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【求助】请教如何生成非天然序列的pdb用于zdock已有3人参与
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我的分子是一个非天然序列的多肽， 序列中的2个Ser的侧链被一个CH2CH2连起来了，结构如下（原始的序列是ASGFAASG）。 现在我用chemdraw画出了这个分子的结构，再保存成pdb文件，准备用DS做refinement。但是DS只能把这个分子当做小分子处理，不能用蛋白模块的refinement，也不能用ZDOCk去对接靶点蛋白。 用DS产生的多肽序列又不能做侧链的修饰！ 请大家帮帮我解决这个问题，怎样生成一个这样的非天然多肽的pdb文件，DS又可以把它当蛋白处理，可以做结构的refinement和ZDOCK。 非常感谢大家的帮助！  |
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2楼2010-06-13 08:28:55
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-13 21:10:13
zeeffe(金币+5): 2010-06-13 22:33:32
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-13 21:10:13
zeeffe(金币+5): 2010-06-13 22:33:32
6楼2010-06-13 20:48:07