24小时热门版块排行榜    

查看: 1386  |  回复: 4

nsaa001

铜虫 (初入文坛)

[求助] 既然NAMD是模拟多肽的结构,为什么有需要一个pdb文件作为input呢?

如题,我是今天才学namd的新手,想模拟一段10个氨基酸的序列的loop,但是在namd教程上看到namd第一步就是需要一个pdb文件,我既然不知道结构就当然不会有pdb文件了,那这是怎么回事呀,求高手解答
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 赞!精辟 2013-06-11 08:25:40
你不知道结构怎么进行模拟?空手套白狼是不行滴。。。你恐怕要先了解一下分子模拟是做什么的
2楼2013-06-11 01:32:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nsaa001

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-06-11 01:32:12
你不知道结构怎么进行模拟?空手套白狼是不行滴。。。你恐怕要先了解一下分子模拟是做什么的

那我能不能在pymol里自己建一个pdb文件来进行模拟呢?求大神详细解释一下
3楼2013-06-11 02:29:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

broken1999

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
nsaa001: 金币+2 2013-06-11 15:10:29
NAMD没有建模的功能,它只负责对已有的模型进行力学模拟

pymol可以建模,你可以用它们创造自己的pdb文件

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2013-06-11 10:04:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
nsaa001: 金币+3 2013-06-11 15:10:38
引用回帖:
3楼: Originally posted by nsaa001 at 2013-06-11 02:29:27
那我能不能在pymol里自己建一个pdb文件来进行模拟呢?求大神详细解释一下...

当然可以  可以画PDB文件的软件有很多
CHEMOFFICE也可以   MS也可以
如果你要模拟的分子常见的话,也可以在蛋白质数据库里面下载
5楼2013-06-11 14:15:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 nsaa001 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 4/200 2026-08-30 02:09 by ZPa0EcMwuECS
[博后之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 01:47 by ZPa0EcMwuECS
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 7/350 2026-08-30 01:36 by ZPa0EcMwuECS
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 01:03 by ZPa0EcMwuECS
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +16 爱看书的可乐 2026-08-26 18/900 2026-08-30 00:59 by winsaint
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 12/600 2026-08-30 00:31 by ZPa0EcMwuECS
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 3/150 2026-08-29 23:14 by ZPa0EcMwuECS
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 9/450 2026-08-29 09:59 by jklily
[教师之家] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-29 09:26 by G6APbkg8SA6w
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 明天应该可查了!? +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
信息提示
请填处理意见