±±¾©Ê¯ÓÍ»¯¹¤Ñ§Ôº2026ÄêÑо¿ÉúÕÐÉú½ÓÊÕµ÷¼Á¹«¸æ
²é¿´: 955  |  »Ø¸´: 6

±±Ä¾

гæ (СÓÐÃûÆø)

[ÇóÖú] gromacs Ä£ÄâÔÆÄ¸Óöµ½µÄÎÊÌâ

ÎÒ½¨µÄÄ£ÐÍ»ùµ×ÉÏÓõÄÔÆÄ¸ÀïÃæÓÐAlºÍK£¬ÎÒÓõÄÊÇffG43a2Á¦³¡¡£Éú³ÉtopÎļþʱ£¬ÎÒÔÚÁ¦³¡ÎļþÀïдÉÏÁËAlµÄ²ÎÊý£¬µ«ÊÇKµÄ²»ÖªµÀ¸ÃÔõô°ì£¿
ÎÒ°ÑKÈ¥µôÉú³ÉµÄtopÎļþ£¬°ÑKµ¥¶ÀдÁËitpÎļþ£¬²»ÖªµÀÕâÑù»áÓÐʲôӰÏ죿
ÕâÑù×öÁË£¬ÓÖÓÐÁíÍâµÄÎÊÌâÁË£¬Åܶ¯Á¦Ñ§Ê±³öÏÖAlµÄÔ­×ÓÀàÐͲ»ÄÜʶ±ð¡£¡£¡£Ôõô°ìÄØ£¿
ÇóÖ¸µã¡£¡£¡£¡£Ð»Ð»À²£¡

10.jpg



100.jpg
»Ø¸´´ËÂ¥

» ÊÕ¼±¾ÌûµÄÌÔÌûר¼­ÍƼö

Gromacs

» ²ÂÄãϲ»¶

» ±¾Ö÷ÌâÏà¹Ø¼ÛÖµÌùÍÆ¼ö£¬¶ÔÄúͬÑùÓаïÖú:

ÒÑÔÄ   »Ø¸´´ËÂ¥   ¹Ø×¢TA ¸øTA·¢ÏûÏ¢ ËÍTAºì»¨ TAµÄ»ØÌû

±±Ä¾

гæ (СÓÐÃûÆø)

°¥£¬×Ô¼º¶¥Ò»Ï°ɣ¡ÎÒ¾õµÃÊÇgromacsµÄÁ¦³¡ÎļþÖÐûÓÐдÉÏAl£¬Õâ¸öÎÊÌâÔõô½â¾öÄØ£¿À´¸ö¸ßÈËÖ¸µãһϰɡ£¡£¡£
2Â¥2012-12-25 14:57:11
ÒÑÔÄ   »Ø¸´´ËÂ¥   ¹Ø×¢TA ¸øTA·¢ÏûÏ¢ ËÍTAºì»¨ TAµÄ»ØÌû

jiaoyixiong

ÈÙÓþ°æÖ÷ (Ö°Òµ×÷¼Ò)

¡¾´ð°¸¡¿Ó¦Öú»ØÌû

¡ï ¡ï
¸Ðл²ÎÓ룬ӦÖúÖ¸Êý +1
chaizhm: ½ð±Ò+2, лл~ 2012-12-27 09:38:30
ÒýÓûØÌû:
2Â¥: Originally posted by ±±Ä¾ at 2012-12-25 14:57:11
°¥£¬×Ô¼º¶¥Ò»Ï°ɣ¡ÎÒ¾õµÃÊÇgromacsµÄÁ¦³¡ÎļþÖÐûÓÐдÉÏAl£¬Õâ¸öÎÊÌâÔõô½â¾öÄØ£¿À´¸ö¸ßÈËÖ¸µãһϰɡ£¡£¡£

Äã²»ÊÇ˵ÁËÂ¡°Á¦³¡ÎļþÖÐûÓÐдÉÏAl¡±
£¬Òª½â¾ö£¬ÔÚÁ¦³¡ÎļþÖÐÌí¼ÓÉÏALµÄ²ÎÊýß¡£

¾ßÌå²Î¿¼ÊÖ²áÀï ITP ÎļþµÄ¸ñʽдß¡£
3Â¥2012-12-25 16:54:06
ÒÑÔÄ   »Ø¸´´ËÂ¥   ¹Ø×¢TA ¸øTA·¢ÏûÏ¢ ËÍTAºì»¨ TAµÄ»ØÌû

±±Ä¾

гæ (СÓÐÃûÆø)

ÒýÓûØÌû:
3Â¥: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-25 16:54:06
Äã²»ÊÇ˵ÁËÂ¡°Á¦³¡ÎļþÖÐûÓÐдÉÏAl¡±
£¬Òª½â¾ö£¬ÔÚÁ¦³¡ÎļþÖÐÌí¼ÓÉÏALµÄ²ÎÊýß¡£

¾ßÌå²Î¿¼ÊÖ²áÀï ITP ÎļþµÄ¸ñʽдß¡£...

дÁË£¬µ«ÊDz»Ê¶±ð£¬»¹ÊÇÅܲ»Á˶¯Á¦Ñ§£¬¿ÉÄÜÊÇÎÒдµÄAlµÄÔ­×ÓÀàÐͲ»¶Ô£¬µ«ÊÇÓ¦¸Ãд³Éʲô£¬ÎÒ²»ÖªµÀ¡£¡£¡£
4Â¥2012-12-26 08:38:22
ÒÑÔÄ   »Ø¸´´ËÂ¥   ¹Ø×¢TA ¸øTA·¢ÏûÏ¢ ËÍTAºì»¨ TAµÄ»ØÌû

jiaoyixiong

ÈÙÓþ°æÖ÷ (Ö°Òµ×÷¼Ò)

¡¾´ð°¸¡¿Ó¦Öú»ØÌû

¡°¿ÉÄÜÊÇÎÒдµÄAlµÄÔ­×ÓÀàÐͲ»¶Ô£¬µ«ÊÇÓ¦¸Ãд³Éʲô£¬ÎÒ²»ÖªµÀ¡£¡£¡£¡±
you may need to read the manual  about "itp files " very carefully, and then you will know how to ?

here is a example of a al2o3 nanopore I made long long ago, you can write yourowns.
best wishes!



[moleculetype]
; molname         nrexcl
al2o3Nanopore                1

[atoms]
;        id        type        resnr        residu        atom        cgnr        charge                mass
        1        OAL        1        ALO        O8        1        -1.05                15.9994
        2        OAL        1        ALO        O9        2        -1.05                15.9994
        3        OAL        1        ALO        O10        3        -1.05                15.9994
        4        AL        1        ALO        AL7        4        1.601296                26.9815
        5        OAL        1        ALO        O2        5        -1.05                15.9994
        6        OAL        1        ALO        O13        6        -1.05                15.9994
        7        OAL        1        ALO        O14        7        -1.05                15.9994
        8        OAL        1        ALO        O15        8        -1.05                15.9994
        9        AL        1        ALO        AL7        9        1.601296                26.9815
       
        ¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£
        ¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£
        ¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£
        ¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£


        20052        AL        1        ALO        AL7        20052        1.601296                26.9815
        20053        AL        1        ALO        AL8        20053        1.601296                26.9815
        20054        AL        1        ALO        AL9        20054        1.601296                26.9815
        20055        AL        1        ALO        AL10        20055        1.601296                26.9815
        20056        OAL        1        ALO        O1        20056        -1.05                15.9994
        20057        OAL        1        ALO        O2        20057        -1.05                15.9994
        20058        OAL        1        ALO        O3        20058        -1.05                15.9994
        20059        AL        1        ALO        AL1        20059        1.601296                26.9815
        20060        AL        1        ALO        AL2        20060        1.601296                26.9815
        20061        AL        1        ALO        AL3        20061        1.601296                26.9815
        20062        AL        1        ALO        AL4        20062        1.601296                26.9815
        20063        AL        1        ALO        AL5        20063        1.601296                26.9815
        20064        AL        1        ALO        AL6        20064        1.601296                26.9815
       
[bonds]
;         i         j         funct         length        force.c.
        1        4        1        0.186        512.1
        1        1807        1        0.197        512.1
        2        9        1        0.186        512.1
        2        1807        1        0.197        512.1
        3        1807        1        0.197        512.1
        4        1791        1        0.197        512.1
        4        1792        1        0.197        512.1
        5        13        1        0.186        512.1
        5        1815        1        0.197        512.1
        6        9        1        0.186        512.1
        6        1845        1        0.197        512.1
        7        22        1        0.186        512.1
        7        1845        1        0.197        512.1
        8        1845        1        0.197        512.1
        9        12        1        0.186        512.1
        ¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£
        ¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£
        ¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£
        ¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£¡£

        20045        20054        1        0.197        512.1
        20045        20055        1        0.197        512.1
        20049        20057        1        0.186        512.1
        20050        20058        1        0.186        512.1
        20051        20056        1        0.186        512.1
        20056        20059        1        0.197        512.1
        20056        20060        1        0.197        512.1
        20057        20064        1        0.197        512.1
        20058        20062        1        0.186        512.1
       
[angles]
;        i         j         k         funct         angle         force.c.
5Â¥2012-12-26 21:17:05
ÒÑÔÄ   »Ø¸´´ËÂ¥   ¹Ø×¢TA ¸øTA·¢ÏûÏ¢ ËÍTAºì»¨ TAµÄ»ØÌû

±±Ä¾

гæ (СÓÐÃûÆø)

ÒýÓûØÌû:
5Â¥: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-26 21:17:05
¡°¿ÉÄÜÊÇÎÒдµÄAlµÄÔ­×ÓÀàÐͲ»¶Ô£¬µ«ÊÇÓ¦¸Ãд³Éʲô£¬ÎÒ²»ÖªµÀ¡£¡£¡£¡±
you may need to read the manual  about "itp files " very carefully, and then you will know how to ?

here is a example  ...

лл
6Â¥2012-12-27 15:20:37
ÒÑÔÄ   »Ø¸´´ËÂ¥   ¹Ø×¢TA ¸øTA·¢ÏûÏ¢ ËÍTAºì»¨ TAµÄ»ØÌû

lockey-s

гæ (СÓÐÃûÆø)

ÇóÎÊÂ¥Ö÷µÄÎÊÌâ½â¾öÁËÂð£¿
7Â¥2017-09-20 04:47:07
ÒÑÔÄ   »Ø¸´´ËÂ¥   ¹Ø×¢TA ¸øTA·¢ÏûÏ¢ ËÍTAºì»¨ TAµÄ»ØÌû
Ïà¹Ø°æ¿éÌø×ª ÎÒÒª¶©ÔÄÂ¥Ö÷ ±±Ä¾ µÄÖ÷Ìâ¸üÐÂ
×î¾ßÈËÆøÈÈÌûÍÆ¼ö [²é¿´È«²¿] ×÷Õß »Ø/¿´ ×îºó·¢±í
[¿¼ÑÐ] ²ÄÁÏ¿ÆÑ§Ó빤³Ì320Çóµ÷¼Á£¬080500 +6 »Æ¹ÏζÊíÆ¬ 2026-04-06 6/300 2026-04-06 19:44 by lijunpoly
[¿¼ÑÐ] 385·Ö ÉúÎïѧ£¨071000£©Çóµ÷¼Á +12 qf626 2026-04-01 12/600 2026-04-06 17:36 by 52305043001
[¿¼ÑÐ] Ò»Ö¾Ô¸ÉúÎïÓëÒ½Ò©£¬296·Ö£¬Çóµ÷¼Á +10 66¹ 2026-04-03 12/600 2026-04-06 12:53 by Ѫ¼öÐùÔ¯123
[¿¼ÑÐ] 08600ÉúÎïÓëÒ½Ò©-327 +8 18755400796 2026-04-05 8/400 2026-04-06 11:59 by lijunpoly
[¿¼ÑÐ] ¼ÆËã»ú11408£¬286·ÖÇóµ÷¼Á +7 ľ×ÓÄî•„ 2026-04-05 7/350 2026-04-05 19:02 by chy09050039
[¿¼ÑÐ] 280Çóµ÷¼Á +4 Àîrien 2026-04-04 4/200 2026-04-05 18:44 by imissbao
[¿¼ÑÐ] Çóµ÷¼Áµ½0856²ÄÁϹ¤³Ì +3 ³Ì9915 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:15 by À¶ÔÆË¼Óê
[¿¼ÑÐ] ²ÄÁÏר˶306Ó¢Ò»Êý¶þ +8 z1z2z3879 2026-03-31 8/400 2026-04-04 22:08 by hemengdong
[¿¼ÑÐ] 319Çóµ÷¼Á +4 ÐÇÐDz»Õ£ÑÛà¶ 2026-04-03 4/200 2026-04-04 16:25 by ÖзÉÔº¿Õ¹ÜѧԺÑ
[¿¼ÑÐ] 26µ÷¼Á 086003 +6 ʧ»îµÄϸ°û 2026-04-04 6/300 2026-04-04 09:50 by zhangdingwa
[¿¼ÑÐ] 326·ÖÇóµ÷¼Á +3 ÓÚÊǺõÄØ 2026-04-01 5/250 2026-04-03 14:23 by ÓÚÊǺõÄØ
[¿¼ÑÐ] Çóµ÷¼Á +9 akdhjs 2026-03-31 11/550 2026-04-03 13:32 by akdhjs
[¿¼ÑÐ] Ò»Ö¾Ô¸¸´µ©²ÄÁÏ£¬Ó¢Ò»×¨Ë¶£¬×Ü·Ö357µ÷¼Á +4 1050389037 2026-04-02 5/250 2026-04-02 21:40 by dongzh2009
[¿¼ÑÐ] 293Çóµ÷¼Á +4 çæçæÀÖ 2026-04-02 4/200 2026-04-02 20:10 by 6781022
[¿¼ÑÐ] 318Çóµ÷¼Á£¬¼ÆËã²ÄÁÏ·½Ïò +10 Îüß÷Óк¦óÏÃü 2026-04-01 11/550 2026-04-02 16:29 by oooqiao
[¿¼ÑÐ] 348»·¾³¹¤³Ìµ÷¼Á +3 ÎâÑå׿24k 2026-04-01 3/150 2026-04-02 09:14 by nanaliuyun
[¿¼ÑÐ] 379Çóµ÷¼Á +3 ?¿à¹Ï²»¿à 2026-04-01 3/150 2026-04-01 20:09 by ÄºÔÆÇ庮
[¿¼ÑÐ] 349Çóµ÷¼Á +6 ³ÔµÄ²»ÉÙ 2026-04-01 6/300 2026-04-01 17:55 by JYD2011
[¿¼ÑÐ] 080500-315·Ö¸´ÊÔµ÷¼Á +9 Éϰ¶3821 2026-03-31 9/450 2026-03-31 17:29 by ÌÆãå¶ù
[¿¼ÑÐ] 313Çóµ÷¼Á +6 Âô¸ö¹Ø×Ó°É 2026-03-31 6/300 2026-03-31 10:58 by Jaylen.
ÐÅÏ¢Ìáʾ
ÇëÌî´¦ÀíÒâ¼û