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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs 模拟云母遇到的问题
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北木

新虫 (小有名气)

[求助] gromacs 模拟云母遇到的问题

我建的模型基底上用的云母里面有Al和K，我用的是ffG43a2力场。生成top文件时，我在力场文件里写上了Al的参数，但是K的不知道该怎么办？
我把K去掉生成的top文件，把K单独写了itp文件，不知道这样会有什么影响？
这样做了，又有另外的问题了，跑动力学时出现Al的原子类型不能识别。。。怎么办呢？
求指点。。。。谢谢啦！

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1楼 2012-12-24 17:26:45
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北木

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-26 21:17:05
“可能是我写的Al的原子类型不对，但是应该写成什么，我不知道。。。”
you may need to read the manual  about "itp files " very carefully, and then you will know how to ?

here is a example  ...

谢谢
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6楼2012-12-27 15:20:37
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北木

新虫 (小有名气)
哎，自己顶一下吧！我觉得是gromacs的力场文件中没有写上Al，这个问题怎么解决呢？来个高人指点一下吧。。。
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2楼2012-12-25 14:57:11
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-12-27 09:38:30
引用回帖:
2楼: Originally posted by 北木 at 2012-12-25 14:57:11
哎，自己顶一下吧！我觉得是gromacs的力场文件中没有写上Al，这个问题怎么解决呢？来个高人指点一下吧。。。

你不是说了嘛，“力场文件中没有写上Al”
，要解决，在力场文件中添加上AL的参数呗。

具体参考手册里 ITP 文件的格式写呗。
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3楼2012-12-25 16:54:06
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北木

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-25 16:54:06
你不是说了嘛，“力场文件中没有写上Al”
，要解决，在力场文件中添加上AL的参数呗。

具体参考手册里 ITP 文件的格式写呗。...

写了，但是不识别，还是跑不了动力学，可能是我写的Al的原子类型不对，但是应该写成什么，我不知道。。。
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4楼2012-12-26 08:38:22
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