24小时热门版块排行榜    

查看: 2462  |  回复: 6

windtalker168

铁虫 (小有名气)

[求助] 输入多肽一级序列,输出三级结构pdb文件的软件?

大家好!
我想做Docking。体系是:七肽+蛋白质。蛋白质三级结构已知,但还没有七肽的pdb文件并且这样的七肽序列有多条(1000+)。请问如何有什么软件或者方法,输入多肽序列就能输出对应的三级结构pdb文件?最好是能够用命令行或者批处理的形式输出pdb文件。谢谢!

[ Last edited by windtalker168 on 2011-4-20 at 11:39 ]
回复此楼
战胜自我最难
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

windtalker168

铁虫 (小有名气)

第一次发贴,不知道详情,金币给少了。哪位知道怎样追回吗?
战胜自我最难
2楼2011-04-20 11:42:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cy0010

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-21 17:11:19
windtalker168(金币+1): 能说下swiss-model步骤吗? PS:金币只能追加<=1个,不知道怎么回事? 2011-04-22 00:56:24
最简单的方法是SWISS-MODEL,在网站输入一级序列,自动生成模型!呵呵这是最简单的方法,或者使用DS等软件,但操作都很复杂
3楼2011-04-21 15:58:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qustwq

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-05-10 10:23:26
你得弄清楚:
1.你在PDB数据库能不能查到你的7肽的?如果能查到直接下载使用。
2.如果你的7肽还没有被解析就需要你同源建模来构建了。至于你说的输入序列得出结果,得到的都是很粗略的。想要用来做对接,你的7肽要自己好好搭建才行!
4楼2011-05-10 09:13:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

科妍

新虫 (初入文坛)

你好,请问一下你的问题解决了吗?我也遇到了同样的问题,不知如何是好啊!谢谢
5楼2014-05-26 17:13:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kku6666

金虫 (初入文坛)

我也遇到了类似的问题,想知道多肽的三级结构,pdb上没有对应的文件,是自己合成的杂合肽。想知道怎么才能得到多肽的三级结构,以及有没有分析多肽的软件或网站,万分感谢!
6楼2015-04-04 17:06:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


单纯序列出结构这个用很多软件都可以,pymol,modeller等,但是二级结构你能够确定吗? 螺旋或者折叠凳
7楼2015-04-07 09:26:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 windtalker168 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料求调剂 +5 @taotao 2026-03-21 5/250 2026-03-21 20:55 by lbsjt
[考研] 求调剂 +4 要好好无聊 2026-03-21 4/200 2026-03-21 18:57 by 学员8dgXkO
[考研] 材料工程专硕 348分求调剂 +3 冬辞. 2026-03-17 5/250 2026-03-21 18:47 by 学员8dgXkO
[考研] 297求调剂 +3 喜欢还是不甘心 2026-03-20 3/150 2026-03-21 18:33 by 学员8dgXkO
[考研] 317求调剂 +9 申子申申 2026-03-19 15/750 2026-03-21 17:31 by 学员8dgXkO
[考研] 材料 271求调剂 +5 展信悦_ 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:29 by 学员8dgXkO
[考研] 初始318分求调剂(有工作经验) +3 1911236844 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:33 by JourneyLucky
[考研] 二本跨考郑大材料306英一数二 +3 z1z2z3879 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:29 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 Ma_xt 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:05 by JourneyLucky
[考研] 一志愿 西北大学 ,070300化学学硕,总分287,双非一本,求调剂。 +4 晨昏线与星海 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:15 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工 322求调剂 +4 然11 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:12 by luoyongfeng
[考研] 一志愿西南交通 专硕 材料355 本科双非 求调剂 +5 西南交通专材355 2026-03-19 5/250 2026-03-20 21:10 by JourneyLucky
[考研] 319求调剂 +3 小力气珂珂 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:47 by JourneyLucky
[考研] 一志愿南理工085701环境302求调剂院校 +3 葵梓卫队 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:28 by zhukairuo
[考研] 085600材料与化工求调剂 +6 绪幸与子 2026-03-17 6/300 2026-03-19 13:27 by houyaoxu
[考研] 328求调剂,英语六级551,有科研经历 +4 生物工程调剂 2026-03-16 12/600 2026-03-19 11:10 by 生物工程调剂
[硕博家园] 湖北工业大学 生命科学与健康学院-课题组招收2026级食品/生物方向硕士 +3 1喜春8 2026-03-17 5/250 2026-03-17 17:18 by ber川cool子
[考研] 一志愿南京大学,080500材料科学与工程,调剂 +4 Jy? 2026-03-16 4/200 2026-03-17 11:02 by gaoqiong
[考研] 一志愿211 0703方向310分求调剂 +3 努力奋斗112 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:44 by houyaoxu
[考研] 070303 总分349求调剂 +3 LJY9966 2026-03-15 5/250 2026-03-16 14:24 by xwxstudy
信息提示
请填处理意见