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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » NAMD跑动力学模拟的标准流程
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supertype

捐助贵宾 (初入文坛)

[求助] NAMD跑动力学模拟的标准流程 已有1人参与

本人刚刚开始接触NAMD，老师让跑一个蛋白，
看了NAMD的教程，有些还是不是很清楚，关键参数的设计，如溶剂化的边界大小设置，
配置文件的设置等，小弟在此请大侠们给个你们跑动力学的流程 蛋白大约有600个氨基酸残基。

主要
pdb文件的处理：怎样保留金属离子而去掉水分子
溶剂化：溶剂化边界大小如何设定
配置文件：配置文件－样本

先谢谢啦
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1楼 2014-04-08 10:09:30
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smutao

禁虫 (著名写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-08 18:59:03
本帖内容被屏蔽
4楼2014-04-08 10:58:23
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-08 18:58:50
传说中的NAMD ，官网上就有好多好详细的教程资料，
why not go and read them
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2楼2014-04-08 10:43:34
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supertype

捐助贵宾 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2014-04-08 10:43:34
传说中的NAMD ，官网上就有好多好详细的教程资料，
why not go and read them

官网的教程tutorial在学习中，但是里面提到说有些参数设置需要自己调整，咋个整没说。所以想找个配置文件的样本（大侠自己跑的配置）
溶剂化选择 球形和立方体 如何选择 等等的问题
赞一下 回复此楼
3楼2014-04-08 10:56:50
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