| 查看: 1669 | 回复: 5 | |||
[交流]
【求助】请教如何生成非天然序列的pdb用于zdock 已有3人参与
|
|
我的分子是一个非天然序列的多肽， 序列中的2个Ser的侧链被一个CH2CH2连起来了，结构如下（原始的序列是ASGFAASG）。 现在我用chemdraw画出了这个分子的结构，再保存成pdb文件，准备用DS做refinement。但是DS只能把这个分子当做小分子处理，不能用蛋白模块的refinement，也不能用ZDOCk去对接靶点蛋白。 用DS产生的多肽序列又不能做侧链的修饰！ 请大家帮帮我解决这个问题，怎样生成一个这样的非天然多肽的pdb文件，DS又可以把它当蛋白处理，可以做结构的refinement和ZDOCK。 非常感谢大家的帮助！  |
回复此楼» 猜你喜欢
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有123人回复
-
今天基金会出结果吗？20260819
已经有13人回复
-
时间戳变了，能看出什么问题？
已经有16人回复
-
filecode，4个jtjc了
已经有13人回复
-
为什么余额宝的年化利率越来越低？主要原因有哪些？
已经有5人回复
-
今天放榜没戏了吧
已经有5人回复
-
今天放榜吗？
已经有15人回复
-
filecode=后面第一个是大写字母
已经有12人回复
-
2027广东省杰青
已经有10人回复
-
朋友圈看到的
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请教Elsevier期刊但非SCI的问题
已经有4人回复
- 【原创非首发】天使在哪里
已经有19人回复
- PVA用作陶瓷造粒时的粘结剂的制备
已经有33人回复
- 关于鼓励应助的奖励办法征集意见
已经有13人回复
- 堇青石的生成温度
已经有7人回复
- 请教各位如何降低混凝土中的气孔含量
已经有11人回复
- 金属表面陶瓷涂层起泡是什么原因？
已经有31人回复
- 【求助】BaTiO3,K0.5Na0.5NbO3, (Bi0.5K0.5)TiO3三种材料的介电常数
已经有10人回复
2楼2010-06-13 08:28:55
tjegg
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 6869.3
- 红花: 16
- 帖子: 2615
- 在线: 448小时
- 虫号: 338983
- 注册: 2007-04-05
- 性别: GG
- 专业: 抗肿瘤药物药理
3楼2010-06-13 16:27:47
|
谢谢2l的建议！ 但是我在实际操作的时候还是遇到了麻烦： 我是这样做的， 我把Ser2和Ser7的羟基H都变成了CH2，这样在做refinement的时候只要指定这两个新的CH2的间距为一般的CH2CH2距离就可以了。 但是在做refinement - Additional restriction时，选择Residue （Ser2）- Atom 下拉框中没有新生成的CH2中的C，这样就没法指定CH2CH2距离了，从而也没法做refinement了。 我想是不是可以直接定义一个天然氨基酸如下，但是我又不知道怎么在DS中定义新的非天然氨基酸，请问你知道吗？ 谢谢！  [ Last edited by zeeffe on 2010-6-13 at 18:43 ] |
4楼2010-06-13 18:39:31
5楼2010-06-13 18:42:52
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-13 21:10:13
zeeffe(金币+5): 2010-06-13 22:33:32
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-13 21:10:13
zeeffe(金币+5): 2010-06-13 22:33:32
6楼2010-06-13 20:48:07
