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qingtingzhe

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】请教高手：利用生物信息学对代谢路径的研究，希望提供有价值的思路，重�

我们对一株菌进行了全基因组测序，想研究这株菌对一种多环芳烃的降解机制，找出关键基因。但现在对这种多环芳烃的降解机制研究的很少，只有在真核中有少数的报道，且研究的很浅。除了应用二维电泳以外，还有别的方法吗？既然全基因组测序了，我想利用这种基因组的优势入手，应用生物信息学方面的技术或别的思路。希望大家可以提供有价值的思路？对有价值的思路重赏
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1楼 2011-04-07 23:31:17
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
qingtingzhe(金币+5): 2011-04-09 23:03:54
qingtingzhe(金币+4): 2011-04-09 23:06:59
引用回帖:
Originally posted by qingtingzhe at 2011-04-09 11:31:32:
我们做的是五环的苯并芘。问题的关键是，怎么找到与降解有关的关键基因。我想找到一个或几个关键基因，然后做克隆，表达，敲出。到哪现在相关报道较少，只在真核中，有少数报道。希望能提供个思路。必有重赏！！ ...

不知道你们组现在有没有生物信息学高手及高配电脑集群，跑全基因组Blast。只要有一两个基因能预测出和降解相关，可以克隆这个基因周围几十kb的基因，这类基因通常都会形成cluster的。
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13楼2011-04-09 21:46:25
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-08 23:50:26
有钱人

看看相关的文献应该有现成的方法
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2楼2011-04-07 23:41:22
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刃天青

木虫 (正式写手)
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-08 23:51:06
这方面华东理工有人做
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3楼2011-04-08 02:37:50
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zemin_fang

木虫 (正式写手)
★ ★
scelab(金币+2): good point 2011-04-08 21:38:25
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-08 23:51:13
使用KEGG进行模拟吧，可能会有帮助
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-04-08 21:13:15
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