应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 输入多肽一级序列，输出三级结构pdb文件的软件？
51/1返回列表
查看: 2415  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

windtalker168

铁虫 (小有名气)

[求助] 输入多肽一级序列，输出三级结构pdb文件的软件？

大家好！
我想做Docking。体系是：七肽+蛋白质。蛋白质三级结构已知，但还没有七肽的pdb文件并且这样的七肽序列有多条(1000+)。请问如何有什么软件或者方法，输入多肽序列就能输出对应的三级结构pdb文件？最好是能够用命令行或者批处理的形式输出pdb文件。谢谢！

[ Last edited by windtalker168 on 2011-4-20 at 11:39 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
战胜自我最难
1楼 2011-04-20 11:36:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qustwq

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-05-10 10:23:26
你得弄清楚：
1.你在PDB数据库能不能查到你的7肽的？如果能查到直接下载使用。
2.如果你的7肽还没有被解析就需要你同源建模来构建了。至于你说的输入序列得出结果，得到的都是很粗略的。想要用来做对接，你的7肽要自己好好搭建才行！
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-05-10 09:13:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

windtalker168

铁虫 (小有名气)
第一次发贴，不知道详情，金币给少了。哪位知道怎样追回吗？
赞一下 回复此楼
战胜自我最难
2楼2011-04-20 11:42:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cy0010

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-21 17:11:19
windtalker168(金币+1): 能说下swiss-model步骤吗？ PS：金币只能追加<=1个，不知道怎么回事？ 2011-04-22 00:56:24
最简单的方法是SWISS-MODEL,在网站输入一级序列,自动生成模型!呵呵这是最简单的方法,或者使用DS等软件,但操作都很复杂
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-04-21 15:58:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

科妍

新虫 (初入文坛)
你好，请问一下你的问题解决了吗？我也遇到了同样的问题，不知如何是好啊！谢谢
赞一下 回复此楼
5楼2014-05-26 17:13:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 7/350 2026-02-08 07:46 by vs90ilomwc
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 8/400 2026-02-08 07:32 by vs90ilomwc
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 8/400 2026-02-08 07:27 by vs90ilomwc
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 8/400 2026-02-08 07:26 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 8/400 2026-02-08 07:07 by vs90ilomwc
[硕博家园] 博士延得我，科研能力直往上蹿 +8 偏振片 2026-02-02 8/400 2026-02-08 06:52 by liyeqik
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 5lbyq5wrhb 2026-02-07 3/150 2026-02-08 03:05 by vs90ilomwc
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 5lbyq5wrhb 2026-02-07 3/150 2026-02-08 02:52 by vs90ilomwc
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 3rkserf6qr 2026-02-07 4/200 2026-02-08 02:45 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 3rkserf6qr 2026-02-07 3/150 2026-02-08 02:32 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +5 2h7du0nuhk 2026-02-07 5/250 2026-02-08 02:27 by vs90ilomwc
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +5 2h7du0nuhk 2026-02-07 5/250 2026-02-08 02:25 by vs90ilomwc
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 6/300 2026-02-08 02:07 by vs90ilomwc
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 6/300 2026-02-08 02:05 by vs90ilomwc
[有机交流] 酰胺脱乙酰基 10+5 chibby 2026-02-03 12/600 2026-02-07 19:29 by 江东闲人
[基金申请] 同年申请2项不同项目，第1个项目里不写第2个项目的信息，可以吗 +4 hitsdu 2026-02-06 4/200 2026-02-07 13:07 by jurkat.1640
[考博] 天津大学招2026.09的博士生，欢迎大家推荐交流（博导是本人） +4 a793625982 2026-02-05 5/250 2026-02-07 10:57 by a793625982
[公派出国] CSC & MSCA 博洛尼亚大学能源材料课题组博士/博士后招生｜MSCA经费充足、排名优 +4 雨念 2026-02-01 6/300 2026-02-06 23:32 by MelissaPon
[基金申请] 面上项目申报 +3 Tide man 2026-02-01 3/150 2026-02-05 22:56 by god_tian
[教师之家] 遇见不省心的家人很难过 +18 otani 2026-02-03 22/1100 2026-02-04 11:06 by tangmnt
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭