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nsaa001

铜虫 (初入文坛)

[求助] 既然NAMD是模拟多肽的结构,为什么有需要一个pdb文件作为input呢?

如题,我是今天才学namd的新手,想模拟一段10个氨基酸的序列的loop,但是在namd教程上看到namd第一步就是需要一个pdb文件,我既然不知道结构就当然不会有pdb文件了,那这是怎么回事呀,求高手解答
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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jiaoyixiong: 金币+2, 赞!精辟 2013-06-11 08:25:40
你不知道结构怎么进行模拟?空手套白狼是不行滴。。。你恐怕要先了解一下分子模拟是做什么的
2楼2013-06-11 01:32:12
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nsaa001

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-06-11 01:32:12
你不知道结构怎么进行模拟?空手套白狼是不行滴。。。你恐怕要先了解一下分子模拟是做什么的

那我能不能在pymol里自己建一个pdb文件来进行模拟呢?求大神详细解释一下
3楼2013-06-11 02:29:27
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broken1999

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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nsaa001: 金币+2 2013-06-11 15:10:29
NAMD没有建模的功能,它只负责对已有的模型进行力学模拟

pymol可以建模,你可以用它们创造自己的pdb文件

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2013-06-11 10:04:20
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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nsaa001: 金币+3 2013-06-11 15:10:38
引用回帖:
3楼: Originally posted by nsaa001 at 2013-06-11 02:29:27
那我能不能在pymol里自己建一个pdb文件来进行模拟呢?求大神详细解释一下...

当然可以  可以画PDB文件的软件有很多
CHEMOFFICE也可以   MS也可以
如果你要模拟的分子常见的话,也可以在蛋白质数据库里面下载
5楼2013-06-11 14:15:59
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