应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】请教高手：利用生物信息学对代谢路径的研究，希望提供有价值的思路，重�
211/1返回列表
查看: 2139  |  回复: 20
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 2 个 MicEPI ，点击这里进行查看

qingtingzhe

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】请教高手：利用生物信息学对代谢路径的研究，希望提供有价值的思路，重�

我们对一株菌进行了全基因组测序，想研究这株菌对一种多环芳烃的降解机制，找出关键基因。但现在对这种多环芳烃的降解机制研究的很少，只有在真核中有少数的报道，且研究的很浅。除了应用二维电泳以外，还有别的方法吗？既然全基因组测序了，我想利用这种基因组的优势入手，应用生物信息学方面的技术或别的思路。希望大家可以提供有价值的思路？对有价值的思路重赏
回复此楼

» 收录本帖的淘贴专辑推荐

学习资料

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼2011-04-07 23:31:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
★ ★ ★
scelab(金币+3, EPI+1): 辛苦了~~~ 2011-04-09 22:36:29
qingtingzhe(金币+20): 提供一个思路 2011-04-09 23:02:39
引用回帖:
Originally posted by qingtingzhe at 2011-04-09 11:25:18:
麻烦能给我找一下这几篇文章吗？如能找到，必有重赏！！劳驾了

Nitroaromatic Compounds, from Synthesis to Biodegradation
这个是10年的，我没有权限。


Anaerobic Catabolism of Aromatic Compounds: a Genetic and Genomic View
这个09年的可以免费下载，将近14M，60多页，我就不给你下了。


再往前还有类似综述文章，你可以找找看。

http://mmbr.asm.org/archive/
赞一下(2人) 回复此楼
12楼2011-04-09 21:37:34
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

inhahu

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
scelab(金币+5, EPI+1): good idea 2011-04-10 14:11:07
qingtingzhe(金币+10): 2011-04-10 17:47:34
我个人的思路：一是从代谢产物入手，通过代谢产物的分子结构鉴定，来预测可能的降解途径，预测可能参与降解代谢的酶，再在你的菌株基因组中找到相应的基因。然后通过克隆异源表达，在生化水平上来验证。二是从已报道的降解途径入手，在你的基因组里找到类似的基因，再进行类似的研究。
赞一下(3人) 回复此楼
16楼2011-04-10 12:13:44
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

scelab

荣誉版主 (文坛精英)
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-08 23:50:26
有钱人

看看相关的文献应该有现成的方法
赞一下 回复此楼
2楼2011-04-07 23:41:22
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

刃天青

木虫 (正式写手)
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-08 23:51:06
这方面华东理工有人做
赞一下 回复此楼
3楼2011-04-08 02:37:50
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zemin_fang

木虫 (正式写手)
★ ★
scelab(金币+2): good point 2011-04-08 21:38:25
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-08 23:51:13
使用KEGG进行模拟吧，可能会有帮助
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-04-08 21:13:15
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
qingtingzhe(金币+10): 感觉是个好的思路 2011-04-09 11:23:58
引用回帖:
Originally posted by qingtingzhe at 2011-04-07 23:31:17:
我们对一株菌进行了全基因组测序，想研究这株菌对一种多环芳烃的降解机制，找出关键基因。但现在对这种多环芳烃的降解机制研究的很少，只有在真核中有少数的报道，且研究的很浅。除了应用二维电泳以外，还有别的方 ...

这个研究的真的很少么？

我在MMBR上貌似看到过有两篇综述都是讲这个的，一个较早一个是近几年的。
赞一下 回复此楼
5楼2011-04-08 21:50:37
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wolfebst

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★
scelab(金币+3): 通过基因预测蛋白结构，然后从结构入手讨论功能，很高的idea 2011-04-08 22:59:58
qingtingzhe(金币+2): 2011-04-09 11:26:20
qingtingzhe(金币+3): 2011-04-09 11:32:03
引用回帖:
Originally posted by qingtingzhe at 2011-04-07 23:31:17:
我们对一株菌进行了全基因组测序，想研究这株菌对一种多环芳烃的降解机制，找出关键基因。但现在对这种多环芳烃的降解机制研究的很少，只有在真核中有少数的报道，且研究的很浅。除了应用二维电泳以外，还有别的方 ...

有了基因组不一定代表有了一切
多环芳烃的降解是个很复杂的过程
不知道你是几元环？
降解基因、调控基因、还有转运相关蛋白可能都有影响
所以不是那么好做
KEGG上只有一些目前公认的途径
我觉得是否可以通过基因预测蛋白结构，然后从结构入手讨论功能
然后再用实验证明
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-04-08 22:51:45
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-09 15:27:50
引用回帖:
Originally posted by wolfebst at 2011-04-08 22:51:45:
有了基因组不一定代表有了一切
多环芳烃的降解是个很复杂的过程
不知道你是几元环？
降解基因、调控基因、还有转运相关蛋白可能都有影响
所以不是那么好做
KEGG上只有一些目前公认的途径
我觉得是否可以通 ...

咦，我们多了一位版主啊，刚发现
赞一下 回复此楼
7楼2011-04-08 23:09:19
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

20002504

至尊木虫 (知名作家)
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-09 15:27:57
引用回帖:
Originally posted by wolfebst at 2011-04-08 22:51:45:
有了基因组不一定代表有了一切
多环芳烃的降解是个很复杂的过程
不知道你是几元环？
降解基因、调控基因、还有转运相关蛋白可能都有影响
所以不是那么好做
KEGG上只有一些目前公认的途径
我觉得是否可以通 ...

代谢入手！快，经济。。
回复此楼
8楼2011-04-08 23:13:39
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qingtingzhe

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2011-04-08 21:50:37:
这个研究的真的很少么？

我在MMBR上貌似看到过有两篇综述都是讲这个的，一个较早一个是近几年的。

麻烦能给我找一下这几篇文章吗？如能找到，必有重赏！！劳驾了
赞一下 回复此楼
9楼2011-04-09 11:25:18
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qingtingzhe

银虫 (正式写手)
scelab: 如果经费充足，做2D蛋白吧，MELDI-TOF,貌似比较贵，500块钱一个点。既然全基因组已知，这个方法可行。关键是money，你懂的~~~ 2011-04-09 19:11:01
引用回帖:
Originally posted by wolfebst at 2011-04-08 22:51:45:
有了基因组不一定代表有了一切
多环芳烃的降解是个很复杂的过程
不知道你是几元环？
降解基因、调控基因、还有转运相关蛋白可能都有影响
所以不是那么好做
KEGG上只有一些目前公认的途径
我觉得是否可以通 ...

我们做的是五环的苯并芘。问题的关键是，怎么找到与降解有关的关键基因。我想找到一个或几个关键基因，然后做克隆，表达，敲出。到哪现在相关报道较少，只在真核中，有少数报道。希望能提供个思路。必有重赏！！劳驾了
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2011-04-09 11:31:32
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

永远不知道

至尊木虫 (著名写手)
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-09 23:02:16
呵呵，是啊
回复此楼
11楼2011-04-09 16:58:30
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
qingtingzhe(金币+5): 2011-04-09 23:03:54
qingtingzhe(金币+4): 2011-04-09 23:06:59
引用回帖:
Originally posted by qingtingzhe at 2011-04-09 11:31:32:
我们做的是五环的苯并芘。问题的关键是，怎么找到与降解有关的关键基因。我想找到一个或几个关键基因，然后做克隆，表达，敲出。到哪现在相关报道较少，只在真核中，有少数报道。希望能提供个思路。必有重赏！！ ...

不知道你们组现在有没有生物信息学高手及高配电脑集群，跑全基因组Blast。只要有一两个基因能预测出和降解相关，可以克隆这个基因周围几十kb的基因，这类基因通常都会形成cluster的。
赞一下 回复此楼
13楼2011-04-09 21:46:25
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rainwander

铁杆木虫 (知名作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-10 17:46:17
引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2011-04-09 21:46:25:
不知道你们组现在有没有生物信息学高手及高配电脑集群，跑全基因组Blast。只要有一两个基因能预测出和降解相关，可以克隆这个基因周围几十kb的基因，这类基因通常都会形成cluster的。

我之前的实验室，就为了基因组测序比对，买了个服务器，大家伙嗡嗡的
赞一下(1人) 回复此楼
14楼2011-04-10 00:18:43
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-10 17:46:22
引用回帖:
Originally posted by rainwander at 2011-04-10 00:18:43:
我之前的实验室，就为了基因组测序比对，买了个服务器，大家伙嗡嗡的

我们最近配了台 96核的
赞一下(1人) 回复此楼
15楼2011-04-10 00:21:43
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

腾格里的智慧

银虫 (小有名气)
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-10 17:47:41
这个有些麻烦
回复此楼
17楼2011-04-10 13:01:36
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xia710516

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
scelab(金币+5): 这个方法确实不错 2011-04-10 14:11:57
qingtingzhe(金币+5): 2011-04-10 17:48:21
我认为通过转座子插入技术构建突变体库，然后得到插入标签临近序列，对比你的基因组序列，分析插入位点附近的基因。可能是最简便的方法。
赞一下(2人) 回复此楼
18楼2011-04-10 13:28:54
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

asr

荣誉版主 (知名作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
正在做这方面的，学习一下。
楼主有进展了吗？我也是刚得到基因组，不知道怎么进展呢
赞一下(1人) 回复此楼
19楼2011-05-27 10:45:30
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

RedGene

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
qingtingzhe(金币+2): 2011-06-03 11:12:37
基于基因组分析的工作很多，但是实际上，所谓的生物信息学研究手段很一般，有这方面的文章报道，但是都很笼统，实质上很难说明复杂的代谢系统。
赞一下(1人) 回复此楼
20楼2011-05-31 22:27:42
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

violet.zhou

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
做了全基因组测序可以分析出代谢通路图谱的，你测得公司就可以分析，或者自己利用网上在线数据库分析吧。
赞一下 回复此楼
21楼2012-03-05 10:19:29
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 qingtingzhe 的主题更新
211/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件) SCI英文润色翻译-EnPapers美团队-先修改后付款
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 太卷了 +10 shuigubio 2024-06-17 19/950 2024-06-17 18:48 by 进击的荣耀
[找工作] 药学硕士找不到工作，打算去做科研助理了 +5 pom戴墨镜 2024-06-14 11/550 2024-06-17 17:16 by pom戴墨镜
[考博] 34岁读博士晚吗 +30 emitdne 2024-06-13 30/1500 2024-06-17 17:08 by 白米粒向日葵
[基金申请] 博后面上今天有bug可以看到是否资助？ +22 lyfbangong 2024-06-12 33/1650 2024-06-17 16:17 by carolloo
[硕博家园] 硕博巨婴，也许才刚刚开始 +32 SNaiL1995 2024-06-12 84/4200 2024-06-17 16:04 by 20171214
[基金申请] 2024国社科通讯评审 +11 qsd10086 2024-06-13 21/1050 2024-06-17 15:49 by 张郎才进
[有机交流] 苯酚和炔醇反应，mitsunobu反应 5+3 TONGMEIMEI 2024-06-12 9/450 2024-06-17 15:00 by dschong
[基金申请] 化学会年会改成一年开一次了？ +6 babu2015 2024-06-12 14/700 2024-06-17 14:41 by 我想更懂你29
[论文投稿] 审稿问题：为什么荧光激发波长和紫外吸收波长差的大？ 10+5 sdawege 2024-06-14 9/450 2024-06-17 13:15 by 人族首领
[硕博家园] 博士毕业高校和就业的相关问题 +6 SCITOPPP 2024-06-14 10/500 2024-06-17 10:08 by SCITOPPP
[找工作] 成都产品质量检测研究院 200+3 鲸鱼663 2024-06-11 10/500 2024-06-17 08:31 by yudaoqian88
[教师之家] 每次骚扰女学生的都是院系领导，而不是普通教师，小编们要注意措辞正确 +9 zju2000 2024-06-15 11/550 2024-06-16 14:49 by appleapple2
[找工作] 杭电、天津科技、青农和宁波工程学院如何选？ +11 味道很好啊 2024-06-13 21/1050 2024-06-16 13:57 by wanglongzh
[论文投稿] 投稿时忘记修改一作 +7 gll123456 2024-06-13 11/550 2024-06-15 11:49 by gll123456
[硕博家园] 关于硕博连读的一些疑问？ +4 Lwenter 2024-06-14 4/200 2024-06-14 14:32 by ou0551
[有机交流] ππ堆积会发生在有机溶剂中吗 5+3 zibuyu0420 2024-06-13 4/200 2024-06-14 14:17 by 小肉干
[论文投稿] 最近写了一篇控制优化领域的文章，可以投哪里啊？有没有水一些的期刊推荐 +7 香瓜木香 2024-06-12 13/650 2024-06-14 07:05 by 香瓜木香
[基金申请] 工材E10口函评结束了吗 10+3 我1的飞翔 2024-06-13 5/250 2024-06-14 06:35 by nono2009
[有机交流] 原料反应完了，怎么知道是产物还是中间体 +6 小胡在努力 2024-06-11 8/400 2024-06-13 13:33 by 091602
[基金申请] 博后特助这周出结果吗？往年都是啥时候啊？ +13 jsqy 2024-06-12 17/850 2024-06-12 19:55 by Lynn212
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭