应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » NAMD跑动力学模拟的标准流程
41/1返回列表
查看: 1309  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

supertype

捐助贵宾 (初入文坛)

[求助] NAMD跑动力学模拟的标准流程 已有1人参与

本人刚刚开始接触NAMD，老师让跑一个蛋白，
看了NAMD的教程，有些还是不是很清楚，关键参数的设计，如溶剂化的边界大小设置，
配置文件的设置等，小弟在此请大侠们给个你们跑动力学的流程 蛋白大约有600个氨基酸残基。

主要
pdb文件的处理：怎样保留金属离子而去掉水分子
溶剂化：溶剂化边界大小如何设定
配置文件：配置文件－样本

先谢谢啦
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-04-08 10:09:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-08 18:58:50
传说中的NAMD ，官网上就有好多好详细的教程资料，
why not go and read them
赞一下 回复此楼
2楼2014-04-08 10:43:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

supertype

捐助贵宾 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2014-04-08 10:43:34
传说中的NAMD ，官网上就有好多好详细的教程资料，
why not go and read them

官网的教程tutorial在学习中，但是里面提到说有些参数设置需要自己调整，咋个整没说。所以想找个配置文件的样本（大侠自己跑的配置）
溶剂化选择 球形和立方体 如何选择 等等的问题
赞一下 回复此楼
3楼2014-04-08 10:56:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smutao

禁虫 (著名写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-08 18:59:03
本帖内容被屏蔽
4楼2014-04-08 10:58:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 supertype 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 TZqyNTBa07NP 2026-11-13 4/200 2026-11-15 14:11 by 0aDbZAghdVq9
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 TZqyNTBa07NP 2026-11-13 3/150 2026-11-15 11:36 by xSrQNSSjcgoX
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 TZqyNTBa07NP 2026-11-13 3/150 2026-11-15 11:14 by xSrQNSSjcgoX
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 TZqyNTBa07NP 2026-11-13 3/150 2026-11-15 10:19 by xSrQNSSjcgoX
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 TZqyNTBa07NP 2026-11-13 3/150 2026-11-15 09:46 by xSrQNSSjcgoX
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 SX5mJmPWDfOO 2026-11-13 3/150 2026-11-15 08:40 by xSrQNSSjcgoX
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 XJXMuRjD7cK7 2026-11-13 4/200 2026-11-15 06:50 by xSrQNSSjcgoX
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 XJXMuRjD7cK7 2026-11-13 3/150 2026-11-15 05:22 by xSrQNSSjcgoX
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 FChKX8meu1ds 2026-11-09 8/400 2026-11-14 22:04 by Equinoxhua
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 7/350 2026-11-14 21:58 by Equinoxhua
[考博] 27博士 +6 锦鲤送福至 2026-11-10 6/300 2026-11-14 21:23 by xupeii
[考博] 27博士申请 +5 白白白ly 2026-11-09 5/250 2026-11-13 05:01 by wlf1982
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 12:48 by ECLTXnJnRSXf
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-11 5/250 2026-11-12 11:44 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +7 czAiolzR0IJC 2026-11-10 9/450 2026-11-12 11:00 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:27 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 8/400 2026-11-12 10:16 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 08:15 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 6/300 2026-11-12 07:09 by 9fOTqj074tIg
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 9/450 2026-11-12 04:57 by 9fOTqj074tIg
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭