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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 输入多肽一级序列，输出三级结构pdb文件的软件？
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windtalker168

铁虫 (小有名气)

[求助] 输入多肽一级序列，输出三级结构pdb文件的软件？

大家好！
我想做Docking。体系是：七肽+蛋白质。蛋白质三级结构已知，但还没有七肽的pdb文件并且这样的七肽序列有多条(1000+)。请问如何有什么软件或者方法，输入多肽序列就能输出对应的三级结构pdb文件？最好是能够用命令行或者批处理的形式输出pdb文件。谢谢！

[ Last edited by windtalker168 on 2011-4-20 at 11:39 ]
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战胜自我最难
1楼 2011-04-20 11:36:41
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windtalker168

铁虫 (小有名气)
第一次发贴，不知道详情，金币给少了。哪位知道怎样追回吗？
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战胜自我最难
2楼2011-04-20 11:42:03
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cy0010

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-21 17:11:19
windtalker168(金币+1): 能说下swiss-model步骤吗？ PS：金币只能追加<=1个，不知道怎么回事？ 2011-04-22 00:56:24
最简单的方法是SWISS-MODEL,在网站输入一级序列,自动生成模型!呵呵这是最简单的方法,或者使用DS等软件,但操作都很复杂
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3楼2011-04-21 15:58:09
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qustwq

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-05-10 10:23:26
你得弄清楚：
1.你在PDB数据库能不能查到你的7肽的？如果能查到直接下载使用。
2.如果你的7肽还没有被解析就需要你同源建模来构建了。至于你说的输入序列得出结果，得到的都是很粗略的。想要用来做对接，你的7肽要自己好好搭建才行！
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4楼2011-05-10 09:13:28
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科妍

新虫 (初入文坛)
你好，请问一下你的问题解决了吗？我也遇到了同样的问题，不知如何是好啊！谢谢
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5楼2014-05-26 17:13:16
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kku6666

金虫 (初入文坛)
我也遇到了类似的问题，想知道多肽的三级结构，pdb上没有对应的文件，是自己合成的杂合肽。想知道怎么才能得到多肽的三级结构，以及有没有分析多肽的软件或网站，万分感谢！
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6楼2015-04-04 17:06:03
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)
单纯序列出结构这个用很多软件都可以，pymol，modeller等，但是二级结构你能够确定吗？ 螺旋或者折叠凳
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7楼2015-04-07 09:26:34
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