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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】请教高手：利用生物信息学对代谢路径的研究，希望提供有价值的思路，重�
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qingtingzhe

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】请教高手：利用生物信息学对代谢路径的研究，希望提供有价值的思路，重�

我们对一株菌进行了全基因组测序，想研究这株菌对一种多环芳烃的降解机制，找出关键基因。但现在对这种多环芳烃的降解机制研究的很少，只有在真核中有少数的报道，且研究的很浅。除了应用二维电泳以外，还有别的方法吗？既然全基因组测序了，我想利用这种基因组的优势入手，应用生物信息学方面的技术或别的思路。希望大家可以提供有价值的思路？对有价值的思路重赏
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1楼 2011-04-07 23:31:17
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inhahu

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
scelab(金币+5, EPI+1): good idea 2011-04-10 14:11:07
qingtingzhe(金币+10): 2011-04-10 17:47:34
我个人的思路：一是从代谢产物入手，通过代谢产物的分子结构鉴定，来预测可能的降解途径，预测可能参与降解代谢的酶，再在你的菌株基因组中找到相应的基因。然后通过克隆异源表达，在生化水平上来验证。二是从已报道的降解途径入手，在你的基因组里找到类似的基因，再进行类似的研究。
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16楼2011-04-10 12:13:44
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-08 23:50:26
有钱人

看看相关的文献应该有现成的方法
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2楼2011-04-07 23:41:22
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刃天青

木虫 (正式写手)
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-08 23:51:06
这方面华东理工有人做
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3楼2011-04-08 02:37:50
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zemin_fang

木虫 (正式写手)
★ ★
scelab(金币+2): good point 2011-04-08 21:38:25
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-08 23:51:13
使用KEGG进行模拟吧，可能会有帮助
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-04-08 21:13:15
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