应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs中如何使用Buckingham势能参数
141/2返回列表12下一页
查看: 1693  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

上善若水-川

金虫 (小有名气)

[求助] gromacs中如何使用Buckingham势能参数

哪位童鞋在gromacs中用过Buckingham势能的形式？文献给出了Buckingham势能的参数，可是gromacs中的势能参数皆默认采用的LJ形式的，不懂怎么弄，难道要把Buckingham函数形式拟合成LJ函数形式求得LJ参数？这样误差会不会太大啊？求指点！！！谢谢哈~~~
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
最低奋斗目标：农夫，山泉，有点田~~~
1楼 2012-05-13 22:46:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖置顶 ( 共有1个 )

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 回帖置顶 2012-05-14 09:39:11
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-14 10:38:09
请阅读手册（我看的是4.5.4版本）
124页和129页内容
你一看便知
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

上善若水-川
2楼2012-05-14 09:37:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

上善若水-川

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-05-14 09:37:01:
请阅读手册（我看的是4.5.4版本）
124页和129页内容
你一看便知

61/56/1108016_1336959449_995.jpg
61/56/1108016_1336959449_276.jpg

可是Buckingham里面的参数形式都是有三个的，而gromacs力场里面添加的只有sigma和epsilon，没有Buckingham里面的A，B，C，那这三个参数添加到哪里啊？跪求指点~
赞一下 回复此楼
最低奋斗目标：农夫，山泉，有点田~~~
3楼2012-05-14 21:28:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
上善若水-川: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-05-14 21:52:56
引用回帖:
3楼: Originally posted by 上善若水-川 at 2012-05-14 21:28:09:
可是Buckingham里面的参数形式都是有三个的，而gromacs力场里面添加的只有sigma和epsilon，没有Buckingham里面的A，B，C，那这三个参数添加到哪里啊？跪求指点~
a8/0a/1411646_1337002071_244.jpg



请仔细看手册内容，
还得自己多多体会
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

上善若水-川
4楼2012-05-14 21:42:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

上善若水-川

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-05-14 21:42:23:
90/64/1108016_1337002960_908.jpg

请仔细看手册内容，
还得自己多多体会

嘿嘿，好，我再仔细啃啃那一节，跪谢了~再弱弱地问一句，Buckingham势能与LJ势能混用吗？
赞一下 回复此楼
最低奋斗目标：农夫，山泉，有点田~~~
5楼2012-05-14 21:52:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 上善若水-川 at 2012-05-14 21:52:40:
嘿嘿，好，我再仔细啃啃那一节，跪谢了~再弱弱地问一句，Buckingham势能与LJ势能混用吗？

不清楚，没试过
回复此楼
6楼2012-05-14 23:00:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

上善若水-川

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-05-14 23:00:18:
不清楚，没试过

恩呢，仍然感谢哈~~~
赞一下 回复此楼
最低奋斗目标：农夫，山泉，有点田~~~
7楼2012-05-14 23:55:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

visualization

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-15 16:38:13
上善若水-川: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-05-16 08:19:25
引用回帖:
5楼: Originally posted by 上善若水-川 at 2012-05-14 21:52:40:
嘿嘿，好，我再仔细啃啃那一节，跪谢了~再弱弱地问一句，Buckingham势能与LJ势能混用吗？

可以。有的文献里报道水用LJ势表示，其他分子用Buckingham势能
赞一下 回复此楼
8楼2012-05-15 15:15:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

上善若水-川

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by visualization at 2012-05-15 15:15:08:
可以。有的文献里报道水用LJ势表示，其他分子用Buckingham势能

哦哦，不过混用的话感觉好奇怪啊，Buckingham是ABC,LJ是sigma与epsilon，怎么用混合规则啊？！
赞一下 回复此楼
最低奋斗目标：农夫，山泉，有点田~~~
9楼2012-05-16 08:26:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

visualization

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 上善若水-川 at 2012-05-16 08:26:42:
哦哦，不过混用的话感觉好奇怪啊，Buckingham是ABC,LJ是sigma与epsilon，怎么用混合规则啊？！

我也不知道呐。。。
回复此楼
10楼2012-05-16 08:30:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 上善若水-川 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料相关专业344求调剂双非工科学校或课题组 +7 hualkop 2026-04-12 7/350 2026-04-12 14:09 by 380984326
[考研] 316求调剂 +5 想读研究生( ?∵ 2026-04-07 5/250 2026-04-12 00:43 by 蓝云思雨
[考研] 331求调剂 +5 王国帅 2026-04-11 5/250 2026-04-11 22:56 by 溪涧流水
[考研] 调剂 +10 只叙离别辞 2026-04-09 12/600 2026-04-11 20:57 by 逆水乘风
[考研] 303求调剂 +14 SereinQ 2026-04-10 15/750 2026-04-11 20:43 by 蓝云思雨
[考研] 生物学调剂 可调剂到生物与医药 +8 李政莹 2026-04-06 9/450 2026-04-11 10:36 by wwj2530616
[考研] 080100力学316求调剂 +8 L_Hairui 2026-04-07 8/400 2026-04-11 10:00 by zhq0425
[考研] 一志愿北理工298英一数二已上岸，感谢各位老师 +14 Reframe 2026-04-10 16/800 2026-04-10 23:07 by caotw2020
[考研] 287求调剂 +15 Fnhc 2026-04-07 21/1050 2026-04-10 19:09 by chemisry
[考研] 一志愿2110，化学学硕310分，本科重点双非求调剂 +18 努力奋斗112 2026-04-08 18/900 2026-04-09 23:28 by wolf97
[考研] 278求调剂 +27 范婷娜 2026-04-07 31/1550 2026-04-09 20:49 by zhouxiaoyu
[考研] 367求调剂 +10 hffQAQ 2026-04-09 10/500 2026-04-09 18:06 by lijunpoly
[考研] 二次调剂求老师收留 +3 笑笑袁 2026-04-08 3/150 2026-04-08 23:50 by 醉在风里
[考研] 求调剂 +13 柒luck 2026-04-07 13/650 2026-04-08 22:46 by 猪会飞
[考研] 专硕0854初试考材科基，求调剂 +7 3220548044 2026-04-06 10/500 2026-04-08 21:59 by hypershenger
[考研] 293分求调剂，外语为俄语 +7 加一一九 2026-04-07 10/500 2026-04-08 20:14 by yutian743
[考研] 一志愿华东理工085601材料工程303分求调剂 +15 a1708 2026-04-06 15/750 2026-04-08 16:23 by luoyongfeng
[考研] 264求调剂 +11 麦小叮当 2026-04-07 11/550 2026-04-08 16:05 by 一只好果子?
[考研] 307求调剂 +3 所念及所望 2026-04-06 3/150 2026-04-06 17:30 by 土木硕士招生
[考研] 331求调剂 +8 于征yz 2026-04-05 8/400 2026-04-06 00:54 by fmesaito
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭