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nufang19a

金虫 (正式写手)


[交流] 【求助】NAMD: water box时,立方水体的边界该怎样确定?先谢了 已有3人参与

在生成立方水体时用到的命令是:

package require solvate

solvate ***.psf   ***.pdb -t * -o ***

现在有个问题:

参数-t * 是通知程序如何确定立方水体的个边长。(每个坐标方向上选择坐标最大的那个原子,然后再延伸*A),那么这个-t后的*参数是怎样确定的呢??望各位高手指点,期待大家的回复,谢谢各位了
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wally8962

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+5): 这个答案比较详细,我一般都用1nm,呵呵 2011-02-21 22:31:07

周期性盒该取多大?

基本原则是,不让你关心的目标(蛋白质)能作用到另一个镜像中的自身,也即盒子尺寸要大于长程作用截断半径+蛋白质尺寸

随着计算机速度的提升,现在又倾向于另一个准则,不让你两个盒子中的目标能同时作用一个水分子,也即盒子尺寸要大于长程作用截断半径*2+蛋白质尺寸
4楼2011-02-20 22:07:10
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nufang19a

金虫 (正式写手)


自己顶上去,期待回复
2楼2010-12-10 10:02:02
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zhaoyanfei

木虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流

你可以看下solvate软件包
以虚养心,以德养身,以仁义养天下万物,以道养天下万世
3楼2011-02-20 14:11:56
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nufang19a

金虫 (正式写手)



谢谢wally8962的关注,谢谢你的提示
5楼2011-02-21 10:57:59
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