应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【菜鸟求助】gromacs如何计算大分子和小分子间的非共价键力？？
51/1返回列表
查看: 2137  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

三木713

新虫 (小有名气)

[求助] 【菜鸟求助】gromacs如何计算大分子和小分子间的非共价键力？？ 已有1人参与

我想计算大分子与小分子间的非共价键力大小，例如氢键能大小、范德华力、静电力大小等~~~
不胜感激~~~~~
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

MDs-Gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-03-13 15:21:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

870277182

铁虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-24 19:08:38
引用回帖:
3楼: Originally posted by 三木713 at 2014-03-17 08:42:42
我就是不知道怎么加，，用make_ndx 设置了组，然后在mdp文件里怎么改啊？~~~~~~大神，，你做过么？...

做过啊，在mdp文件里加一行就行energygrps=。。。。
赞一下 回复此楼
5楼2014-03-18 09:14:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答

870277182

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
三木713: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-03-17 08:42:57
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2014-03-17 18:45:44
三木713: 金币+2, ★有帮助 2014-03-18 12:56:29
这个很简单的呀，就用g_energy 就可以了，不过不知道你在跑模拟的时候是不是在参数文件里加上了你要计算的组，加上的话，氢键，范德华力还有静电力都可以算的，氢键用g_hbond
赞一下 回复此楼
2楼2014-03-16 17:46:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 870277182 at 2014-03-16 17:46:21
这个很简单的呀，就用g_energy 就可以了，不过不知道你在跑模拟的时候是不是在参数文件里加上了你要计算的组，加上的话，氢键，范德华力还有静电力都可以算的，氢键用g_hbond

我就是不知道怎么加，，用make_ndx 设置了组，然后在mdp文件里怎么改啊？~~~~~~大神，，你做过么？
赞一下 回复此楼
3楼2014-03-17 08:42:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三木713

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 870277182 at 2014-03-16 17:46:21
这个很简单的呀，就用g_energy 就可以了，不过不知道你在跑模拟的时候是不是在参数文件里加上了你要计算的组，加上的话，氢键，范德华力还有静电力都可以算的，氢键用g_hbond

还有，不是说要跑完模拟之后，再rerun 才行么？
赞一下 回复此楼
4楼2014-03-17 09:10:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 312求调剂 +3 陌宸希 2026-03-16 4/200 2026-03-16 15:06 by peike
[考研] 277材料科学与工程080500求调剂 +3 自由煎饼果子 2026-03-16 3/150 2026-03-16 14:10 by 运气yunqi
[考研] 326求调剂 +3 诺贝尔化学奖觊� 2026-03-15 3/150 2026-03-16 13:51 by houyaoxu
[考研] 0854控制工程 359求调剂 可跨专业 +3 626776879 2026-03-14 8/400 2026-03-16 13:42 by Dream007008
[考研] 294求调剂 +3 Zys010410@ 2026-03-13 4/200 2026-03-15 10:59 by zhq0425
[考研] 复试调剂 +3 呼呼？~+123456 2026-03-14 3/150 2026-03-14 16:53 by WTUChen
[考研] 复试调剂 +4 z1z2z3879 2026-03-14 5/250 2026-03-14 16:30 by JourneyLucky
[考研] 一志愿哈工大材料324分求调剂 +5 闫旭东 2026-03-14 5/250 2026-03-14 14:53 by 木瓜膏
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +7 邱gl 2026-03-10 11/550 2026-03-14 12:18 by 邱gl
[考研] 求调剂！ +4 朔朔话 2026-03-09 4/200 2026-03-14 01:38 by JourneyLucky
[考研] 一志愿郑大070303，338分，求调剂 +4 dadawaf 2026-03-10 5/250 2026-03-14 01:20 by lsw010101
[考研] 调剂 +3 13853210211 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:47 by JourneyLucky
[考研] 一志愿湖师大化学289求调剂 +6 XMCMM3.14159 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:28 by JourneyLucky
[考研] 327求调剂 +4 Ffff03 2026-03-10 4/200 2026-03-14 00:17 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +5 是Lupa啊 2026-03-11 5/250 2026-03-13 22:13 by JourneyLucky
[考研] 333求调剂 +3 球球古力 2026-03-11 3/150 2026-03-13 21:27 by JourneyLucky
[考研] 工科调剂 +4 Jiang191123！ 2026-03-11 4/200 2026-03-13 15:15 by Miko19
[考研] 304求调剂（085602一志愿985） +12 化工人999 2026-03-09 12/600 2026-03-13 12:02 by JourneyLucky
[考研] 341求调剂 +4 捣蛋猪猪 2026-03-11 4/200 2026-03-12 14:47 by ruiyingmiao
[考研] 求调剂材料专硕293 +6 段_(:з」∠)_ 2026-03-10 6/300 2026-03-10 18:22 by ms629
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭