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qingtingzhe

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】请教高手：利用生物信息学对代谢路径的研究，希望提供有价值的思路，重�

我们对一株菌进行了全基因组测序，想研究这株菌对一种多环芳烃的降解机制，找出关键基因。但现在对这种多环芳烃的降解机制研究的很少，只有在真核中有少数的报道，且研究的很浅。除了应用二维电泳以外，还有别的方法吗？既然全基因组测序了，我想利用这种基因组的优势入手，应用生物信息学方面的技术或别的思路。希望大家可以提供有价值的思路？对有价值的思路重赏
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1楼 2011-04-07 23:31:17
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
qingtingzhe(金币+10): 感觉是个好的思路 2011-04-09 11:23:58
引用回帖:
Originally posted by qingtingzhe at 2011-04-07 23:31:17:
我们对一株菌进行了全基因组测序，想研究这株菌对一种多环芳烃的降解机制，找出关键基因。但现在对这种多环芳烃的降解机制研究的很少，只有在真核中有少数的报道，且研究的很浅。除了应用二维电泳以外，还有别的方 ...

这个研究的真的很少么？

我在MMBR上貌似看到过有两篇综述都是讲这个的，一个较早一个是近几年的。
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5楼2011-04-08 21:50:37
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-09 15:27:50
引用回帖:
Originally posted by wolfebst at 2011-04-08 22:51:45:
有了基因组不一定代表有了一切
多环芳烃的降解是个很复杂的过程
不知道你是几元环？
降解基因、调控基因、还有转运相关蛋白可能都有影响
所以不是那么好做
KEGG上只有一些目前公认的途径
我觉得是否可以通 ...

咦，我们多了一位版主啊，刚发现
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7楼2011-04-08 23:09:19
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
★ ★ ★
scelab(金币+3, EPI+1): 辛苦了~~~ 2011-04-09 22:36:29
qingtingzhe(金币+20): 提供一个思路 2011-04-09 23:02:39
引用回帖:
Originally posted by qingtingzhe at 2011-04-09 11:25:18:
麻烦能给我找一下这几篇文章吗？如能找到，必有重赏！！劳驾了

Nitroaromatic Compounds, from Synthesis to Biodegradation
这个是10年的，我没有权限。


Anaerobic Catabolism of Aromatic Compounds: a Genetic and Genomic View
这个09年的可以免费下载，将近14M，60多页，我就不给你下了。


再往前还有类似综述文章，你可以找找看。

http://mmbr.asm.org/archive/
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12楼2011-04-09 21:37:34
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
qingtingzhe(金币+5): 2011-04-09 23:03:54
qingtingzhe(金币+4): 2011-04-09 23:06:59
引用回帖:
Originally posted by qingtingzhe at 2011-04-09 11:31:32:
我们做的是五环的苯并芘。问题的关键是，怎么找到与降解有关的关键基因。我想找到一个或几个关键基因，然后做克隆，表达，敲出。到哪现在相关报道较少，只在真核中，有少数报道。希望能提供个思路。必有重赏！！ ...

不知道你们组现在有没有生物信息学高手及高配电脑集群，跑全基因组Blast。只要有一两个基因能预测出和降解相关，可以克隆这个基因周围几十kb的基因，这类基因通常都会形成cluster的。
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13楼2011-04-09 21:46:25
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-10 17:46:22
引用回帖:
Originally posted by rainwander at 2011-04-10 00:18:43:
我之前的实验室，就为了基因组测序比对，买了个服务器，大家伙嗡嗡的

我们最近配了台 96核的
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15楼2011-04-10 00:21:43
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