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三木713

新虫 (小有名气)

[求助] 【菜鸟求助】gromacs如何计算大分子和小分子间的非共价键力??已有1人参与

我想计算大分子与小分子间的非共价键力大小,例如氢键能大小、范德华力、静电力大小等~~~
不胜感激~~~~~
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三木713

新虫 (小有名气)

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2楼: Originally posted by 870277182 at 2014-03-16 17:46:21
这个很简单的呀,就用g_energy 就可以了,不过不知道你在跑模拟的时候是不是在参数文件里加上了你要计算的组,加上的话,氢键,范德华力还有静电力都可以算的,氢键用g_hbond

我就是不知道怎么加,,用make_ndx 设置了组,然后在mdp文件里怎么改啊?~~~~~~大神,,你做过么?
3楼2014-03-17 08:42:42
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三木713

新虫 (小有名气)

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2楼: Originally posted by 870277182 at 2014-03-16 17:46:21
这个很简单的呀,就用g_energy 就可以了,不过不知道你在跑模拟的时候是不是在参数文件里加上了你要计算的组,加上的话,氢键,范德华力还有静电力都可以算的,氢键用g_hbond

还有,不是说要跑完模拟之后,再rerun 才行么?
4楼2014-03-17 09:10:51
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三木713

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6楼: Originally posted by 870277182 at 2014-03-18 09:14:42
恩,之前我做的都是rerun的...

大神 你看看我这样对么~~
1,跑完模拟后,最后生成的pdb文件 make-ndx,定义一个组:A_B(复合物)
2,在md.mdp文件里加上energygrps=A_B
3,重新grompp -f md.mdp -c Ia2.pdb -p Ic.top -n **.ndx  -o Ia2.tpr
mdrun_mpi -v  -rerun traj.tr -s Ia2.tprr -c Ia4.pdb -e Ia4.edr -g Ia3.log

这样对么?
7楼2014-03-18 12:55:56
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三木713

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2楼: Originally posted by 870277182 at 2014-03-16 17:46:21
这个很简单的呀,就用g_energy 就可以了,不过不知道你在跑模拟的时候是不是在参数文件里加上了你要计算的组,加上的话,氢键,范德华力还有静电力都可以算的,氢键用g_hbond

请问计算氢键能大小,用g_hbond里面的哪个指令啊?十分感谢!!
8楼2014-03-22 10:31:27
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三木713

新虫 (小有名气)

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11楼: Originally posted by 彬哥 at 2014-04-15 22:24:10
问一下,你得到的xvg文件中,数据单位是一列为时间,另一列为什么,是N或与其等价的单位吗?

是能量的话   就是KJ/MOL
12楼2014-04-16 08:39:48
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三木713

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13楼: Originally posted by 彬哥 at 2014-04-16 13:23:57
你最初目的不是为了求力的大小吗?所得到的能量你是如何转化为力的呢?

我就是想得到能量变化,不是力的大小啊
14楼2014-04-18 09:07:56
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