应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs 模拟云母遇到的问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
71/1返回列表
查看: 956  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

北木

新虫 (小有名气)

[求助] gromacs 模拟云母遇到的问题

我建的模型基底上用的云母里面有Al和K，我用的是ffG43a2力场。生成top文件时，我在力场文件里写上了Al的参数，但是K的不知道该怎么办？
我把K去掉生成的top文件，把K单独写了itp文件，不知道这样会有什么影响？
这样做了，又有另外的问题了，跑动力学时出现Al的原子类型不能识别。。。怎么办呢？
求指点。。。。谢谢啦！

10.jpg



100.jpg
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-12-24 17:26:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

北木

新虫 (小有名气)
哎，自己顶一下吧！我觉得是gromacs的力场文件中没有写上Al，这个问题怎么解决呢？来个高人指点一下吧。。。
赞一下 回复此楼
2楼2012-12-25 14:57:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-12-27 09:38:30
引用回帖:
2楼: Originally posted by 北木 at 2012-12-25 14:57:11
哎，自己顶一下吧！我觉得是gromacs的力场文件中没有写上Al，这个问题怎么解决呢？来个高人指点一下吧。。。

你不是说了嘛，“力场文件中没有写上Al”
，要解决，在力场文件中添加上AL的参数呗。

具体参考手册里 ITP 文件的格式写呗。
赞一下 回复此楼
3楼2012-12-25 16:54:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

北木

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-25 16:54:06
你不是说了嘛，“力场文件中没有写上Al”
，要解决，在力场文件中添加上AL的参数呗。

具体参考手册里 ITP 文件的格式写呗。...

写了，但是不识别，还是跑不了动力学，可能是我写的Al的原子类型不对，但是应该写成什么，我不知道。。。
赞一下 回复此楼
4楼2012-12-26 08:38:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

“可能是我写的Al的原子类型不对，但是应该写成什么，我不知道。。。”
you may need to read the manual  about "itp files " very carefully, and then you will know how to ?

here is a example of a al2o3 nanopore I made long long ago, you can write yourowns.
best wishes!



[moleculetype]
; molname         nrexcl
al2o3Nanopore                1

[atoms]
;        id        type        resnr        residu        atom        cgnr        charge                mass
        1        OAL        1        ALO        O8        1        -1.05                15.9994
        2        OAL        1        ALO        O9        2        -1.05                15.9994
        3        OAL        1        ALO        O10        3        -1.05                15.9994
        4        AL        1        ALO        AL7        4        1.601296                26.9815
        5        OAL        1        ALO        O2        5        -1.05                15.9994
        6        OAL        1        ALO        O13        6        -1.05                15.9994
        7        OAL        1        ALO        O14        7        -1.05                15.9994
        8        OAL        1        ALO        O15        8        -1.05                15.9994
        9        AL        1        ALO        AL7        9        1.601296                26.9815
       
        。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
        。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
        。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
        。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。


        20052        AL        1        ALO        AL7        20052        1.601296                26.9815
        20053        AL        1        ALO        AL8        20053        1.601296                26.9815
        20054        AL        1        ALO        AL9        20054        1.601296                26.9815
        20055        AL        1        ALO        AL10        20055        1.601296                26.9815
        20056        OAL        1        ALO        O1        20056        -1.05                15.9994
        20057        OAL        1        ALO        O2        20057        -1.05                15.9994
        20058        OAL        1        ALO        O3        20058        -1.05                15.9994
        20059        AL        1        ALO        AL1        20059        1.601296                26.9815
        20060        AL        1        ALO        AL2        20060        1.601296                26.9815
        20061        AL        1        ALO        AL3        20061        1.601296                26.9815
        20062        AL        1        ALO        AL4        20062        1.601296                26.9815
        20063        AL        1        ALO        AL5        20063        1.601296                26.9815
        20064        AL        1        ALO        AL6        20064        1.601296                26.9815
       
[bonds]
;         i         j         funct         length        force.c.
        1        4        1        0.186        512.1
        1        1807        1        0.197        512.1
        2        9        1        0.186        512.1
        2        1807        1        0.197        512.1
        3        1807        1        0.197        512.1
        4        1791        1        0.197        512.1
        4        1792        1        0.197        512.1
        5        13        1        0.186        512.1
        5        1815        1        0.197        512.1
        6        9        1        0.186        512.1
        6        1845        1        0.197        512.1
        7        22        1        0.186        512.1
        7        1845        1        0.197        512.1
        8        1845        1        0.197        512.1
        9        12        1        0.186        512.1
        。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
        。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
        。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
        。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。

        20045        20054        1        0.197        512.1
        20045        20055        1        0.197        512.1
        20049        20057        1        0.186        512.1
        20050        20058        1        0.186        512.1
        20051        20056        1        0.186        512.1
        20056        20059        1        0.197        512.1
        20056        20060        1        0.197        512.1
        20057        20064        1        0.197        512.1
        20058        20062        1        0.186        512.1
       
[angles]
;        i         j         k         funct         angle         force.c.
赞一下 回复此楼
5楼2012-12-26 21:17:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

北木

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-26 21:17:05
“可能是我写的Al的原子类型不对，但是应该写成什么，我不知道。。。”
you may need to read the manual  about "itp files " very carefully, and then you will know how to ?

here is a example  ...

谢谢
回复此楼
6楼2012-12-27 15:20:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lockey-s

新虫 (小有名气)
求问楼主的问题解决了吗？
赞一下 回复此楼
7楼2017-09-20 04:47:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 北木 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿生物与医药，296分，求调剂 +11 66鹿 2026-04-03 13/650 2026-04-06 21:45 by 52305043001
[考研] 机械专硕274求调剂，不挑专业学校 +6 泛泛2333 2026-04-05 8/400 2026-04-06 18:06 by 泛泛2333
[考研] 318求调剂 +12 ykyhsa 2026-04-05 14/700 2026-04-06 17:46 by fuyu_
[考研] 求助071001调剂！！！ +4 黄守松 2026-04-05 5/250 2026-04-06 10:55 by 1028907439
[考研] 262求调剂 +7 天下第一文 2026-04-04 8/400 2026-04-05 21:31 by 激流勇渡
[考研] 083200 333求调剂 +3 十二！！ 2026-04-04 3/150 2026-04-05 08:28 by barlinike
[考研] 283求调剂 +10 A child 2026-04-04 10/500 2026-04-05 08:22 by qlm5820
[考研] 324求调剂 +9 想上学求调 2026-04-03 9/450 2026-04-04 23:57 by 果冻大王
[考研] 求生物学学硕调剂——364分 +7 云朵遛弯指南 2026-04-04 7/350 2026-04-04 22:49 by zhyzzh
[考研] 11408,335分，本科211，求调剂，可转专业 +5 鳄梨大鳄鱼 2026-04-03 5/250 2026-04-04 22:49 by chongya
[考研] 材料科学与工程考研 +10 拯救皮特托先生 2026-04-02 10/500 2026-04-03 23:57 by userper
[考研] 考研求调剂 +3 木心想继续深造 2026-04-03 3/150 2026-04-03 21:56 by 啵啵啵0119
[考研] 一志愿重庆大学085404，总分314分，求调剂 +4 zf83hn 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:25 by 啵啵啵0119
[硕博家园] 求老师收留 +9 lllq123 2026-04-03 9/450 2026-04-03 13:48 by 呼吸都是减肥
[考研] 数一英一285求调剂 +7 AZMK 2026-04-03 9/450 2026-04-03 13:03 by ms629
[考研] 土木水利328分求调剂 +6 疾风知劲草666 2026-04-02 6/300 2026-04-03 11:38 by znian
[考研] 调剂 +7 祉岷. 2026-04-02 7/350 2026-04-03 09:11 by 花呗还欠600
[考博] 申博求助 +3 Reee1Llll 2026-04-01 3/150 2026-04-02 22:29 by 这是一个无聊的�
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-03-31 11/550 2026-04-01 11:35 by wangjy2002
[考研] 335求调剂 +3 321* 2026-03-31 4/200 2026-04-01 00:00 by 321*
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭