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【求助/交流】请教高手:利用生物信息学对代谢路径的研究,希望提供有价值的思路,重�
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qingtingzhe
银虫
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虫号: 1188203
[交流]
【求助/交流】请教高手:利用生物信息学对代谢路径的研究,希望提供有价值的思路,重�
我们对一株菌进行了全基因组测序,想研究这株菌对一种多环芳烃的降解机制,找出关键基因。但现在对这种多环芳烃的降解机制研究的很少,只有在真核中有少数的报道,且研究的很浅。除了应用二维电泳以外,还有别的方法吗?既然全基因组测序了,我想利用这种基因组的优势入手,应用生物信息学方面的技术或别的思路。希望大家可以提供有价值的思路?对有价值的思路重赏
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1楼
2011-04-07 23:31:17
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inhahu
铜虫
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★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币
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):给个红包,谢谢回帖交流
scelab(金币+5, EPI+1): good idea 2011-04-10 14:11:07
qingtingzhe(金币+10): 2011-04-10 17:47:34
我个人的思路:一是从代谢产物入手,通过代谢产物的分子结构鉴定,来预测可能的降解途径,预测可能参与降解代谢的酶,再在你的菌株基因组中找到相应的基因。然后通过克隆异源表达,在生化水平上来验证。二是从已报道的降解途径入手,在你的基因组里找到类似的基因,再进行类似的研究。
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16楼
2011-04-10 12:13:44
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scelab
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qingtingzhe(金币+1): 2011-04-08 23:50:26
有钱人
看看相关的文献应该有现成的方法
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2楼
2011-04-07 23:41:22
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刃天青
木虫
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虫号: 691189
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-08 23:51:06
这方面华东理工有人做
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3楼
2011-04-08 02:37:50
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zemin_fang
木虫
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在线: 79.2小时
虫号: 465566
★ ★
scelab(金币+2): good point 2011-04-08 21:38:25
qingtingzhe(金币+1): 2011-04-08 23:51:13
使用KEGG进行模拟吧,可能会有帮助
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4楼
2011-04-08 21:13:15
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