与化学成键?
已经有12人回复
有哪位大侠知道HZ802大孔吸附树脂的结构单元吗?
已经有4人回复
【分享】有机分子结构查询,表面吸附小分子构型不用愁
已经有15人回复
求助:vasp结构优化不能收敛
已经有18人回复
【求助】vasp为什么采用周期性边界条件(或超原胞模型)来处理原子分子表面体系等,有
已经有8人回复
【求助】C60富勒烯笼里面放了一个Fe原子,用Dmol3结构优化不收敛
已经有9人回复
» 抢金币啦!回帖就可以得到:
查看全部散金贴
双面压敏硅胶胶带
+
2
/98
中国科学技术大学 精准智能化学重点实验室 武建昌课题组招聘博士后
+
1
/82
同济大学 物理科学与工程学院 陈振跃(国家高层次青年人才) 课题组招聘博士后
+
1
/77
捷克布拉格查理大学(QS260)招收第一性原理计算博士生
+
1
/32
宁波大学张天宇教授课题组招聘副教授/讲师
+
1
/29
美国圣母大学张艳良教授诚招全奖博士生
+
2
/20
荷兰Utrecht University超快太赫兹光谱王海教授课题招收2026 CSC博士生
+
1
/14
南京大学能源与资源学院蔡亮课题组诚招2026年申请-考核制博士生2-3名
+
1
/10
东华大学 唐正 课题组诚招2026年博士研究生-有机半导体材料与器件等
+
1
/9
南京大学蔡亮课题组诚招2026年申请-考核制博士生2-3名(电解水制氢,XAFS谱学等)
+
1
/6
东莞理工学院-大连化物所联合招聘光催化方向博士后2名(年薪48W)
+
1
/6
海南大学生物医学工程学院光免疫诊疗团队诚招神经生物学、光学、分子生物学博士
+
1
/5
长江大学武汉校区诚招工程热物理、油气、电气等新能源博士-2025
+
1
/5
诚招博士后及研究人员
+
1
/5
山东大学集成电路学院太赫兹团队博士招生
+
1
/4
大连海事大学国家级人才团队2026年博士研究生招生启事
+
1
/4
有没有一款可以听文献的APP
+
1
/4
鲜样可以直接检测吗?
+
1
/1
甲磺酸阿比多尔,分子式、结构式等可以测吗?
+
1
/1
南华大学基础医学——抗感染药理-活性先导化合物抗菌作用机制研究申请审核制博士1名
+
1
/1
1楼
2010-12-13 16:17:55
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
bingmou
金虫
(著名写手)
1ST强帖: 5
应助: 2
(幼儿园)
贵宾: 0.446
金币: 431.9
帖子: 1207
在线: 114.8小时
虫号: 487243
★ ★
zzy870720z(金币+2):鼓励交流 2010-12-13 22:59:04
如果有图会比较容易理解,你的表面是周期边界条件的吗?边界是指在cell的边界处吗?
按我的理解,在边界处的计算应该和中心计算没有太多的区别,唯一可能的原因就是原子一离开cell就会做一个加法或减法回到cell,这种加法减法可能会导致误差。
顶位的吸附也是一个问题,有可能会有多个暂稳态使得原子在多个暂稳态之间跳跃
赞
一下
(1人)
回复此楼
2楼
2010-12-13 21:09:26
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
cenwanglai
荣誉版主
(知名作家)
1ST强帖: 5
应助: 46
(小学生)
贵宾: 8.842
金币: 7440.4
帖子: 5306
在线: 1961.4小时
虫号: 537452
引用回帖:
Originally posted by
bingmou
at 2010-12-13 21:09:26:
如果有图会比较容易理解,你的表面是周期边界条件的吗?边界是指在cell的边界处吗?
按我的理解,在边界处的计算应该和中心计算没有太多的区别,唯一可能的原因就是原子一离开cell就会做一个加法或减法回到cell, ...
是周期性边界条件。你完全明白了我的问题所在。
我的POTIM调到0.1了。是不是可以再调小一点?
赞
一下
回复此楼
3楼
2010-12-14 09:10:04
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
fanchen021
铁杆木虫
(正式写手)
应助: 7
(幼儿园)
金币: 7994.9
帖子: 776
在线: 569小时
虫号: 773188
★
sunyang1988(金币+1):谢谢交流 2010-12-14 09:17:37
cenwanglai(金币+2):是氧化物表面。中间是有杂原子的。除此之外,没有差别。杂原子对表面有一定扭曲。 2010-12-14 11:28:57
氧化物表面么?
能确定边界和中心的环境是一样的么?
赞
一下
(1人)
回复此楼
4楼
2010-12-14 09:16:14
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
bingmou
金虫
(著名写手)
1ST强帖: 5
应助: 2
(幼儿园)
贵宾: 0.446
金币: 431.9
帖子: 1207
在线: 114.8小时
虫号: 487243
★ ★
zzy870720z(金币+2):谢谢指教 2010-12-14 09:33:26
cenwanglai(金币+2):表面被吸附的小分子受力无法收敛。其它结构能很好的收敛到0.02.边界附近吸附势只能到0.05. 2010-12-14 11:30:14
引用回帖:
Originally posted by
cenwanglai
at 2010-12-14 09:10:04:
是周期性边界条件。你完全明白了我的问题所在。
我的POTIM调到0.1了。是不是可以再调小一点?
我觉得你可以仔细研究是一下是哪些原子的力无法收敛,以及他们为什么在那里无法收敛。POTIM已经很小了,我觉得没有必要修改,而且VASP在弛豫的过程中是修改POTIM的,如果发现不对会缩小POTIM,如果发现正确会加大POTIM
赞
一下
(1人)
回复此楼
5楼
2010-12-14 09:24:01
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
葵cc_
木虫
(小有名气)
应助: 0
(幼儿园)
金币: 1937.8
帖子: 87
在线: 71小时
虫号: 2892698
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你好,请问你是在根据什么来判断是否收敛的?查看什么量,怎样才算收敛?
赞
一下
回复此楼
6楼
2014-04-03 19:06:17
已阅
回复此楼
关注TA
给TA发消息
送TA红花
TA的回帖
相关版块跳转
第一性原理
量子化学
计算模拟
分子模拟
仿真模拟
程序语言
我要订阅楼主
cenwanglai
的主题更新
6
1/1
返回列表
如果回帖内容含有宣传信息,请如实选中。否则帐号将被全论坛禁言
普通表情
龙
兔
虎
猫
高级回复
(可上传附件)
百度网盘
|
360云盘
|
千易网盘
|
华为网盘
在新窗口页面中打开自己喜欢的网盘网站,将文件上传后,然后将下载链接复制到帖子内容中就可以了。
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭
确定