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神秘星球

木虫 (正式写手)

应助: 4 (幼儿园)
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[求助] 求助NAMD模拟后的结果如何处理已有2人参与

求助NAMD模拟的结果分析的相关文献，书籍！

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0010

1楼2014-05-10 23:50:27

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915384165

新虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流 2014-05-16 19:50:30

NAMD的结果处理
如果只是通常的计算，NAMD的输出文件一般主要只有两种格式， *.dcd（轨迹文件） *.log （日志文件）
一般我是使用VMD这个软件，来进行结果统计分析。这个软件及使用说明（建议看UG）可以在NAMD官网下载到
VMD包含了一些现成的组件来进行统计分析，当然个人感觉VMD最强大之处在于它的可扩展性，它有一个控制台可以以命令的形式运行自己编写的脚本程序进行统计分析。并且程序提供了很多内置的函数和命令，也可以自己写脚本程序添加。在官网也可以搜索到别人写的一些程序。
下边补充一点关于tcl的信息
Tcl(最早称为“工具命令语言”"Tool Command Language", 是一种脚本语言。由John Ousterhout创建。
简单易学，方便，即使无编程基础也可以很短时间学会。