应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【菜鸟求助】gromacs如何计算大分子和小分子间的非共价键力？？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
141/2返回列表12下一页
查看: 2181  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

三木713

新虫 (小有名气)

[求助] 【菜鸟求助】gromacs如何计算大分子和小分子间的非共价键力？？ 已有1人参与

我想计算大分子与小分子间的非共价键力大小，例如氢键能大小、范德华力、静电力大小等~~~
不胜感激~~~~~
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

MDs-Gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-03-13 15:21:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
三木713: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-03-17 08:42:57
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-03-17 18:45:44
三木713: 金币+2, ★有帮助 2014-03-18 12:56:29
这个很简单的呀，就用g_energy 就可以了，不过不知道你在跑模拟的时候是不是在参数文件里加上了你要计算的组，加上的话，氢键，范德华力还有静电力都可以算的，氢键用g_hbond
赞一下 回复此楼
2楼2014-03-16 17:46:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 870277182 at 2014-03-16 17:46:21
这个很简单的呀，就用g_energy 就可以了，不过不知道你在跑模拟的时候是不是在参数文件里加上了你要计算的组，加上的话，氢键，范德华力还有静电力都可以算的，氢键用g_hbond

我就是不知道怎么加，，用make_ndx 设置了组，然后在mdp文件里怎么改啊？~~~~~~大神，，你做过么？
赞一下 回复此楼
3楼2014-03-17 08:42:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 870277182 at 2014-03-16 17:46:21
这个很简单的呀，就用g_energy 就可以了，不过不知道你在跑模拟的时候是不是在参数文件里加上了你要计算的组，加上的话，氢键，范德华力还有静电力都可以算的，氢键用g_hbond

还有，不是说要跑完模拟之后，再rerun 才行么？
赞一下 回复此楼
4楼2014-03-17 09:10:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

870277182

铁虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-24 19:08:38
引用回帖:
3楼: Originally posted by 三木713 at 2014-03-17 08:42:42
我就是不知道怎么加，，用make_ndx 设置了组，然后在mdp文件里怎么改啊？~~~~~~大神，，你做过么？...

做过啊，在mdp文件里加一行就行energygrps=。。。。
赞一下 回复此楼
5楼2014-03-18 09:14:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

870277182

铁虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-18 16:53:24
引用回帖:
4楼: Originally posted by 三木713 at 2014-03-17 09:10:51
还有，不是说要跑完模拟之后，再rerun 才行么？...

恩，之前我做的都是rerun的
赞一下 回复此楼
6楼2014-03-18 09:14:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 870277182 at 2014-03-18 09:14:42
恩，之前我做的都是rerun的...

大神 你看看我这样对么~~
1，跑完模拟后，最后生成的pdb文件 make-ndx,定义一个组：A_B（复合物）
2，在md.mdp文件里加上energygrps=A_B
3，重新grompp -f md.mdp -c Ia2.pdb -p Ic.top -n **.ndx  -o Ia2.tpr
mdrun_mpi -v  -rerun traj.tr -s Ia2.tprr -c Ia4.pdb -e Ia4.edr -g Ia3.log

这样对么？
赞一下 回复此楼
7楼2014-03-18 12:55:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 870277182 at 2014-03-16 17:46:21
这个很简单的呀，就用g_energy 就可以了，不过不知道你在跑模拟的时候是不是在参数文件里加上了你要计算的组，加上的话，氢键，范德华力还有静电力都可以算的，氢键用g_hbond

请问计算氢键能大小，用g_hbond里面的哪个指令啊？十分感谢！！
赞一下 回复此楼
8楼2014-03-22 10:31:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

870277182

铁虫 (小有名气)
★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-24 19:08:51
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-19 14:36:25
内容已删除
回复此楼
9楼2014-03-24 09:47:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

870277182

铁虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-24 19:08:57
引用回帖:
8楼: Originally posted by 三木713 at 2014-03-22 10:31:27
请问计算氢键能大小，用g_hbond里面的哪个指令啊？十分感谢！！...

g_hbond是统计的氢键个数，不能计算能量，gmx好像不能单独计算氢键的能量，需要你自己单独去计算
赞一下 回复此楼
10楼2014-03-24 09:48:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 三木713 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 086000生物与医药求调剂 +3 老天眷顾之人 2026-03-31 3/150 2026-04-05 22:24 by syh9288
[考研] 081700，311，求调剂 +13 冬十三 2026-04-04 14/700 2026-04-05 22:23 by 醉翁wl
[考研] 085600，320分求调剂 +7 大馋小子 2026-04-01 8/400 2026-04-05 21:19 by 学员8dgXkO
[考研] 338求调剂 +3 我想上岸ii 2026-04-05 3/150 2026-04-05 19:59 by nepu_uu
[考研] 调剂 +5 好好读书。 2026-04-01 5/250 2026-04-05 17:54 by liucky
[考研] 272求调剂 +4 电气李 2026-04-05 4/200 2026-04-05 10:41 by lbsjt
[考研] 材料调剂 +7 dxy调剂 2026-04-04 7/350 2026-04-05 09:15 by 陌秋26
[考研] 324求调剂 +9 想上学求调 2026-04-03 9/450 2026-04-04 23:57 by 果冻大王
[考研] 材料与化工306分找调剂 +23 沧海轻舟e 2026-04-02 27/1350 2026-04-04 21:52 by laoshidan
[考研] 338求调剂 +7 晟功? 2026-04-03 7/350 2026-04-04 20:37 by 蓝云思雨
[考研] 求调剂，一志愿南京航空航天大学 ，080500材料科学与工程学硕 +10 @taotao 2026-04-03 10/500 2026-04-04 09:01 by T可可西里T
[考研] 求材料调剂，一志愿郑州大学289分 +15 硕星赴 2026-04-03 15/750 2026-04-04 01:01 by userper
[考研] 一志愿南昌大学324求调剂 +13 hanamiko 2026-04-01 13/650 2026-04-03 18:30 by ls刘帅
[考研] 求调剂！生物与医药专硕 +4 逆转陆先生 2026-04-01 5/250 2026-04-03 08:33 by Jaylen.
[考研] 0856材料与化工调剂，339 +14 10213207 2026-03-31 14/700 2026-04-02 21:01 by 1104338198
[考研] 一志愿郑大材料工程290求调剂 +20 Youth_ 2026-03-30 20/1000 2026-04-02 14:48 by 5896
[考研] 学硕化学工程与技术，一志愿中国海洋大学320+求调剂 +8 披星河 2026-04-02 8/400 2026-04-02 14:12 by oooqiao
[考研] 304求调剂 +12 素年祭语 2026-03-31 15/750 2026-04-01 22:41 by peike
[考研] 265求调剂 +11 yelck 2026-04-01 12/600 2026-04-01 19:12 by 549790059
[考研] 085601英二数二求调剂 总分325 +4 余航航 2026-03-31 4/200 2026-03-31 17:38 by 唐沐儿
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭