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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs 模拟云母遇到的问题
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北木

新虫 (小有名气)

[求助] gromacs 模拟云母遇到的问题

我建的模型基底上用的云母里面有Al和K，我用的是ffG43a2力场。生成top文件时，我在力场文件里写上了Al的参数，但是K的不知道该怎么办？
我把K去掉生成的top文件，把K单独写了itp文件，不知道这样会有什么影响？
这样做了，又有另外的问题了，跑动力学时出现Al的原子类型不能识别。。。怎么办呢？
求指点。。。。谢谢啦！

10.jpg



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1楼 2012-12-24 17:26:45
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北木

新虫 (小有名气)
哎，自己顶一下吧！我觉得是gromacs的力场文件中没有写上Al，这个问题怎么解决呢？来个高人指点一下吧。。。
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2楼2012-12-25 14:57:11
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-12-27 09:38:30
引用回帖:
2楼: Originally posted by 北木 at 2012-12-25 14:57:11
哎，自己顶一下吧！我觉得是gromacs的力场文件中没有写上Al，这个问题怎么解决呢？来个高人指点一下吧。。。

你不是说了嘛，“力场文件中没有写上Al”
，要解决，在力场文件中添加上AL的参数呗。

具体参考手册里 ITP 文件的格式写呗。
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3楼2012-12-25 16:54:06
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北木

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-25 16:54:06
你不是说了嘛，“力场文件中没有写上Al”
，要解决，在力场文件中添加上AL的参数呗。

具体参考手册里 ITP 文件的格式写呗。...

写了，但是不识别，还是跑不了动力学，可能是我写的Al的原子类型不对，但是应该写成什么，我不知道。。。
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4楼2012-12-26 08:38:22
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

“可能是我写的Al的原子类型不对，但是应该写成什么，我不知道。。。”
you may need to read the manual  about "itp files " very carefully, and then you will know how to ?

here is a example of a al2o3 nanopore I made long long ago, you can write yourowns.
best wishes!



[moleculetype]
; molname         nrexcl
al2o3Nanopore                1

[atoms]
;        id        type        resnr        residu        atom        cgnr        charge                mass
        1        OAL        1        ALO        O8        1        -1.05                15.9994
        2        OAL        1        ALO        O9        2        -1.05                15.9994
        3        OAL        1        ALO        O10        3        -1.05                15.9994
        4        AL        1        ALO        AL7        4        1.601296                26.9815
        5        OAL        1        ALO        O2        5        -1.05                15.9994
        6        OAL        1        ALO        O13        6        -1.05                15.9994
        7        OAL        1        ALO        O14        7        -1.05                15.9994
        8        OAL        1        ALO        O15        8        -1.05                15.9994
        9        AL        1        ALO        AL7        9        1.601296                26.9815
       
        。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
        。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
        。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
        。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。


        20052        AL        1        ALO        AL7        20052        1.601296                26.9815
        20053        AL        1        ALO        AL8        20053        1.601296                26.9815
        20054        AL        1        ALO        AL9        20054        1.601296                26.9815
        20055        AL        1        ALO        AL10        20055        1.601296                26.9815
        20056        OAL        1        ALO        O1        20056        -1.05                15.9994
        20057        OAL        1        ALO        O2        20057        -1.05                15.9994
        20058        OAL        1        ALO        O3        20058        -1.05                15.9994
        20059        AL        1        ALO        AL1        20059        1.601296                26.9815
        20060        AL        1        ALO        AL2        20060        1.601296                26.9815
        20061        AL        1        ALO        AL3        20061        1.601296                26.9815
        20062        AL        1        ALO        AL4        20062        1.601296                26.9815
        20063        AL        1        ALO        AL5        20063        1.601296                26.9815
        20064        AL        1        ALO        AL6        20064        1.601296                26.9815
       
[bonds]
;         i         j         funct         length        force.c.
        1        4        1        0.186        512.1
        1        1807        1        0.197        512.1
        2        9        1        0.186        512.1
        2        1807        1        0.197        512.1
        3        1807        1        0.197        512.1
        4        1791        1        0.197        512.1
        4        1792        1        0.197        512.1
        5        13        1        0.186        512.1
        5        1815        1        0.197        512.1
        6        9        1        0.186        512.1
        6        1845        1        0.197        512.1
        7        22        1        0.186        512.1
        7        1845        1        0.197        512.1
        8        1845        1        0.197        512.1
        9        12        1        0.186        512.1
        。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
        。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
        。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
        。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。

        20045        20054        1        0.197        512.1
        20045        20055        1        0.197        512.1
        20049        20057        1        0.186        512.1
        20050        20058        1        0.186        512.1
        20051        20056        1        0.186        512.1
        20056        20059        1        0.197        512.1
        20056        20060        1        0.197        512.1
        20057        20064        1        0.197        512.1
        20058        20062        1        0.186        512.1
       
[angles]
;        i         j         k         funct         angle         force.c.
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5楼2012-12-26 21:17:05
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北木

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-26 21:17:05
“可能是我写的Al的原子类型不对，但是应该写成什么，我不知道。。。”
you may need to read the manual  about "itp files " very carefully, and then you will know how to ?

here is a example  ...

谢谢
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6楼2012-12-27 15:20:37
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lockey-s

新虫 (小有名气)
求问楼主的问题解决了吗？
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7楼2017-09-20 04:47:07
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