24小时热门版块排行榜    

查看: 2449  |  回复: 6

windtalker168

铁虫 (小有名气)

[求助] 输入多肽一级序列,输出三级结构pdb文件的软件?

大家好!
我想做Docking。体系是:七肽+蛋白质。蛋白质三级结构已知,但还没有七肽的pdb文件并且这样的七肽序列有多条(1000+)。请问如何有什么软件或者方法,输入多肽序列就能输出对应的三级结构pdb文件?最好是能够用命令行或者批处理的形式输出pdb文件。谢谢!

[ Last edited by windtalker168 on 2011-4-20 at 11:39 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

战胜自我最难
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

windtalker168

铁虫 (小有名气)

第一次发贴,不知道详情,金币给少了。哪位知道怎样追回吗?
战胜自我最难
2楼2011-04-20 11:42:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cy0010

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-21 17:11:19
windtalker168(金币+1): 能说下swiss-model步骤吗? PS:金币只能追加<=1个,不知道怎么回事? 2011-04-22 00:56:24
最简单的方法是SWISS-MODEL,在网站输入一级序列,自动生成模型!呵呵这是最简单的方法,或者使用DS等软件,但操作都很复杂
3楼2011-04-21 15:58:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qustwq

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-05-10 10:23:26
你得弄清楚:
1.你在PDB数据库能不能查到你的7肽的?如果能查到直接下载使用。
2.如果你的7肽还没有被解析就需要你同源建模来构建了。至于你说的输入序列得出结果,得到的都是很粗略的。想要用来做对接,你的7肽要自己好好搭建才行!
4楼2011-05-10 09:13:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

科妍

新虫 (初入文坛)

你好,请问一下你的问题解决了吗?我也遇到了同样的问题,不知如何是好啊!谢谢
5楼2014-05-26 17:13:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kku6666

金虫 (初入文坛)

我也遇到了类似的问题,想知道多肽的三级结构,pdb上没有对应的文件,是自己合成的杂合肽。想知道怎么才能得到多肽的三级结构,以及有没有分析多肽的软件或网站,万分感谢!
6楼2015-04-04 17:06:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


单纯序列出结构这个用很多软件都可以,pymol,modeller等,但是二级结构你能够确定吗? 螺旋或者折叠凳
7楼2015-04-07 09:26:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 windtalker168 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 272求调剂 +6 材紫有化 2026-02-28 6/300 2026-03-01 18:58 by 18137688336
[考研] 0856材料求调剂 +11 hyf hyf hyf 2026-02-28 12/600 2026-03-01 18:57 by 18137688336
[考研] 材料类求调剂 +10 wana_kiko 2026-02-28 11/550 2026-03-01 18:11 by 海嵙Y
[考研] 高分子化学与物理调剂 +6 好好好1233 2026-02-28 11/550 2026-03-01 17:47 by 好好好1233
[考研] 化工专硕348,一志愿985求调剂 +5 弗格个 2026-02-28 8/400 2026-03-01 17:25 by sunny81
[考研] 290求调剂 +9 材料专硕调剂; 2026-02-28 11/550 2026-03-01 17:21 by sunny81
[考研] 321求调剂一志愿东北林业大学材料与化工英二数二 +4 虫虫虫虫虫7 2026-03-01 7/350 2026-03-01 16:52 by caszguilin
[考研] 0856材料求调剂 +4 麻辣鱿鱼 2026-02-28 4/200 2026-03-01 16:51 by caszguilin
[考研] 材料学硕318求调剂 +8 February_Feb 2026-03-01 10/500 2026-03-01 16:48 by sunny81
[基金申请] 刚录用,没有期刊号,但是在线可看的论文可以放为代表作吗 10+3 arang1 2026-03-01 3/150 2026-03-01 16:43 by babero
[考研] 材料化工调剂 +9 今夏不夏 2026-03-01 10/500 2026-03-01 16:01 by hmn_wj
[考研] 311求调剂 +6 亭亭亭01 2026-03-01 6/300 2026-03-01 15:41 by 324616
[考研] 材料工程274求调剂 +3 Lilithan 2026-03-01 3/150 2026-03-01 14:58 by ms629
[考研] 303求调剂 +4 今夏不夏 2026-03-01 4/200 2026-03-01 14:46 by 嘟嘟小浣熊
[考研] 求调剂 +6 repeatt?t 2026-02-28 6/300 2026-03-01 14:37 by Sakura绘
[考研] 材料284求调剂,一志愿郑州大学英一数二专硕 +10 想上岸的土拨鼠 2026-02-28 10/500 2026-03-01 14:12 by yc258
[考研] 化工299分求调剂 一志愿985落榜 +4 嘻嘻(*^ω^*) 2026-03-01 4/200 2026-03-01 13:15 by wang_dand
[考研] 317一志愿华南理工电气工程求调剂 +6 Soliloquy_Q 2026-02-28 11/550 2026-03-01 11:14 by 歌liekkas
[硕博家园] 2025届双非化工硕士毕业,申博 +3 更多的是 2026-02-27 4/200 2026-03-01 10:04 by ztg729
[硕博家园] 博士自荐 +6 科研狗111 2026-02-26 10/500 2026-03-01 10:02 by 科研狗111
信息提示
请填处理意见