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tpp001

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】有人用dl_poly计算过solvation free energy吗?请教几个问题。。 已有5人参与

我用的dl_poly2.20,在手册中提到计算溶剂化能需要进行下面的设定在CONTROL文件中
free
start              
interval            
lambda            
mix                  
system_a      
system_b      
endfre
我的问题是对于system_a 与system_b的设定,我的体系是一个溶质溶解在1000个溶剂中,如果我把system_a 这个设定设为0(就是空着这个),然后再system_b设定为溶质分子,我想问,这样设定,最后计算的自由能是什么自由能,就是有什么物理意义。手册中的例子35中它计算的是DMSO的激发态和基态之间的自由能的不同。所以他在体系中有 DMSO的激发态和基态..可是我计算溶剂化自由能应该怎么设定呢??
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迷茫在知识的海洋里,需要你的指导。thankyou
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meixinqing

金虫 (著名写手)

梅心晴|一只蘑菇

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-02-16 13:07:42
引用回帖:
Originally posted by tpp001 at 2011-02-14 10:40:50:

你好,回家过年刚刚回来,向您请教一下用dlpoly如何设定计算溶剂化能?谢谢。不管您有什么样的想法都可以说一下谢谢。。。

DLPOLY TD integration的input block 大概是酱紫的

×××××××
×××××××
×××××××
...
...
×××××××
×××××××
AAAAAAAAA
AAAAAAAAA
AAAAAAAAA
BBBBBBBBB
BBBBBBBBB
其中××××××是溶剂
A 和B 是两个component
所计算的能量是

interaction between X and A
interaction between X and B
no interaction between A and B

define on FIELD file


我大概理解成这样,基本上问到的东西写上来了,还有就是那个λ的公式,在manual的那一章有
由于诡异的原因msn偶尔上不去,由于众所周知的原因qq基本不登陆,私聊的pmgmail地址加gtalk/*emuch是个很好很和谐的论坛*/
8楼2011-02-15 06:27:51
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zyj8119

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by tpp001 at 2011-01-08 12:30:36:
我用的dl_poly2.20,在手册中提到计算溶剂化能需要进行下面的设定在CONTROL文件中
free
start              
interval            
lambda            
mix                  
system_a      
system_b     ...

这个能量计算出来会有什么提示?
好好学习,天天向上。
2楼2011-01-13 15:46:19
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tpp001

金虫 (著名写手)

★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-02-09 21:12:32
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-01-13 15:46:19:

这个能量计算出来会有什么提示?

在control文件中加入上面的设定会生成一个freeng文件。。
迷茫在知识的海洋里,需要你的指导。thankyou
3楼2011-01-13 20:36:14
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meixinqing

金虫 (著名写手)

梅心晴|一只蘑菇

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-02-05 20:45:54
lz要计算哪2个体系?
貌似是把体系1和体系2分别表达不同的index 如例子里的一样

这个问题我也在关心 正在DLPOLY的workshop,明天跟他他们详细讨论这个问题
由于诡异的原因msn偶尔上不去,由于众所周知的原因qq基本不登陆,私聊的pmgmail地址加gtalk/*emuch是个很好很和谐的论坛*/
4楼2011-02-04 06:06:13
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