24小时热门版块排行榜

返回列表

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

[交流] 【求助完毕】vasp-slab-边界附近原子顶位吸附小分子的结构优化很难收敛吗？

我的表面是p(3*3)大小的，在表面中间吸附、掺杂都能100步内收敛。但是在靠近边界的最表层原子顶位上的吸附（如吸附SO2）结构,力就很难收敛，都300多步了，而且能量在小数点后第三位上上下波动。

同样在边界附近去掉一个最表层原子（O），做一个空位结构，也能较快收敛。但同一系列的自洽计算（ISMEAR=0,SIGMA=0.05）,scf的EENTRO~=.03。一般中间缺陷或者吸附结构在scf计算中第六电子步就是0.0000了。

问题：
（1）边界上的缺陷和吸附结构优化有什么要注意的呢？
（2）要增大表面大小，把边界外推，让吸附结构靠近表面中心？
（3）超胞结构优化（cell fixed)边界与表面中心的处理不一样吗？

[ Last edited by cenwanglai on 2011-4-25 at 20:13 ]

回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

VASP

杂七杂八

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

双向电泳，溴酚蓝需要过滤吗？已经有11人回复
挑取单菌落的问题已经有8人回复
请帮我看看提取质粒的图是出了什么问题已经有19人回复
上流式细胞仪的血液样品及血液中白细胞能保存多久？已经有7人回复
关于液氮已经有23人回复
人体肾脏293细胞已经有3人回复
q-PCR总是污染已经有14人回复
谁做过乙醇沉淀法浓缩DNA呀？离心之后能用肉眼看到DNA吗？已经有24人回复
急求RT-PCR电泳图分析已经有22人回复
eppendorf mutiprator的电击杯在其他品牌的电转化仪上适用吗？已经有4人回复
用Dmol优化收敛的结构，用vasp不收敛？已经有9人回复
求问怎么鉴别化学吸附与化学成键？已经有12人回复
有哪位大侠知道HZ802大孔吸附树脂的结构单元吗？已经有4人回复
【分享】有机分子结构查询，表面吸附小分子构型不用愁已经有15人回复
求助：vasp结构优化不能收敛已经有18人回复
【求助】vasp为什么采用周期性边界条件（或超原胞模型）来处理原子分子表面体系等，有已经有8人回复
【求助】C60富勒烯笼里面放了一个Fe原子，用Dmol3结构优化不收敛已经有9人回复

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴

1楼 2010-12-13 16:17:55

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

bingmou

金虫 (著名写手)

★ ★
zzy870720z(金币+2):鼓励交流 2010-12-13 22:59:04

如果有图会比较容易理解，你的表面是周期边界条件的吗？边界是指在cell的边界处吗？
按我的理解，在边界处的计算应该和中心计算没有太多的区别，唯一可能的原因就是原子一离开cell就会做一个加法或减法回到cell，这种加法减法可能会导致误差。
顶位的吸附也是一个问题，有可能会有多个暂稳态使得原子在多个暂稳态之间跳跃

赞一下(1人)

回复此楼

2楼2010-12-13 21:09:26

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

引用回帖:

Originally posted by bingmou at 2010-12-13 21:09:26:
如果有图会比较容易理解，你的表面是周期边界条件的吗？边界是指在cell的边界处吗？
按我的理解，在边界处的计算应该和中心计算没有太多的区别，唯一可能的原因就是原子一离开cell就会做一个加法或减法回到cell， ...

是周期性边界条件。你完全明白了我的问题所在。

我的POTIM调到0.1了。是不是可以再调小一点？

赞一下

回复此楼

3楼2010-12-14 09:10:04

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖