应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » NAMD跑动力学模拟的标准流程
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
41/1返回列表
查看: 1155  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

supertype

捐助贵宾 (初入文坛)

[求助] NAMD跑动力学模拟的标准流程 已有1人参与

本人刚刚开始接触NAMD，老师让跑一个蛋白，
看了NAMD的教程，有些还是不是很清楚，关键参数的设计，如溶剂化的边界大小设置，
配置文件的设置等，小弟在此请大侠们给个你们跑动力学的流程 蛋白大约有600个氨基酸残基。

主要
pdb文件的处理：怎样保留金属离子而去掉水分子
溶剂化：溶剂化边界大小如何设定
配置文件：配置文件－样本

先谢谢啦
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-04-08 10:09:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-08 18:58:50
传说中的NAMD ，官网上就有好多好详细的教程资料，
why not go and read them
赞一下 回复此楼
2楼2014-04-08 10:43:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

supertype

捐助贵宾 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2014-04-08 10:43:34
传说中的NAMD ，官网上就有好多好详细的教程资料，
why not go and read them

官网的教程tutorial在学习中，但是里面提到说有些参数设置需要自己调整，咋个整没说。所以想找个配置文件的样本（大侠自己跑的配置）
溶剂化选择 球形和立方体 如何选择 等等的问题
赞一下 回复此楼
3楼2014-04-08 10:56:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smutao

禁虫 (著名写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-08 18:59:03
本帖内容被屏蔽
4楼2014-04-08 10:58:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 supertype 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂 一志愿西南交通大学085701环境工程 282分 +9 多多爱吃汉堡 2026-04-04 9/450 2026-04-06 14:14 by lqwchd
[考研] 265求调剂 +7 小木虫085600 2026-04-06 7/350 2026-04-06 14:12 by 蒋皓禹
[考研] 285求调剂 +12 哦呦呼o 2026-04-04 12/600 2026-04-06 09:48 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿 江南大学 085602 化工专硕 338分求调剂 +15 路痴小琪 2026-04-05 15/750 2026-04-06 09:27 by cql1109
[考研] 环境285分，过六级，求调剂 +10 xhr12 2026-04-02 10/500 2026-04-04 21:53 by bn53987
[考研] 301求调剂 +18 骆驼男人 2026-04-02 18/900 2026-04-04 20:33 by 蓝云思雨
[考研] 277工科求调剂 +7 1915668 2026-04-04 7/350 2026-04-04 17:21 by 啊俊！
[考研] 22408，264求调剂 +3 ywh729 2026-04-03 4/200 2026-04-04 11:04 by ywh729
[考研] 本9一志愿2 0854低分专硕286求调剂 +9 芒种111 2026-04-04 9/450 2026-04-04 11:01 by tangruihua
[考研] 考研调剂 +3 15615482637 2026-04-03 3/150 2026-04-03 22:50 by ms629
[考研] 工科 267求调剂 +5 wanwan00 2026-04-02 7/350 2026-04-03 14:14 by zhangdingwa
[考研] 266分，一志愿电气工程，本科材料，求材料专业调剂 +9 哇呼哼呼哼 2026-04-02 9/450 2026-04-03 12:05 by 1753564080
[考研] 330求调剂 +3 白神呜呼呼 2026-04-02 3/150 2026-04-03 10:15 by 蓝云思雨
[考研] 262求调剂 +6 励志一定发文章 2026-04-02 7/350 2026-04-03 09:54 by linyelide
[考研] 362求调剂 +14 西南交材料专硕3 2026-03-31 14/700 2026-04-02 17:50 by yunlongyang
[考研] 一志愿北京科技大学材料学硕328分求调剂 +6 1段时间 2026-03-31 7/350 2026-04-02 13:57 by 3041
[考研] 0856初试324分求调剂 +6 想上学求调 2026-04-01 6/300 2026-04-02 11:42 by 星空星月
[考研] 302求调剂一志愿北航070300，本科郑大化学 +8 圣日耳曼条 2026-04-01 11/550 2026-04-02 07:40 by chemdavid
[考研] 求调剂 +4 DADA怪 2026-03-31 4/200 2026-04-01 14:30 by ZXlzxl0425
[考研] 江苏苏北高校诚邀调剂同学 +3 zzll406 2026-03-31 3/150 2026-03-31 16:54 by 及时行乐fan
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭