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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】NAMD: water box时，立方水体的边界该怎样确定？先谢了
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nufang19a

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】NAMD: water box时，立方水体的边界该怎样确定？先谢了 已有3人参与

在生成立方水体时用到的命令是：

package require solvate

solvate ***.psf   ***.pdb -t * -o ***

现在有个问题：

参数-t * 是通知程序如何确定立方水体的个边长。（每个坐标方向上选择坐标最大的那个原子，然后再延伸*A），那么这个-t后的*参数是怎样确定的呢？？望各位高手指点，期待大家的回复，谢谢各位了
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1楼 2010-12-10 09:46:29
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nufang19a

金虫 (正式写手)
自己顶上去，期待回复
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2楼2010-12-10 10:02:02
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zhaoyanfei

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

你可以看下solvate软件包
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以虚养心，以德养身，以仁义养天下万物，以道养天下万世
3楼2011-02-20 14:11:56
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+5): 这个答案比较详细，我一般都用1nm，呵呵 2011-02-21 22:31:07

周期性盒该取多大？

基本原则是，不让你关心的目标（蛋白质）能作用到另一个镜像中的自身，也即盒子尺寸要大于长程作用截断半径+蛋白质尺寸

随着计算机速度的提升，现在又倾向于另一个准则，不让你两个盒子中的目标能同时作用一个水分子，也即盒子尺寸要大于长程作用截断半径*2+蛋白质尺寸
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4楼2011-02-20 22:07:10
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nufang19a

金虫 (正式写手)

谢谢wally8962的关注，谢谢你的提示
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5楼2011-02-21 10:57:59
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