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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs中加入离子的个数计算问题
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十年磨练

木虫 (正式写手)

[求助] gromacs中加入离子的个数计算问题 已有1人参与

在gromacs软件运行过程中，对于离子的加入，个数是如何计算的？

我看到《水中的溶菌酶》教程中说“pdb2gmx 的输出文件告诉我们这个蛋白质包含+8e 的静电荷(由于它的氨基酸组成)。如果你忽略了pdb2gmx 输出文件的这个信息，可以看看你的 topol.top 文件中的最后一行，它将显示“qtot 8.”. 因为生命中不存在静电荷，所以我们需要往我们的系统里面添加离子。”而在《Gromacs初学者写给初学者的心得，欢迎大家交流，指正》（http://dxli75.blog.163.com/blog/static/1067682892008719535025/）中看到“下面是加入离子的个数，一般我们要求NaCl是0.1m/l，就是说600个水分子加Na+  Cl-各一个。好，上面记录的水分子个数有用了，计算一下需要多少，如果有困难，可以问小学生”。

因此，我想问一下，这个添加的离子个数依据是什么？个数的多少是如何计算的？

在此谢谢大家
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时刻保持虚心学习的态度
1楼 2014-07-22 10:24:47
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jianchen7882

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
十年磨练(月只蓝代发): 金币+1, 鼓励交流！ 2014-07-22 18:59:52
平衡离子的个数都是由qtot决定的，体系浓度要加多少离子就看你的浓度定义和定义的盒子大小了
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莫问前程有归，但求今生无悔
3楼2014-07-22 11:07:50
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jianchen7882

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
十年磨练(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-07-22 18:59:47
前面的那个是平衡体系用的，后面这个是你添加的溶剂浓度决定的，但是添加完之后体系不平衡的话还要加平衡离子
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莫问前程有归，但求今生无悔
2楼2014-07-22 11:05:04
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十年磨练

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jianchen7882 at 2014-07-22 11:07:50
平衡离子的个数都是由qtot决定的，体系浓度要加多少离子就看你的浓度定义和定义的盒子大小了

有点不太理解，能否加QQ,我想详细问问你
QQ：935412282
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时刻保持虚心学习的态度
4楼2014-07-22 16:02:45
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jianchen7882

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
十年磨练: 金币+7, ★★★很有帮助 2014-07-27 19:21:29
引用回帖:
4楼: Originally posted by 十年磨练 at 2014-07-22 16:02:45
有点不太理解，能否加QQ,我想详细问问你
QQ：935412282...

这些太细节的东西我也不是很懂，加了
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莫问前程有归，但求今生无悔
5楼2014-07-23 12:34:18
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