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【求助】请教如何生成非天然序列的pdb用于zdock已有3人参与
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我的分子是一个非天然序列的多肽， 序列中的2个Ser的侧链被一个CH2CH2连起来了，结构如下（原始的序列是ASGFAASG）。 现在我用chemdraw画出了这个分子的结构，再保存成pdb文件，准备用DS做refinement。但是DS只能把这个分子当做小分子处理，不能用蛋白模块的refinement，也不能用ZDOCk去对接靶点蛋白。 用DS产生的多肽序列又不能做侧链的修饰！ 请大家帮帮我解决这个问题，怎样生成一个这样的非天然多肽的pdb文件，DS又可以把它当蛋白处理，可以做结构的refinement和ZDOCK。 非常感谢大家的帮助！  |
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5楼2010-06-13 18:42:52
2楼2010-06-13 08:28:55
tjegg
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 6869.3
- 红花: 16
- 帖子: 2615
- 在线: 448小时
- 虫号: 338983
- 注册: 2007-04-05
- 性别: GG
- 专业: 抗肿瘤药物药理
3楼2010-06-13 16:27:47
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谢谢2l的建议！ 但是我在实际操作的时候还是遇到了麻烦： 我是这样做的， 我把Ser2和Ser7的羟基H都变成了CH2，这样在做refinement的时候只要指定这两个新的CH2的间距为一般的CH2CH2距离就可以了。 但是在做refinement - Additional restriction时，选择Residue （Ser2）- Atom 下拉框中没有新生成的CH2中的C，这样就没法指定CH2CH2距离了，从而也没法做refinement了。 我想是不是可以直接定义一个天然氨基酸如下，但是我又不知道怎么在DS中定义新的非天然氨基酸，请问你知道吗？ 谢谢！  [ Last edited by zeeffe on 2010-6-13 at 18:43 ] |
4楼2010-06-13 18:39:31