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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 既然NAMD是模拟多肽的结构，为什么有需要一个pdb文件作为input呢？
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nsaa001

铜虫 (初入文坛)

[求助] 既然NAMD是模拟多肽的结构，为什么有需要一个pdb文件作为input呢？

如题，我是今天才学namd的新手，想模拟一段10个氨基酸的序列的loop，但是在namd教程上看到namd第一步就是需要一个pdb文件，我既然不知道结构就当然不会有pdb文件了，那这是怎么回事呀，求高手解答
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1楼 2013-06-10 21:43:12
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 赞！精辟 2013-06-11 08:25:40
你不知道结构怎么进行模拟？空手套白狼是不行滴。。。你恐怕要先了解一下分子模拟是做什么的
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2楼2013-06-11 01:32:12
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nsaa001

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-06-11 01:32:12
你不知道结构怎么进行模拟？空手套白狼是不行滴。。。你恐怕要先了解一下分子模拟是做什么的

那我能不能在pymol里自己建一个pdb文件来进行模拟呢？求大神详细解释一下
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3楼2013-06-11 02:29:27
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broken1999

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
nsaa001: 金币+2 2013-06-11 15:10:29
NAMD没有建模的功能，它只负责对已有的模型进行力学模拟

pymol可以建模，你可以用它们创造自己的pdb文件

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2013-06-11 10:04:20
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
nsaa001: 金币+3 2013-06-11 15:10:38
引用回帖:
3楼: Originally posted by nsaa001 at 2013-06-11 02:29:27
那我能不能在pymol里自己建一个pdb文件来进行模拟呢？求大神详细解释一下...

当然可以  可以画PDB文件的软件有很多
CHEMOFFICE也可以   MS也可以
如果你要模拟的分子常见的话，也可以在蛋白质数据库里面下载
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5楼2013-06-11 14:15:59
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