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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】请教高手：利用生物信息学对代谢路径的研究，希望提供有价值的思路，重�
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qingtingzhe

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】请教高手：利用生物信息学对代谢路径的研究，希望提供有价值的思路，重�

我们对一株菌进行了全基因组测序，想研究这株菌对一种多环芳烃的降解机制，找出关键基因。但现在对这种多环芳烃的降解机制研究的很少，只有在真核中有少数的报道，且研究的很浅。除了应用二维电泳以外，还有别的方法吗？既然全基因组测序了，我想利用这种基因组的优势入手，应用生物信息学方面的技术或别的思路。希望大家可以提供有价值的思路？对有价值的思路重赏
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1楼2011-04-07 23:31:17
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
★ ★ ★
scelab(金币+3, EPI+1): 辛苦了~~~ 2011-04-09 22:36:29
qingtingzhe(金币+20): 提供一个思路 2011-04-09 23:02:39
引用回帖:
Originally posted by qingtingzhe at 2011-04-09 11:25:18:
麻烦能给我找一下这几篇文章吗？如能找到，必有重赏！！劳驾了

Nitroaromatic Compounds, from Synthesis to Biodegradation
这个是10年的，我没有权限。


Anaerobic Catabolism of Aromatic Compounds: a Genetic and Genomic View
这个09年的可以免费下载，将近14M，60多页，我就不给你下了。


再往前还有类似综述文章，你可以找找看。

http://mmbr.asm.org/archive/
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12楼2011-04-09 21:37:34
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inhahu

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
scelab(金币+5, EPI+1): good idea 2011-04-10 14:11:07
qingtingzhe(金币+10): 2011-04-10 17:47:34
我个人的思路：一是从代谢产物入手，通过代谢产物的分子结构鉴定，来预测可能的降解途径，预测可能参与降解代谢的酶，再在你的菌株基因组中找到相应的基因。然后通过克隆异源表达，在生化水平上来验证。二是从已报道的降解途径入手，在你的基因组里找到类似的基因，再进行类似的研究。
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16楼2011-04-10 12:13:44
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-08 23:50:26
有钱人

看看相关的文献应该有现成的方法
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2楼2011-04-07 23:41:22
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刃天青

木虫 (正式写手)
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-08 23:51:06
这方面华东理工有人做
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3楼2011-04-08 02:37:50
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zemin_fang

木虫 (正式写手)
★ ★
scelab(金币+2): good point 2011-04-08 21:38:25
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-08 23:51:13
使用KEGG进行模拟吧，可能会有帮助
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4楼2011-04-08 21:13:15
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
qingtingzhe(金币+10): 感觉是个好的思路 2011-04-09 11:23:58
引用回帖:
Originally posted by qingtingzhe at 2011-04-07 23:31:17:
我们对一株菌进行了全基因组测序，想研究这株菌对一种多环芳烃的降解机制，找出关键基因。但现在对这种多环芳烃的降解机制研究的很少，只有在真核中有少数的报道，且研究的很浅。除了应用二维电泳以外，还有别的方 ...

这个研究的真的很少么？

我在MMBR上貌似看到过有两篇综述都是讲这个的，一个较早一个是近几年的。
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5楼2011-04-08 21:50:37
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wolfebst

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★
scelab(金币+3): 通过基因预测蛋白结构，然后从结构入手讨论功能，很高的idea 2011-04-08 22:59:58
qingtingzhe(金币+2): 2011-04-09 11:26:20
qingtingzhe(金币+3): 2011-04-09 11:32:03
引用回帖:
Originally posted by qingtingzhe at 2011-04-07 23:31:17:
我们对一株菌进行了全基因组测序，想研究这株菌对一种多环芳烃的降解机制，找出关键基因。但现在对这种多环芳烃的降解机制研究的很少，只有在真核中有少数的报道，且研究的很浅。除了应用二维电泳以外，还有别的方 ...

有了基因组不一定代表有了一切
多环芳烃的降解是个很复杂的过程
不知道你是几元环？
降解基因、调控基因、还有转运相关蛋白可能都有影响
所以不是那么好做
KEGG上只有一些目前公认的途径
我觉得是否可以通过基因预测蛋白结构，然后从结构入手讨论功能
然后再用实验证明
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6楼2011-04-08 22:51:45
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-09 15:27:50
引用回帖:
Originally posted by wolfebst at 2011-04-08 22:51:45:
有了基因组不一定代表有了一切
多环芳烃的降解是个很复杂的过程
不知道你是几元环？
降解基因、调控基因、还有转运相关蛋白可能都有影响
所以不是那么好做
KEGG上只有一些目前公认的途径
我觉得是否可以通 ...

咦，我们多了一位版主啊，刚发现
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7楼2011-04-08 23:09:19
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20002504

至尊木虫 (知名作家)
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-09 15:27:57
引用回帖:
Originally posted by wolfebst at 2011-04-08 22:51:45:
有了基因组不一定代表有了一切
多环芳烃的降解是个很复杂的过程
不知道你是几元环？
降解基因、调控基因、还有转运相关蛋白可能都有影响
所以不是那么好做
KEGG上只有一些目前公认的途径
我觉得是否可以通 ...

代谢入手！快，经济。。
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8楼2011-04-08 23:13:39
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qingtingzhe

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2011-04-08 21:50:37:
这个研究的真的很少么？

我在MMBR上貌似看到过有两篇综述都是讲这个的，一个较早一个是近几年的。

麻烦能给我找一下这几篇文章吗？如能找到，必有重赏！！劳驾了
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9楼2011-04-09 11:25:18
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qingtingzhe

银虫 (正式写手)
scelab: 如果经费充足，做2D蛋白吧，MELDI-TOF,貌似比较贵，500块钱一个点。既然全基因组已知，这个方法可行。关键是money，你懂的~~~ 2011-04-09 19:11:01
引用回帖:
Originally posted by wolfebst at 2011-04-08 22:51:45:
有了基因组不一定代表有了一切
多环芳烃的降解是个很复杂的过程
不知道你是几元环？
降解基因、调控基因、还有转运相关蛋白可能都有影响
所以不是那么好做
KEGG上只有一些目前公认的途径
我觉得是否可以通 ...

我们做的是五环的苯并芘。问题的关键是，怎么找到与降解有关的关键基因。我想找到一个或几个关键基因，然后做克隆，表达，敲出。到哪现在相关报道较少，只在真核中，有少数报道。希望能提供个思路。必有重赏！！劳驾了
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10楼2011-04-09 11:31:32
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永远不知道

至尊木虫 (著名写手)
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-09 23:02:16
呵呵，是啊
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11楼2011-04-09 16:58:30
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
qingtingzhe(金币+5): 2011-04-09 23:03:54
qingtingzhe(金币+4): 2011-04-09 23:06:59
引用回帖:
Originally posted by qingtingzhe at 2011-04-09 11:31:32:
我们做的是五环的苯并芘。问题的关键是，怎么找到与降解有关的关键基因。我想找到一个或几个关键基因，然后做克隆，表达，敲出。到哪现在相关报道较少，只在真核中，有少数报道。希望能提供个思路。必有重赏！！ ...

不知道你们组现在有没有生物信息学高手及高配电脑集群，跑全基因组Blast。只要有一两个基因能预测出和降解相关，可以克隆这个基因周围几十kb的基因，这类基因通常都会形成cluster的。
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13楼2011-04-09 21:46:25
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rainwander

铁杆木虫 (知名作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-10 17:46:17
引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2011-04-09 21:46:25:
不知道你们组现在有没有生物信息学高手及高配电脑集群，跑全基因组Blast。只要有一两个基因能预测出和降解相关，可以克隆这个基因周围几十kb的基因，这类基因通常都会形成cluster的。

我之前的实验室，就为了基因组测序比对，买了个服务器，大家伙嗡嗡的
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14楼2011-04-10 00:18:43
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-10 17:46:22
引用回帖:
Originally posted by rainwander at 2011-04-10 00:18:43:
我之前的实验室，就为了基因组测序比对，买了个服务器，大家伙嗡嗡的

我们最近配了台 96核的
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15楼2011-04-10 00:21:43
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腾格里的智慧

银虫 (小有名气)
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-10 17:47:41
这个有些麻烦
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17楼2011-04-10 13:01:36
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xia710516

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
scelab(金币+5): 这个方法确实不错 2011-04-10 14:11:57
qingtingzhe(金币+5): 2011-04-10 17:48:21
我认为通过转座子插入技术构建突变体库，然后得到插入标签临近序列，对比你的基因组序列，分析插入位点附近的基因。可能是最简便的方法。
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18楼2011-04-10 13:28:54
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asr

荣誉版主 (知名作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
正在做这方面的，学习一下。
楼主有进展了吗？我也是刚得到基因组，不知道怎么进展呢
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19楼2011-05-27 10:45:30
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RedGene

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
qingtingzhe(金币+2): 2011-06-03 11:12:37
基于基因组分析的工作很多，但是实际上，所谓的生物信息学研究手段很一般，有这方面的文章报道，但是都很笼统，实质上很难说明复杂的代谢系统。
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20楼2011-05-31 22:27:42
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violet.zhou

木虫 (小有名气)
★
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做了全基因组测序可以分析出代谢通路图谱的，你测得公司就可以分析，或者自己利用网上在线数据库分析吧。
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21楼2012-03-05 10:19:29
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