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NAMD跑动力学模拟的标准流程 已有1人参与
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本人刚刚开始接触NAMD，老师让跑一个蛋白， 看了NAMD的教程，有些还是不是很清楚，关键参数的设计，如溶剂化的边界大小设置， 配置文件的设置等，小弟在此请大侠们给个你们跑动力学的流程 蛋白大约有600个氨基酸残基。 主要 pdb文件的处理：怎样保留金属离子而去掉水分子 溶剂化：溶剂化边界大小如何设定 配置文件：配置文件－样本 先谢谢啦 |
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3楼2014-04-08 10:56:50
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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-08 18:59:03
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4楼2014-04-08 10:58:23