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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs中如何使用Buckingham势能参数
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上善若水-川

金虫 (小有名气)

[求助] gromacs中如何使用Buckingham势能参数

哪位童鞋在gromacs中用过Buckingham势能的形式？文献给出了Buckingham势能的参数，可是gromacs中的势能参数皆默认采用的LJ形式的，不懂怎么弄，难道要把Buckingham函数形式拟合成LJ函数形式求得LJ参数？这样误差会不会太大啊？求指点！！！谢谢哈~~~
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最低奋斗目标：农夫，山泉，有点田~~~
1楼 2012-05-13 22:46:05
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 回帖置顶 2012-05-14 09:39:11
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-14 10:38:09
请阅读手册（我看的是4.5.4版本）
124页和129页内容
你一看便知
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上善若水-川
2楼2012-05-14 09:37:01
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普通回帖

上善若水-川

金虫 (小有名气)
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2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-05-14 09:37:01:
请阅读手册（我看的是4.5.4版本）
124页和129页内容
你一看便知

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61/56/1108016_1336959449_276.jpg

可是Buckingham里面的参数形式都是有三个的，而gromacs力场里面添加的只有sigma和epsilon，没有Buckingham里面的A，B，C，那这三个参数添加到哪里啊？跪求指点~
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3楼2012-05-14 21:28:09
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
上善若水-川: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-05-14 21:52:56
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3楼: Originally posted by 上善若水-川 at 2012-05-14 21:28:09:
可是Buckingham里面的参数形式都是有三个的，而gromacs力场里面添加的只有sigma和epsilon，没有Buckingham里面的A，B，C，那这三个参数添加到哪里啊？跪求指点~
a8/0a/1411646_1337002071_244.jpg



请仔细看手册内容，
还得自己多多体会
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上善若水-川
4楼2012-05-14 21:42:23
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上善若水-川

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
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4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-05-14 21:42:23:
90/64/1108016_1337002960_908.jpg

请仔细看手册内容，
还得自己多多体会

嘿嘿，好，我再仔细啃啃那一节，跪谢了~再弱弱地问一句，Buckingham势能与LJ势能混用吗？
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最低奋斗目标：农夫，山泉，有点田~~~
5楼2012-05-14 21:52:40
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 上善若水-川 at 2012-05-14 21:52:40:
嘿嘿，好，我再仔细啃啃那一节，跪谢了~再弱弱地问一句，Buckingham势能与LJ势能混用吗？

不清楚，没试过
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6楼2012-05-14 23:00:18
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上善若水-川

金虫 (小有名气)
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6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-05-14 23:00:18:
不清楚，没试过

恩呢，仍然感谢哈~~~
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7楼2012-05-14 23:55:41
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金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-15 16:38:13
上善若水-川: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-05-16 08:19:25
引用回帖:
5楼: Originally posted by 上善若水-川 at 2012-05-14 21:52:40:
嘿嘿，好，我再仔细啃啃那一节，跪谢了~再弱弱地问一句，Buckingham势能与LJ势能混用吗？

可以。有的文献里报道水用LJ势表示，其他分子用Buckingham势能
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8楼2012-05-15 15:15:08
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上善若水-川

金虫 (小有名气)
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8楼: Originally posted by visualization at 2012-05-15 15:15:08:
可以。有的文献里报道水用LJ势表示，其他分子用Buckingham势能

哦哦，不过混用的话感觉好奇怪啊，Buckingham是ABC,LJ是sigma与epsilon，怎么用混合规则啊？！
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最低奋斗目标：农夫，山泉，有点田~~~
9楼2012-05-16 08:26:42
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金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 上善若水-川 at 2012-05-16 08:26:42:
哦哦，不过混用的话感觉好奇怪啊，Buckingham是ABC,LJ是sigma与epsilon，怎么用混合规则啊？！

我也不知道呐。。。
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10楼2012-05-16 08:30:57
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