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上善若水-川

金虫 (小有名气)

[求助] gromacs中如何使用Buckingham势能参数

哪位童鞋在gromacs中用过Buckingham势能的形式?文献给出了Buckingham势能的参数,可是gromacs中的势能参数皆默认采用的LJ形式的,不懂怎么弄,难道要把Buckingham函数形式拟合成LJ函数形式求得LJ参数?这样误差会不会太大啊?求指点!!!谢谢哈~~~
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最低奋斗目标:农夫,山泉,有点田~~~
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
上善若水-川: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-05-14 21:52:56
引用回帖:
3楼: Originally posted by 上善若水-川 at 2012-05-14 21:28:09:
可是Buckingham里面的参数形式都是有三个的,而gromacs力场里面添加的只有sigma和epsilon,没有Buckingham里面的A,B,C,那这三个参数添加到哪里啊?跪求指点~
a8/0a/1411646_1337002071_244.jpg



请仔细看手册内容,
还得自己多多体会

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4楼2012-05-14 21:42:23
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 回帖置顶 2012-05-14 09:39:11
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-05-14 10:38:09
请阅读手册(我看的是4.5.4版本)
124页和129页内容
你一看便知


» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2012-05-14 09:37:01
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上善若水-川

金虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-05-14 09:37:01:
请阅读手册(我看的是4.5.4版本)
124页和129页内容
你一看便知

61/56/1108016_1336959449_995.jpg
61/56/1108016_1336959449_276.jpg

可是Buckingham里面的参数形式都是有三个的,而gromacs力场里面添加的只有sigma和epsilon,没有Buckingham里面的A,B,C,那这三个参数添加到哪里啊?跪求指点~


最低奋斗目标:农夫,山泉,有点田~~~
3楼2012-05-14 21:28:09
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上善若水-川

金虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-05-14 21:42:23:
90/64/1108016_1337002960_908.jpg

请仔细看手册内容,
还得自己多多体会

嘿嘿,好,我再仔细啃啃那一节,跪谢了~再弱弱地问一句,Buckingham势能与LJ势能混用吗?
最低奋斗目标:农夫,山泉,有点田~~~
5楼2012-05-14 21:52:40
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