| 查看: 1362 | 回复: 5 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【求助】请教如何生成非天然序列的pdb用于zdock已有3人参与
|
|||
|
我的分子是一个非天然序列的多肽， 序列中的2个Ser的侧链被一个CH2CH2连起来了，结构如下（原始的序列是ASGFAASG）。 现在我用chemdraw画出了这个分子的结构，再保存成pdb文件，准备用DS做refinement。但是DS只能把这个分子当做小分子处理，不能用蛋白模块的refinement，也不能用ZDOCk去对接靶点蛋白。 用DS产生的多肽序列又不能做侧链的修饰！ 请大家帮帮我解决这个问题，怎样生成一个这样的非天然多肽的pdb文件，DS又可以把它当蛋白处理，可以做结构的refinement和ZDOCK。 非常感谢大家的帮助！  |
回复此楼» 猜你喜欢
请问哪里可以有青B申请的本子可以借鉴一下。
已经有4人回复
-
真诚求助：手里的省社科项目结项要求主持人一篇中文核心，有什么渠道能发核心吗
已经有6人回复
-
孩子确诊有中度注意力缺陷
已经有14人回复
-
三甲基碘化亚砜的氧化反应
已经有4人回复
-
请问下大家为什么这个铃木偶联几乎不反应呢
已经有5人回复
-
请问有评职称，把科研教学业绩算分排序的高校吗
已经有5人回复
-
2025冷门绝学什么时候出结果
已经有3人回复
-
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入
已经有4人回复
-
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生
已经有6人回复
-
AI论文写作工具：是科研加速器还是学术作弊器？
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
请教Elsevier期刊但非SCI的问题
已经有4人回复- 【原创非首发】天使在哪里
已经有19人回复
- PVA用作陶瓷造粒时的粘结剂的制备
已经有33人回复
- 关于鼓励应助的奖励办法征集意见
已经有13人回复
- 堇青石的生成温度
已经有7人回复
- 请教各位如何降低混凝土中的气孔含量
已经有11人回复
- 金属表面陶瓷涂层起泡是什么原因？
已经有31人回复
- 【求助】BaTiO3,K0.5Na0.5NbO3, (Bi0.5K0.5)TiO3三种材料的介电常数
已经有10人回复
|
谢谢2l的建议！ 但是我在实际操作的时候还是遇到了麻烦： 我是这样做的， 我把Ser2和Ser7的羟基H都变成了CH2，这样在做refinement的时候只要指定这两个新的CH2的间距为一般的CH2CH2距离就可以了。 但是在做refinement - Additional restriction时，选择Residue （Ser2）- Atom 下拉框中没有新生成的CH2中的C，这样就没法指定CH2CH2距离了，从而也没法做refinement了。 我想是不是可以直接定义一个天然氨基酸如下，但是我又不知道怎么在DS中定义新的非天然氨基酸，请问你知道吗？ 谢谢！  [ Last edited by zeeffe on 2010-6-13 at 18:43 ] |
4楼2010-06-13 18:39:31
5楼2010-06-13 18:42:52