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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » pdb文件中加入氢原子
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liuyusuc

禁虫 (正式写手)
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1楼 2011-10-18 15:33:48
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abdoman

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-10-18 20:18:07
gaussview 可以自动加氢。
但是氨基酸残基加氢感觉是按照溶液状态的加的。
比如，ARG自动加氢会带一个正电，而GLU 会有2个羰基负离子。
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Youcompleteme.
2楼2011-10-18 16:17:59
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abdoman

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-10-20 09:38:18
纠正一下：GLU 会带有2个羧酸根。
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Youcompleteme.
3楼2011-10-18 16:18:32
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liuyusuc

禁虫 (正式写手)
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4楼2011-10-18 16:27:23
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liuyusuc

禁虫 (正式写手)
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5楼2011-10-18 16:29:48
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liuyusuc

禁虫 (正式写手)
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6楼2011-10-18 16:31:26
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-10-20 09:38:32
个人感觉，pdb文件中缺少的氢原子可以用很多途径来加上。图形化可视界面的DS以及AMBER都可以实现的。
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努力的生活着
7楼2011-10-18 21:58:08
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abdoman

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
liuyusuc(金币+2): 感谢您的帮助！ 2011-10-19 21:15:13
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-10-20 09:38:42
引用回帖:
5楼: Originally posted by liuyusuc at 2011-10-18 16:29:48:
怎么出现乱码了呢。我是想要问一下这种加氢的操作可以使用Gromacs实现吗？

你既然有这种“特殊要求”。可以直接google啊
我不懂gromacs。
但是
http://manual.gromacs.org/online/pdb2gmx.html
这个貌似可以！
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Youcompleteme.
8楼2011-10-19 17:07:43
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